Newbler - Newbler
| Vývojáři | 454 biologických věd |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | v2.7 / 28. února 2012 |
| Operační systém | Linux i386 / x86_64 |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | Komerční |
Newbler je softwarový balíček pro de novo DNA sestava sekvence. Je navržen speciálně pro sestavování sekvenčních dat generovaných řadou 454 GS pyrosekvenování platformy prodávané společností 454 biologických věd, a Roche Diagnostics společnost.[1]
Používání
Newbler může běžet přes a Jáva GUI (gsAssembler) nebo příkazový řádek (runAssembly). Nativně pracuje s datovým výstupem .SFF sekvencerem, ale je také schopen přijmout FASTA - soubory obsahující nukleotidové sekvence s informacemi o kvalitě nebo bez nich a - FASTQ soubory. Bude používat starší Sangerova sekvence data, pokud jsou vhodně naformátována, aby pomohla při montáži a lešení.
Viz také
Reference
- ^ Genivaldo, GZ; Silva, Bas E; Dutilh, David; Matthews, Keri; Elkins, Robert; Schmieder, Elizabeth A; Dinsdale, Robert A Edwards (2013). „Kombinace sestavy de novo a referencí s scaffold_builder“. Zdrojový kód Biomed Central. 8 (23): 23. doi:10.1186/1751-0473-8-23. PMC 4177539. PMID 24267787.
externí odkazy
  | Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |