Orthonairovirus - Orthonairovirus

Orthonairovirus
Vir001485-f1.gif
ONSR.Nairo.Fig2.v3 WEB Dugbe virus.png
Krymsko-konžská hemoragická horečka orthonairovirus virion a genom
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Orthornavirae
Kmen:Negarnaviricota
Třída:Ellioviricetes
Objednat:Bunyavirales
Rodina:Nairoviridae
Rod:Orthonairovirus
Zadejte druh
Dugbe orthonairovirus

Orthonairovirus je rod v rodině Nairoviridae objednávky Bunyavirales které zahrnují viry s kruhovými, jednořetězcová RNA s negativním smyslem. Svůj název dostal podle choroby ovcí Nairobi, která postihuje gastrointestinální trakty ovcí a koz.[2] Drtivá většina a snad všechny viry tohoto rodu jsou klíšťové viry které mohou mít člověka nebo jiného hostitele obratlovců.[3]

Struktura

The viriony pro viry v tomto rodu mají sférický tvar.[4] Jejich velikost se pohybuje od průměru asi 80–120 nm, přičemž 50% jejich hmotnosti je přičítáno proteinům a 20–30% jejich hmotnosti připisováno lipidům.[5] Ribonukleokapsid je vláknitý, má délku přibližně 200–300 nm a šířku přibližně 2–2,5 nm.[5]

Tyto nukleokapsidy jsou obklopeny jedinou obálkou, která má výstupky vyrobené z glykoproteinů vyčnívajících z jejího povrchu. Tyto projekce rovnoměrně pokrývají povrch virionu a jsou asi 5–10 nm dlouhé.[5] Pomáhají při připojení k hostitelskému receptoru v replikace.

Genom

Virus krymsko-konžské hemoragické horečky (CCHFV) genom

Genomy nairoviru jsou negativní smysl, jednovláknová RNA. Kompletní genom je asi 17 100–22 800 nukleotidy dlouhý a je rozdělen do tří segmentů: velký, střední a malý.[3] Velký segment je dlouhý přibližně 11 000–14 400 nukleotidů (11–14,4 kb) a kóduje virovou polymerázu.[5][4] Střední segment je dlouhý přibližně 4 400–6 300 nukleotidů (4,4–6,3 kb) a kóduje glykoproteiny G¬n a Gc.[5][4] Malý segment je dlouhý asi 1 700–2 100 nukleotidů (1,7–2,1 kb) a kóduje nukleokapsid protein.[3][5][4]

Genom má terminálně redundantní sekvence, přičemž sekvence se opakují na obou koncích. Terminální nukleotidy jsou tvořeny párovými bázemi, nekovalentně uzavřené, kruhová RNA.[5] Oba 5 'a 3' konce mají konzervované oblasti o délce 9 nukleotidů. Sekvence jsou 5'end: UCUCAAAGA a 3'end: AGAGUUUCU.[5]

Replikace

Životní cyklus nairoviru

Nairoviry se připojují k hostitelskému receptoru svým glykoproteinovým dimerem Gn-Gc.[4] Virus je tedy endocytovaný do hostitelské buňky pomocí a váček. Ribonukleokapsidové segmenty se uvolňují do cytoplazma, počínaje transkripce.[4] V buňce dochází k transkripci a replikaci a nově syntetizované viriony jsou uvolňovány pučící.

Přenos a distribuce

Členové tohoto virového rodu infikují mnoho různých druhů obratlovců hostitelé, a jsou přenášeny pomocí klíšťat.[5]

Členy rodu Nairovirus lze nalézt po celém světě, ať jsou kdekoli členovec vektory a hostitelé obratlovců se nacházejí společně.[4]

Klinický význam

Pouze čtyři viry tohoto rodu byly dosud rozpoznány jako lidské patogeny:

  • Krymsko-konžský virus hemoragické horečky
  • Dugbeho virus
  • Virus choroby ovcí Nairobi
  • Virus Kasokero.

Pátý - virus Erve - může být pro člověka také patogenní.

Vývoj

Fylogenetická analýza ukázala, že tyto viry spadají do dvou hlavních monofyletických skupin, tvrdé (Ixodidae ) a měkké (Argasidae ) skupiny označené vektorem.[6] Fosilní a fylogenetická data umisťují divergenci mezi tvrdým a měkkým klíštěm 120 před miliony let a 92 před miliony let. To naznačuje, že nairoviry byly s těmito klíšťaty spojovány již více než 100 milionů let.

