Rozmanitost nukleotidů - Nucleotide diversity
Rozmanitost nukleotidů je koncept v molekulární genetika který se používá k měření stupně polymorfismus v rámci populace.[1]
Jedno běžně používané měřítko nukleotidové diverzity poprvé představil Nei a Li v roce 1979. Toto opatření je definováno jako průměrný počet nukleotid rozdíly mezi stránkami mezi dvěma DNA sekvence ve všech možných párech v populaci vzorku a je označen .
Je to dáno vzorcem:
kde a jsou příslušné frekvence th a th sekvence, je počet rozdílů nukleotidů na nukleotidové místo mezi th a th sekvence a je počet sekvencí ve vzorku.
Diverzita nukleotidů je měřítkem genetická variace. Obvykle je spojován s jinými statistickými měřeními populační rozmanitosti a je podobný očekávaná heterozygotnost. Tuto statistiku lze použít ke sledování diverzity uvnitř nebo mezi ekologickými populacemi, ke zkoumání genetických variací plodin a příbuzných druhů,[2] nebo k určení evolučních vztahů.[3]
Nukleotidovou diverzitu lze vypočítat přímým zkoumáním sekvencí DNA nebo ji lze odhadnout z údajů molekulárních markerů, jako je náhodná amplifikovaná polymorfní DNA (RAPD ) údaje [4] a zesílený polymorfismus délky fragmentu (AFLP ) údaje.[5]
Software
- DnaSP - DNA Sequence Polymorphism, je softwarový balíček pro analýzu nukleotidového polymorfismu z údajů sekvencí DNA.
- MEGA „Molekulární evoluční genetická analýza“ je softwarový balíček používaný pro odhad rychlosti molekulární evoluce, generování fylogenetických stromů a zarovnávání sekvencí DNA. K dispozici pro Windows, Linux a Mac OS X (od verze 5.x).
- Arlequin3 Tento software lze použít pro výpočty nukleotidové diverzity a řadu dalších statistických testů pro analýzu mezi populacemi a mezi populacemi. K dispozici pro Windows.
- Variské
- R balík PopGenome
Reference
- ^ Nei, M .; Masatoshi Nei; Wen-Hsiung Li (1. října 1979). „Matematický model pro studium genetických variací z hlediska restrikčních endonukleáz“. PNAS. 76 (10): 5269–73. doi:10.1073 / pnas.76.10.5269. PMC 413122. PMID 291943.
- ^ Kilian, B; Ozkan H; Walther A; Kohl J; Dagan T; Salamini F; Martin W (prosinec 2007). „Molekulární diverzita na 18 lokusech ve 321 divokých a 92 domestikovaných liniích neodhalila žádné snížení nukleotidové diverzity během domestikace Triticum monococcum (Einkorn): důsledky pro původ zemědělství“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (12): 2657–68. doi:10,1093 / molbev / msm192. PMID 17898361.
- ^ Yu, N .; Jensen-Seaman MI; Chemnick L; Ryder O; Li WH (březen 2004). „Rozmanitost nukleotidů u goril“. Genetika. 166 (3): 1375–83. doi:10.1534 / genetika.166.3.1375. PMC 1470796. PMID 15082556.
- ^ Borowsky, Richard L. (leden 2001). "Odhad diverzity nukleotidů z náhodných amplifikovaných polymorfních DNA a dat polymorfismu amplifikovaných délek fragmentů". Molekulární fylogenetika a evoluce. 18 (1): 143–8. doi:10,1006 / mpev.2000.0865. PMID 11161751.
- ^ Innan, Hideki; Ryohei Terauchib Günter Kahlb; Fumio Tajima (1. března 1999). „Metoda pro odhad diverzity nukleotidů z údajů AFLP“. Genetika. 151 (3): 1157–64. PMC 1460529. PMID 10049931.
![]() | Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |