Olex2 - Olex2

Olex[1][2] a Olex2[3][4] jsou univerzální software pro krystalografické výzkum. Olex býval výzkumným projektem vyvinutým během PhD provádět topologické (jako konektivita) analýza polymerní chemické struktury a stále je široce používán po celém světě. Olex2 je otevřený zdroj projekt s C ++ kód přenosný do Okna, Mac a Linux. Přestože projekty sdílejí společný název, na EU nesouvisí zdrojový kód úroveň.

Olex

Program Olex je určen pro analýzu rozšířených strukturálních sítí. Funguje pouze v systémech Windows a zdrojový kód je k dispozici pouze na vyžádání. Umožňuje zabalení struktury, konstrukci topologické sítě a vyhodnocení sítí Schläfli[5] a vrchol[6] symboly[7] a vyrábět rastr obrázky modelu viditelné na obrazovce. Tento druh topologické síťové analýzy se obvykle provádí za účelem zjištění relevance uvažovaných struktur a případně k předpovědi fyzikálních vlastností zkoumaného materiálu.

Olex2 je relativně nový, open source software[8][9] s Licence BSD který poskytuje nástroje od řešení krystalografické struktury až po přípravu závěrečné zprávy. Je stále ve fázi aktivního vývoje. Grafické uživatelské rozhraní nezávislé na platformě Olex2 poskytuje wxWidgets.[10] Olex2 má prodlouženou HTML založené rozhraní, vylepšené polštářem[11] a OpenGL grafika. Olex2 poskytuje řadu nástrojů pro strukturní analýzu a publikaci, včetně Fourier výpočet a vizualizace map a dutin, stanovení vesmírných skupin, výpočet esd pro téměř všechny možné geometrické parametry, CIF překlad do HTML a dalších dokumentů, atom vodíku umístění a mnoho dalších. Olex2 poskytuje konečný obrazový výstup jako rastrové obrázky nebo PostScript, Ortep[12]-jako nebo POV-Ray výstup. Tento software je dodáván jako binární soubory předem připravené pro Windows, Mac a Linux a také ve formě zdrojového kódu. Několik sestavovacích skriptů (SCons, CMake a udělat ) jsou poskytovány na pomoc s vývojem Olex2 - ale v celé aktualizaci jsou podporovány pouze SCons a jsou použity pro každou aktualizaci vydání a veškeré problémy je třeba řešit příznivcům. Olex2 nyní podporuje OlexSys Ltd.[13]

Jako GUI je Olex2 postaven ze dvou komponent - jádra Olex2, napsaného v C ++ a vystavujícího základní model GUI, většinou založeného na kódu Pythonu. Tato segregace umožňuje rozšířit Olex2 o vlastní skripty a využívat jeho funkčnost uživatelem na různých úrovních - operace indexování frézy, manipulace se soubory a mnoho dalších.

Olex2 poskytuje sadu komerčních rozšíření:

  • 3DPlus: poskytuje způsob výstupu souborů STL, VRML a PLY pro 3D tisk
  • ReportPlus: profesionálně vypadající zprávy o určení struktury včetně možnosti kombinovat struktury

Oficiální stránka

http://www.olexsys.org

Reference

  1. ^ Dolomanov O.V .; Blake A.J; Champness N.R .; Schroder M. (2003). „OLEX: nový software pro vizualizaci a analýzu rozšířených krystalových struktur“. J. Appl. Cryst. 36: 1283–1284. doi:10.1107 / s0021889803015267.
  2. ^ „Olex at CCP14“.
  3. ^ Dolomanov O.V .; Bourhis L.J .; Gildea R.J .; Howard J.A.K .; Puschmann H. (2009). "OLEX2: kompletní řešení struktury, program zdokonalení a analýzy". J. Appl. Cryst. 42: 229–341.
  4. ^ „Web Olex2“.
  5. ^ Wells, A. F. (1977). Trojrozměrné sítě a mnohostěny. New York: John Wiley.
  6. ^ O'Keeffe M .; Hyde S.T. (1997). Msgstr "Symboly vrcholů pro zeolitové sítě". Zeolity. 19: 370–374. doi:10.1016 / s0144-2449 (97) 00133-4.
  7. ^ "Topologická analýza v Olexu" (PDF).
  8. ^ „Olex2 at SourceForge“.
  9. ^ „Olex2 at Ohloh“.
  10. ^ „wxWidgets“.
  11. ^ „Přátelská vidlice PIL“.
  12. ^ „Ortep III“.
  13. ^ „OlexSys Ltd“.