Navíc nairoviry vektorované klíšťaty rodů Argas, Carios a Ornithodoros tvoří tři samostatné monofyletické linie, opět podporující návrh kospeciace hostitel-virus.

Séroskupiny s tvrdým tělem jsou

  • Krymsko-konžská hemoragická horečka
  • Onemocnění ovcí Nairobi
  • Sachalin
  • Tamdy

Séroskupiny klíšťat s měkkým tělem jsou

  • Hughes
  • Dera Ghazi Khan
  • Qalyub

Vektory klíšťat pro séroskupiny Kasokero a Thiafora nejsou v současné době známy.

Taxonomie

Onemocnění ovcí Nairobi orthonairovirus (NSD) je prototyp viru rodu.[3][7] NSD se vyskytuje ve východní a střední Africe a způsobuje akutní hemoragickou gastroenteritidu u ovcí a koz. Rod se skládá z 15 druhů:

Séroskupiny

Rod je rozdělen na nejméně devět séroskupiny. Séroskupiny Hughes a Sachalin se zdají být sesterskými skupinami. V každé séroskupině je řada souvisejících virů:

Séroskupina hemoragické horečky krymsko-konžská

Krymsko-konžský virus hemoragické horečky
Virus Hazara
Virus Tofla

Séroskupina Dera Ghazi Khan

Virus Abu Hammad
Virus Abu Mina

Hughesova séroskupina:

Virus Caspiy
Virus Farallon
Hughesův virus
Virus Puffin Island
Virus Punte Salinas
Virus Raza
Virus Soldado
Virus Zirqa

Séroskupina Kasokero

Virus Kasokero
Virus Leopards Hill
Yogue virus

Séroskupina s onemocněním ovcí nairobi

Dugbeho virus
Virus Ganjam
Kupe virus
Virus choroby ovcí Nairobi

Séroskupina Qalyub

Virus bandie
Chim virus
Geran virus
Virus Qalyub

Sachalinská séroskupina

Virus Avalon
Virus Paramushir
Virus Sachalin
Virus Tillamook

Tamdy séroskupina

Burana virus
Virus Tamdy

Séroskupina Thiafora

Erve virus
Virus Thiafora

Nezařazeno

Ahun virus
Virus Artashat
Burana virus
Virus Gossas
Virus Issyk-Kul
Virus Keterah
Virus South Bay
Virus Tamdy
Virus Uzun Agach

Reference

  1. ^ Virová taxonomie: vydání 2018, EC 50, Washington, DC, červenec 2018, ratifikace e-mailem říjen 2018 (MSL # 33) https://talk.ictvonline.org/taxonomy/
  2. ^ „9. zpráva ICTV (2011) Bunyaviridae" (html). Mezinárodní výbor pro taxonomii virů (ICTV). Citováno 31. ledna 2019. Nairo: z choroby ovcí Nairobi, první hlášené onemocnění způsobené členským virem.
  3. ^ A b C d Crabtree, Mary B., Rosemary Sang a Barry R. Miller. „Kupe Virus, nový virus z čeledi Bunyaviridae, rod Nairovirus, Keňa.“ Vznikající infekční nemoci 15 (2009): 147–54.
  4. ^ A b C d E F G „Nairovirus.“ Nairovirus. Virová zóna. <http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_species/251.html >.
  5. ^ A b C d E F G h i Büchen-Osmond, Cornelia. "00.011.0.03. Nairovirus." Popisy virů ICTVdb. 25. dubna 2006. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. 17. dubna 2009 <http://phene.cpmc.columbia.edu/ICTVdB/00.011.0.03.htm Archivováno 2008-09-05 na Wayback Machine >.
  6. ^ Honig JE, Osborne JC, Nichol ST (2004) Vysoká genetická variace virů rodu Nairovirus odráží rozmanitost jejich převládajících hostitelů klíšťat. Virology 318 (1): 10-16
  7. ^ Clerx, John PM, Jordi Casals a David HL Bishop. "Strukturální charakteristiky nairovirů (rod Nairovirus, Bunyaviridae)." Journal of General Virology 55 (1981): 165–78.

externí odkazy