Rodina fágů phage r1t holin - Phage r1t holin family

The Lactococcus lactis Rodina fága r1t Holin (r1t Holin) (TC # 1.E.18 ) je rodina domnělých proteinů tvořících póry, které mají obvykle délku přibližně 65 až 95 aminoacylových zbytků (aas), ačkoliv bylo zjištěno, že několik r1t holinů je podstatně větších (tj. 168 aa, 4 TMS, necharakterizovaný holín z Rhodococcus opacus; TC # 1.E.18.1.9 ). Holiny fága r1t vykazují mezi 2 a 4 transmembránovými segmenty (TMS), přičemž 4 TMS proteiny jsou výsledkem intragenní duplikace 2 TMS oblasti. Reprezentativní seznam proteinů patřících do rodiny holin r1t lze nalézt v Databáze klasifikace transportérů.[1]

Funkce a výraz

The Lactococcus lactis genom fága r1t zahrnuje dva sousední geny, orf48 a orf49, které kódují Orf48 (TC # 1.E.18.1.1; 75 aas) a a lysin Orf49 (270 aas), pravděpodobně an N-acetyl-muramoyl-L-alanin amidáza, resp. Orf48 vykazuje 2 domnělé hydrofobní transmembránové segmenty (TMS) oddělené krátkou oblastí B-turn. Má také hydrofobní účinek N-konec a vysoce nabitý C-konec. Orf48 / Orf49 tvoří lyzační kazetu fágového r1t. Zásadní role Orf49 v lýza buněk od Orf48 bylo prokázáno.[2]

Orf48 je homologní s holí Gp4 Mycobacterium fág Ms6 (TC # 1.E.18.1.2 ).[3] Jako většina dvouvláknových (ds) DNA fágů používá mykobakteriofág Ms6 systém holin-endolysin k dosažení lýzy svého hostitele. Kromě endolysinu (lysA) a holin (hol) geny, Ms6 kóduje tři přídavné lyzační proteiny. Lyzační funkce Gp1, kódovaná gp1 gen, který leží bezprostředně před lysA, bylo odhaleno.[4]

Catalão a kol. pozorováno Escherichia coli lýza po koexpresi LysA a Gp1 v nepřítomnosti Ms6 holinu. Gp1 nepatří do holinové třídy proteinů, ale sdílí několik charakteristik molekulární chaperony. Autoři naznačují, že Gp1 interaguje s LysA a že tato interakce je nezbytná pro dodání LysA do jeho cíle. To ukázaly fúze PhoA Mycobacterium smegmatis „LysA je exportována do extracytoplazmatického prostředí v přítomnosti Gp1, což je nezbytné pro efektivní M. smegmatis lysis, jako Ms6 gp1 delece má za následek defekty lýzy hostitele. Catalao a kol. navrhl, že dodání endolysinu Ms6 do mureinové vrstvy je podporováno Gpl, proteinem podobným chaperonu, způsobem nezávislým na holinu.[4]

Transportní reakce katalyzovaná fágem r1t Orf48 je:

lysin (dovnitř) → lysin (ven)

Viz také

Další čtení

Reference

  1. ^ „1.E.18 Rodina Lactococcus lactis Phage r1t Holin (r1t Holin)“. Databáze klasifikace transportérů. Citováno 2016-03-28.
  2. ^ van Sinderen, D .; Karsens, H .; Kok, J .; Terpstra, P .; Ruiters, M. H .; Venema, G .; Nauta, A. (01.03.1996). "Sekvenční analýza a molekulární charakterizace mírného laktookokového bakteriofága r1t" (PDF). Molekulární mikrobiologie. 19 (6): 1343–1355. doi:10.1111 / j.1365-2958.1996.tb02478.x. ISSN  0950-382X. PMID  8730875. S2CID  10182620.
  3. ^ Garcia, Miguel; Pimentel, Madalena; Moniz-Pereira, José (01.06.2002). „Exprese genů pro lýzu Mycobacteriophage Ms6 je řízena dvěma promotory podobnými sigma (70) a je závislá na transkripčním terminačním signálu přítomném ve vedoucí RNA“. Journal of Bacteriology. 184 (11): 3034–3043. doi:10.1128 / jb.184.11.3034-3043.2002. ISSN  0021-9193. PMC  135080. PMID  12003945.
  4. ^ A b Catalão, Maria João; Gil, Filipa; Moniz-Pereira, José; Pimentel, Madalena (01.08.2010). „Mykobakteriofág Ms6 kóduje chaperonový protein podílející se na dodávce endolysinu do peptidoglykanu“. Molekulární mikrobiologie. 77 (3): 672–686. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07239.x. ISSN  1365-2958. PMID  20545844. S2CID  29630013.

Do tato úprava, tento článek používá obsah z „1.E.18 Rodina Lactococcus lactis Phage r1t Holin (r1t Holin)“, který je licencován způsobem, který umožňuje opětovné použití v rámci Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License, ale ne pod GFDL. Je třeba dodržovat všechny příslušné podmínky.