Rodina NiCoT - NiCoT family

Proteiny, o nichž je v současné době známo, že patří do skupiny Ni²⁺-Co²⁺ Rodina transportérů (NiCoT) (TC # 2.A.52 ) lze nalézt v organismech od Gramnegativní a Grampozitivní bakterie na archaea a nějaký eukaryoty. Členové této rodiny katalyzují absorpci Ni²⁺ a / nebo Spol²⁺ v hnací síla protonu -závislý proces.^[1]

Struktura

Tyto proteiny mají velikost od asi 300 do 400 aminoacylových zbytků a mají 6, 7 nebo 8 transmembránových segmentů (TMS), o nichž se předpokládá, že jsou výsledkem intragenní 4 TMS duplikace, následovaná delecí jednoho nebo dvou TMS v případě 7 nebo 6 TMS proteinů. Topologické analýzy s HoxN Ni²⁺ přepravce Ralstonia eutropha (Alcaligenes eutrophus) naznačují, že má 8 TMS s N- a C-konci v cytoplazmě. Co²⁺ (Ni²⁺) přepravce Rhodococcus rhodochrous, NhlF, vykazuje osm domnělých TMS a osm zjevných TMS je odhaleno hydropatie analýzy vícenásobného srovnání sekvencí rodinných proteinů. HX⁴DH motiv v helixu 2 proteinu HoxN byl zahrnut v Ni²⁺ vazba a jak spirála 1, tak spirála 2, které interagují prostorově, tvoří filtr selektivity.^[2] V Helicobacter pylori NixA homolog, několik konzervovaných motivů se ukázalo jako důležité pro Ni²⁺ vázání a přeprava.^[1]^[3]

Je známa alespoň jedna krystalová struktura, kterou určili Yu a kol.,^[4] Dostupné v PDB: 4M58.

Reakce

Celková reakce katalyzovaná proteiny rodiny NiCoT je:^[1]

[Ni²⁺ a / nebo Co.²⁺] (ven) → [Ni²⁺ a / nebo Co.²⁺] (v).

Proteiny

Několik charakterizovaných proteinů patří k Ni²⁺-Co²⁺ Rodina transportérů (NiCoT) (TC # 2.A.43). Úplný seznam těchto proteinů spolu s jejich identifikačními čísly klasifikace transportérů (TCID), doménou, říší / kmenem a některými příklady lze nalézt v Databáze klasifikace transportérů.