Riboswitch PreQ1-II - PreQ1-II riboswitch

riboswitch preQ1-II (pre queuosin)
	Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence preQ1-II
Identifikátory
Symbol	preQ1-II
Alt. Symboly	COG4708
Rfam	RF01054
Další údaje
RNA typ	Cis-reg; riboswitch
Domény	Bakterie
TAK	SO: 0005836
PDB struktur	PDBe

Riboswitche PreQ1-II tvoří třídu riboswitche které specificky vážou pre-queuosin₁ (PreQ₁), předchůdce modifikovaného nukleosidu queuosin.^[1] Vyskytují se u určitých druhů Streptococcus a Lactococcus, a byly původně identifikovány jako konzervovaná sekundární struktura RNA nazývaná „motiv COG4708“.^[2] Zdá se, že všichni známí členové této třídy riboswitch kontrolují členy genů COG4708. Předpokládá se, že tyto geny kódují proteiny vázané na membránu a bylo navrženo, že jsou transportérem preQ₁nebo příbuzný metabolit na základě jejich asociace s preQ₁-vázací riboswitche.^[1] Riboswitche PreQ1-II nemají zjevné podobnosti v pořadí ani ve struktuře riboswitche preQ1-I, dříve objevená třída preQ₁-vázací riboswitche. PreQ₁ tak se připojí S-adenosylmethionin jako druhý nalezený metabolit, který je ligandem více než jedné třídy riboswitche.

Konsensuální sekundární struktura PreQ₁-II riboswitche. Rozložení je podobné jako u dříve publikovaných vyobrazení.^[2]^[1]

Reference

^ ^A ^b ^C Meyer MM, Roth A, Chervin SM, Garcia GA, Breaker RR (2008). „Potvrzení druhé třídy přírodních aptamerů preQ1 u bakterií Streptococcaceae“. RNA. 14 (4): 685–695. doi:10,1261 / rna.937308. PMC 2271366. PMID 18305186.
^ ^A ^b Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z a kol. (2007). „Identifikace 22 kandidátských strukturovaných RNA v bakteriích pomocí komparativního genomického potrubí CMfinder“. Nucleic Acids Res. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584.

externí odkazy

Stránka pro PreQ1-II_riboswitch na Rfam

Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[meyer-1] A ^b ^C Meyer MM, Roth A, Chervin SM, Garcia GA, Breaker RR (2008). „Potvrzení druhé třídy přírodních aptamerů preQ1 u bakterií Streptococcaceae“. RNA. 14 (4): 685–695. doi:10,1261 / rna.937308. PMC 2271366. PMID 18305186.

[Weinberg2007-2] A ^b Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z a kol. (2007). „Identifikace 22 kandidátských strukturovaných RNA v bakteriích pomocí komparativního genomického potrubí CMfinder“. Nucleic Acids Res. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584.

[1]

[2]