New South Wales Systems Biology Initiative - New South Wales Systems Biology Initiative - Wikipedia

The New South Wales Systems Biology Initiative, režie Marc Wilkins je nezisková organizace v rámci Škola biotechnologie a biomolekulárních věd na University of New South Wales. Zaměřují se na provádění základního a aplikovaného výzkumu ve vývoji a aplikaci bioinformatiky pro genomika a proteomika.

Výzkum prováděný na iniciativě Systems Biology Initiative

Výzkumní pracovníci zařízení v současné době pracují na následujících projektech:[Citace je zapotřebí ]

Methylace na proteomu Saccharomyces cerevisiae

Úpravy generují podmíněné účinky na bílkoviny, přičemž jejich kovalentní vazba na aminokyseliny způsobí poruchu konkrétního proteinu, což bude mít dopad na potenciální interakce jeho nově upravené formy.[1] Methylace je jednou z nejuznávanějších posttranslačních modifikací v histony pro strukturu chromatinu a genovou expresi.[2] Je to také jedna z mnoha modifikací nalezených na krátkých N-koncových oblastech histonů, které se sestavují za vzniku histonového kódu, který reguluje sestavení chromatinu a regulaci epigenetického genu.[3] Identifikace methylace napříč interaktomem je špatně zdokumentována. Vědci z iniciativy System Biology Initiative identifikovali techniky k identifikaci nových zbytků methylovaného lysinu a argininu prostřednictvím hmotnostní spektrometrie[4] a peptidové hromadné otisky prstů.[5] V současné době jsou vědci v procesu využívání těchto technik k identifikaci nových methylovaných zbytků v Saccharomyces cerevisiae interakční.

Separace a identifikace proteinových komplexů

Rozsáhlá analýza proteinových komplexů je objevujícím se problémem jako metody frakcionace proteinových komplexů, které nejsou kompatibilní s následnými proteomickými technikami. Iniciativa Systems Biology využívá techniku ​​modré nativní elektroforézy s kontinuální elucí (BN-CEE).[6] Tato metoda generuje frakce proteinových komplexů v kapalné fázi. Výsledné komplexy lze dále analyzovat elektroforézou na polyakrylamidovém gelu a hmotnostní spektrometrií. To pomůže identifikovat základní proteiny mnoha komplexů. V současné době vědci používají tuto techniku ​​na internetu Saccharomyces cerevisiae buněčný lyzát.

Vizualizace proteinů, komplexů a interakčních sítí

Integraci biologických dat, včetně proteinových struktur, interakcí atd., Lze generovat pomocí automatizované technologie. Důležitost těchto dat může být často ztracena bez řádné vizualizace dat. Iniciativa Systems Biology Initiative v současné době pracuje na adaptaci vizualizačního systému Skyrails. Tento systém zvaný interaktonium používá virtuální buňku pro vizualizaci interakční sítě, proteinových komplexů a proteinových 3-D struktur Saccharomyces cerevisiae.[7] Nástroj může zobrazit složité sítě až 40 000 proteinů nebo 6000 multiproteinových komplexů. Interactorium umožňuje víceúrovňové sledování molekulární biologie buňky. Interactorium je k dispozici ke stažení.[8]

Reference

  1. ^ Wilkins MR, Kummerfeld SK (květen 2008). „Držet spolu? Rozpadat se? Prozkoumat dynamiku interaktomu“. Trendy v biochemických vědách. 33 (5): 195–200. doi:10.1016 / j.tibs.2008.03.001. PMID  18424047.
  2. ^ Fischle W, Tseng BS, Dormann HL a kol. (Prosinec 2005). „Regulace vazby HP1-chromatinu methylací a fosforylací histonu H3“. Příroda. 438 (7071): 1116–22. doi:10.1038 / nature04219. PMID  16222246.
  3. ^ Strahl BD, Allis CD (leden 2000). "Jazyk kovalentních modifikací histonu". Příroda. 403 (6765): 41–5. doi:10.1038/47412. PMID  10638745.
  4. ^ Couttas TA, Raftery MJ, Bernardini G, Wilkins MR (červenec 2008). „Imoniové iontové skenování pro objev posttranslačních modifikací a jeho aplikace na histony“. Journal of Proteome Research. 7 (7): 2632–41. doi:10.1021 / pr700644t. PMID  18517236.
  5. ^ Pang CN, Gasteiger E, Wilkins MR (2010). „Identifikace methylace argininu a lysinu v proteomu Saccharomyces cerevisiae a její funkční důsledky“. BMC Genomics. 11: 92. doi:10.1186/1471-2164-11-92. PMC  2830191. PMID  20137074.
  6. ^ Huang KY, Filarsky M, Padula MP, Raftery MJ, Herbert BR, Wilkins MR (květen 2009). „Mikropreparativní frakcionace komplexomu modrou nativní elektroforézou s kontinuální elucí“. Proteomika. 9 (9): 2494–502. doi:10.1002 / pmic.200800525. PMID  19343713.
  7. ^ Widjaja YY, Pang CN, Li SS, Wilkins MR, Lambert TD (prosinec 2009). „Interactorium: vizualizace proteinů, komplexů a interakčních sítí ve virtuální 3-D buňce“. Proteomika. 9 (23): 5309–15. doi:10.1002 / pmic.200900260. PMID  19798670.
  8. ^ „Stahování: Interactorium“. New South Wales Systems Biology Initiative.

externí odkazy