Otevřený strom života - Open Tree of Life - Wikipedia

Otevřený strom života
K dispozici vAngličtina
URLopentreeoflife.org
KomerčníNe
Registracenení požadováno
SpuštěnoZáří 2015
Aktuální stavaktivní
Licence na obsah
BSD 2-klauzule (FreeBSD)[1]

The Otevřený strom života je online fylogenetické strom života - společné úsilí financované z Národní vědecká nadace.[2][3] První koncept, včetně 2,3 milionu druhů, byl vydán v září 2015.[4] Interaktivní graf umožňuje uživateli přiblížit se k taxonomickým klasifikacím, fylogenetickým stromům a informacím o uzlu. Kliknutím na druh se vrátí jeho zdrojová a referenční taxonomie.

Strom života v uzlu Eukaryota

Přístup

Projekt využívá a supertree přístup ke generování jediného fylogenetického stromu (podává se na tree.opentreeoflife.org[5]) z komplexního taxonomie a kurátorský soubor publikovaných fylogenetických odhadů.

Taxonomie je kombinací několika velkých klasifikací vytvořených jinými projekty; je vytvořen pomocí softwarového nástroje zvaného „smasher“[6] Výsledná taxonomie se nazývá Open Tree Taxonomy (OTT) a lze ji procházet online.[7]

Dějiny

Projekt byl zahájen v červnu 2012 tříletým NSF ocenění pro vědce na deseti univerzitách. V roce 2015 bylo uděleno dvouleté doplňkové ocenění vědcům ve třech institucích.

Viz také

Reference

  1. ^ „Licence OpenTreeOfLife“.
  2. ^ Hinchliff CE, Smith SA, Allman JF, Burleigh JG, Chaudhary R, ​​Coghill LM a kol. (Říjen 2015). „Syntéza fylogeneze a taxonomie do komplexního stromu života“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (41): 12764–9. Bibcode:2015PNAS..11212764H. doi:10.1073 / pnas.1423041112. PMC  4611642. PMID  26385966.
  3. ^ „Sestavování, vizualizace a analýza stromu života“. Národní vědecká nadace (NSF). Citováno 2016-02-11.
  4. ^ Pennisi E (21. září 2015). „První komplexní strom života ukazuje, jak jste příbuzní s miliony druhů.“. Vědecký časopis.
  5. ^ , vývojáři Open Tree of Life. „opentree“.
  6. ^ Rees JA, Cranston K (2017). "Automatizované sestavení referenční taxonomie pro syntézu fylogenetických dat". Deník biodiverzity. 5 (5): e12581. doi:10,3897 / BDJ.5.e12581. PMC  5515096. PMID  28765728.
  7. ^ „tree.opentreeoflife.org“.