NgAgo - NgAgo

NgAgo je jednořetězcová DNA (ssDNA) Argonaute endonukleáza, zkratka pro Natronobacterium Gregoryi Arjítnaute. NgAgo váže 5 ' fosforylovaný ssDNA ~ 24 nukleotidy (gDNA), která jej navede na své cílové místo a vytvoří DNA dvouvláknové zlomy v místě gDNA. Jako CRISPR / Cas systému NgAgo bylo údajně vhodné pro editace genomu,[1] ale toto nebylo replikováno. Na rozdíl od Cas9, systém NgAgo – gDNA nevyžaduje a protospacer sousední motiv (PAM).

Role

NgAgo bylo navrženo jako užitečné pro editaci genomu v květnu 2016 kvůli vysoké přesnosti a efektivitě systému, o které se říká, že minimalizuje účinky mimo cíl. Specifičnost gDNA je zásadní, protože účinnost štěpení je narušena jediným nesouladem nukleotidů mezi vodicí a cílovou molekulou. Použití 5 ‘fosforylovaných ssDNA jako vodicích molekul snižuje možnost, že buněčné oligonukleotidy budou zavádějící NgAgo. Vodicí molekula může být připojena k NgAgo pouze během exprese proteinu. Jakmile je průvodce načten, NgAgo nemůže vyměnit volnou plovoucí ssDNA za svou gDNA. Návrh, syntéza a úprava koncentrace ssDNA je snadnější ve srovnání se systémy používajícími sgRNA. Požadovaná dávka ssDNA je menší než dávka sgRNA expresního plazmidu.[1]

Kontroverze

Pochybnosti o této technice byly vyvolány na fórech pro úpravy genů již v červnu a přetrvávaly.[2] Existuje několik obvinění, že tento postup není možný reprodukovat. Přírodní biotechnologie, který výzkum původně publikoval, vyšetřuje.[3][4] V listopadu 2016 byl zveřejněn dopis v Protein & Cell zpochybnění výzkumu a tvrzení hlavního autora, že replikace vyžaduje „vynikající experimentální dovednosti“.[5] Stejný měsíc, Přírodní biotechnologie zveřejnil článek kritické korespondence tří skupin[6] a doprovodné vyjádření znepokojení redaktorů původního článku.[7] Autoři tuto studii odvolali v prohlášení zveřejněném v Nature Biotechnology dne 3. srpna 2017 s odvoláním na pokračující neschopnost výzkumné komunity replikovat své výsledky.[8] V roce 2018 dospělo vyšetřování vedené Hanovou univerzitou k závěru, že zatímco Hanova zjištění byla chybná, on a jeho tým nechtěli klamat vědeckou komunitu.[9] V dubnu 2019, a předtisk článek zjistil, že NgAgo má schopnost upravovat geny a naznačil, že předchozí výsledky mohly být obtížně reprodukovatelné kvůli obtížím spojeným s čištěním aktivního proteinu.[10][11]

Reference

  1. ^ A b Gao, Feng; Shen, Xiao Z; Jiang, Feng; Wu, Yongqiang; Han, Chunyu (2016). „Úpravy genomu řízené DNA pomocí Natronobacterium gregoryi Argonaute“. Přírodní biotechnologie. 34 (7): 768–773. doi:10.1038 / nbt.3547. PMID  27136078.
  2. ^ Blow, Nathan (4. října 2016). „Upravit nebo ne: Příběh NgAgo“. Biotechniky. Citováno 29. listopadu 2016.
  3. ^ Cyranoski, David (2016). „Replikace, výsměch a samotář: kontroverze okolo úpravy genů NgAgo se zintenzivňuje“. Příroda. 536 (7615): 136–137. doi:10.1038 / 536136a. PMID  27510204. Citováno 17. srpna 2016.
  4. ^ Cyranoski, David (2016). „Kontroverze týkající se úpravy genů NgAgo se stupňuje v recenzovaných článcích“. Příroda. 540 (7631): 20–21. doi:10.1038 / příroda.2016.21023. PMID  27905463. Citováno 25. listopadu 2016.
  5. ^ Burgess, Shawn; Cheng, Linzhao; Gu, Feng; Huang, Junjiu; Huang, Zhiwei; Lin, Shuo; Li, Jinsong; Li, Wei; Qin, Wei; Sun, Yujie; Songyang, Zhou; Wei, Wensheng; Wu, Qiang; Wang, Haoyi; Wang, Xiaoqun; Xiong, Jing-Wei; Xi, Jianzhong; Yang, Hui; Zhou, Bin; Zhang, Bo (15. listopadu 2016). „Dotazy k NgAgo“. Protein & Cell. 7 (12): 913–915. doi:10.1007 / s13238-016-0343-9. PMC  5205665. PMID  27848216.
  6. ^ Lee, Seung Hwan; Turchiano, Giandomenico; Ata, Hirotaka; Nowsheen, Somaira; Romito, Marianna; Lou, Zhenkun; Ryu, Seuk-Min; Ekker, Stephen C; Cathomen, Toni; Kim, Jin-Soo (28. listopadu 2016). "Nepodařilo se detekovat editaci genomu pomocí DNA Natronobacterium gregoryi Argonaute ". Přírodní biotechnologie. 35 (1): 17–18. doi:10,1038 / nbt.3753. PMC  5662444. PMID  27893702.
  7. ^ Gao, Feng; Shen, Xiao Z; Jiang, Feng; Wu, Yongqiang; Han, Chunyu (28. listopadu 2016). „Opraveno online 28. listopadu 2016“. Přírodní biotechnologie. 34 (7): 768–773. doi:10.1038 / nbt.3547. PMID  27136078.
  8. ^ Cyranoski, David (2017). „Autoři odvolávají kontroverzní Ng Před studie genové editace ". Příroda. doi:10.1038 / příroda.2017.22412.
  9. ^ Cyranoski, David (2018). „Univerzita zbavuje autory studií NgAgo genové editace podvodů“. Příroda. doi:10.1038 / d41586-018-06163-0.
  10. ^ „Nový protein pro úpravu genů může zlepšit léčbu nemocí, udržitelnou výrobu“. 3. dubna 2019.
  11. ^ Solomon, Kevin (2019). „Homologní rekombinace v E. coli se zvýšenou NgAgo je zprostředkována aktivitou endonukleázy DNA“. bioRxiv. doi:10.1101/597237.