Síť sousedů - Neighbor-net

Příklad sítě sousedů fylogenetická síť generováno uživatelem SplitsTree v4.6.

NeighborNet^[1] je algoritmus pro konstrukci fylogenetické sítě který volně vychází z soused se připojí algoritmus. Stejně jako připojení sousedů, metoda trvá a matice vzdálenosti jako vstup a funguje aglomerací klastrů. Algoritmus NeighborNet však může vést ke kolekcím klastrů, které se překrývají a netvoří hierarchie, a jsou reprezentovány pomocí typu fylogenetické sítě zvané a rozdělí graf. Pokud matice vzdálenosti vyhovuje Kalmansonovy kombinatorické podmínky pak Neighbor-net vrátí odpovídající kruhové řazení.^[2]^[3] Metoda je implementována v SplitsTree a R / Phangorn^[4]^[5] balíčky.

Příklady aplikace Neighbor-net lze najít ve virologii,^[6] zahradnictví,^[7] genetika dinosaurů,^[8] srovnávací lingvistika a archeologie.^[9]

Reference

^ Bryant D, Moulton V (únor 2004). „Neighbor-net: aglomerativní metoda pro stavbu fylogenetických sítí“. Molekulární biologie a evoluce. 21 (2): 255–65. doi:10.1093 / molbev / msh018. PMID 14660700.
^ Bryant D, Moulton V, Spillner A (červen 2007). "Konzistence algoritmu sousedské sítě". Algoritmy pro molekulární biologii. 2: 8. doi:10.1186/1748-7188-2-8. PMC 1948893. PMID 17597551.
^ Levy D, Pachter L (srpen 2011). "Algoritmus sousední sítě". Pokroky v aplikované matematice. 47 (2): 240–58. doi:10.1016 / j.aam.2010.09.002.
^ Schliep KP (únor 2011). "phangorn: fylogenetická analýza v R". Bioinformatika. 27 (4): 592–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq706. PMC 3035803. PMID 21169378.
^ Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). „Prolínání fylogenetických stromů a sítí“. Metody v ekologii a evoluci. 8 (10): 1212–1220. doi:10.1111 / 2041-210X.12760.
^ Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Günther S, Rabenau HF, Doerr HW (březen 2009). „Desetiletý molekulární průzkum viru herpes simplex typu 1 v Německu prokázal stabilní a vysokou prevalenci genotypů A a B“. Journal of Clinical Virology. 44 (3): 235–7. doi:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.
^ Kilian B, Ozkan H, Deusch O, Effgen S, Brandolini A, Kohl J a kol. (Leden 2007). „Nezávislý původ genomu pšenice B a G při křížení haplotypů Aegilops progenitor“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (1): 217–27. doi:10.1093 / molbev / msl151. PMID 17053048.
^ Buckley M, Walker A, Ho SY, Yang Y, Smith C, Ashton P a kol. (Leden 2008). „Komentář k“ Proteinové sekvence od mastodona a Tyrannosaura rexe odhalené hmotnostní spektrometrií"". Věda. 319 (5859): 33, odpověď autora 33. Bibcode:2008Sci ... 319 ... 33B. doi:10.1126 / science.1147046. PMC 2694913. PMID 18174420.
^ Shennan S (200). Vzorec a proces v kulturní evoluci. University of California Press.

Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[pmid14660700-1] Bryant D, Moulton V (únor 2004). „Neighbor-net: aglomerativní metoda pro stavbu fylogenetických sítí“. Molekulární biologie a evoluce. 21 (2): 255–65. doi:10.1093 / molbev / msh018. PMID 14660700.

[pmid17597551-2] Bryant D, Moulton V, Spillner A (červen 2007). "Konzistence algoritmu sousedské sítě". Algoritmy pro molekulární biologii. 2: 8. doi:10.1186/1748-7188-2-8. PMC 1948893. PMID 17597551.

[3] Levy D, Pachter L (srpen 2011). "Algoritmus sousední sítě". Pokroky v aplikované matematice. 47 (2): 240–58. doi:10.1016 / j.aam.2010.09.002.

[4] Schliep KP (únor 2011). "phangorn: fylogenetická analýza v R". Bioinformatika. 27 (4): 592–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq706. PMC 3035803. PMID 21169378.

[5] Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). „Prolínání fylogenetických stromů a sítí“. Metody v ekologii a evoluci. 8 (10): 1212–1220. doi:10.1111 / 2041-210X.12760.

[pmid19186100-6] Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Günther S, Rabenau HF, Doerr HW (březen 2009). „Desetiletý molekulární průzkum viru herpes simplex typu 1 v Německu prokázal stabilní a vysokou prevalenci genotypů A a B“. Journal of Clinical Virology. 44 (3): 235–7. doi:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.

[pmid17053048-7] Kilian B, Ozkan H, Deusch O, Effgen S, Brandolini A, Kohl J a kol. (Leden 2007). „Nezávislý původ genomu pšenice B a G při křížení haplotypů Aegilops progenitor“. Molekulární biologie a evoluce. 24 (1): 217–27. doi:10.1093 / molbev / msl151. PMID 17053048.

[pmid18174420-8] Buckley M, Walker A, Ho SY, Yang Y, Smith C, Ashton P a kol. (Leden 2008). „Komentář k“ Proteinové sekvence od mastodona a Tyrannosaura rexe odhalené hmotnostní spektrometrií"". Věda. 319 (5859): 33, odpověď autora 33. Bibcode:2008Sci ... 319 ... 33B. doi:10.1126 / science.1147046. PMC 2694913. PMID 18174420.

[9] Shennan S (200). Vzorec a proces v kulturní evoluci. University of California Press.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]