Národní centrum pro integrativní biomedicínskou informatiku - National Center for Integrative Biomedical Informatics

The Národní centrum pro integrativní biomedicínskou informatiku (NCIBI) je jedním ze sedmi Národní centra pro biomedicínské výpočty financovaný Národní institut zdraví Plán (NIH) pro lékařský výzkum.[1][2] Centrum je umístěno na Michiganská univerzita a je součástí Centrum pro výpočetní medicínu a bioinformatiku. Posláním NCIBI je vytvářet cílené znalostní prostředí pro molekulární biomedicínský výzkum, které pomohou řídit experimenty a umožní nové poznatky z analýzy komplexních onemocnění. Byla založena v říjnu 2005.

Centrum vyvíjí výpočetní metody pro efektivní přístup a integraci biologických dat. Řízení biologických projektů (DBP) poskytuje výchozí bod, od kterého je vývoj nástrojů informován, spuštěn a testován. Mezi aktuální DBP patří genová fúze u rakoviny, hlavní orgánově specifické komplikace cukrovka, výživa a obezita a sdružení komorbidních chorob bipolární porucha. Kromě testovacích nástrojů pro funkčnost se testování věnuje samostatný tým použitelnost a interakce s uživatelem.

Jakmile jsou nástroje vyvinuty a ověřeny, Centrum rozšiřuje data a software po univerzitě a širší komunitě biomedicínského výzkumu. Různé mechanismy, například tréninková videa,[3] výukové programy,[4] a demonstrace a prezentace na významných vědeckých konferencích se používají ke sdílení dat a softwaru NCIBI na národní i mezinárodní úrovni.[5]

Dostupné nástroje

Kromě níže uvedených nástrojů jsou obohacená data obsažená v mnoha databázích NCIBI k dispozici na kartě Databáze na stránce Vyzkoušejte naše nástroje.[6]

Průzkumná analýza

názevPopis
ConceptGen[7]An otevřený zdroj nástroj pro obohacení genové sady a nástroj pro mapování konceptů. Tento webový nástroj lze použít jak k identifikaci biologických genových sad (nazývaných koncepty) obohacených odlišně exprimované geny (nebo jakýkoli jiný seznam genů identifikovaný uživatelem) a prozkoumat sítě vztahů mezi biologickými koncepty z různých biologických zdrojů
MetScape[8]A Cytoscape plugin používaný k vizualizaci a analýze metabolomický data. Využívá data z rekonstrukce Edinburgh Human Metabolic Network. MetScape usnadňuje vizualizaci složitých sítí a zobrazuje související informace o reakce, enzymy a cesty
Doplněk MiMI[9]A Cytoscape plugin, který je otevřený zdroj interaktivní vizualizační nástroj pro analýzu proteinové interakce a jejich biologické účinky
Michiganské molekulární interakce (MiMI)[10]Webový protein, cesta a genová interakce nářadí

Hledání konceptuální literatury

názevPopis
BioSearch-2DNástroj, který vykresluje obsah velkých sbírek biomedicínských dokumentů do jedné dynamické mapy
Gene2MeshAutomatizovaný anotační nástroj, který spojuje termíny Medical Subject Heading (MeSH) s geny pomocí Národní lékařská knihovna je PubMed literární databáze
Metab2MeSHNástroj, který používá statistický přístup ke spolehlivé a automatické anotaci metabolitů pomocí konceptů definovaných v MeSH Národní lékařská knihovna řízená slovní zásoba pro biomedicínské pojmy
MiSearch[11]Nástroj pro vyhledávání literatury, který pracuje s Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) Entrez rychle hledat PubMed citace a zobrazit je seřazené podle relevance k zájmům výzkumu
PubAnatomy[12]Nástroj pro průzkum literatury, který poskytuje nové způsoby zkoumání vztahů mezi anatomickými strukturami, patofyziologickými procesy, genová exprese úrovně a interakce protein-protein v kontextu Medline literatura a experimentální data
PubOntoNástroj pro průzkum literatury, který poskytuje více ontologie z Otevřené biomedicínské ontologie pomoci vědcům prozkoumat literaturu z různých perspektiv

Viz také

Poznámky

  1. ^ Společný fond NIH, bioinformatika a výpočetní biologie
  2. ^ Národní centra pro biomedicínské výpočty, shrnutí
  3. ^ Kanál NCIBI na YouTube
  4. ^ Virtuální workshopy NCIBI
  5. ^ Prezentace NCIBI
  6. ^ NCIBI Vyzkoušejte stránku Naše nástroje
  7. ^ Sartor, M. A .; Mahavisno, V .; Keshamouni, V. G .; Cavalcoli, J .; Wright, Z .; Karnovsky, A .; Kuick, R .; Jagadish, H.V .; Mirel, B. (2009). „ConceptGen: nástroj pro obohacení genové sady a mapování relací genové sady“. Bioinformatika. 26 (4): 456–63. doi:10.1093 / bioinformatika / btp683. PMC  2852214. PMID  20007254.
  8. ^ Gao, J .; Tarcea, V. G .; Karnovsky, A .; Mirel, B. R .; Weymouth, T. E .; Beecher, C. W .; Cavalcoli, J. D .; Athey, B. D .; Omenn, G. S. (2010). „Metscape: plug-in Cytoscape pro vizualizaci a interpretaci metabolomických dat v kontextu lidských metabolických sítí“. Bioinformatika. 26 (7): 971–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq048. PMC  2844990. PMID  20139469.
  9. ^ Gao, J .; Ade, A. S .; Tarcea, V. G .; Weymouth, T. E .; Mirel, B. R .; Jagadish, H.V .; States, D. J. (2008). „Integrace a anotace interaktomu pomocí pluginu MiMI pro cytoscape“. Bioinformatika. 25 (1): 137–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btn501. PMC  2638934. PMID  18812364.
  10. ^ Tarcea, V. G .; Weymouth, T .; Ade, A .; Bookvich, A .; Gao, J .; Mahavisno, V .; Wright, Z .; Chapman, A .; Jayapandian, M. (2009). „Michiganské molekulární interakce r2: od interagujících proteinů po cesty“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D642–6. doi:10.1093 / nar / gkn722. PMC  2686565. PMID  18978014.
  11. ^ States, D. J .; Ade, A. S .; Wright, Z. C .; Bookvich, A. V .; Athey, B. D. (2009). „Adaptivní vyhledávací nástroj pubMed pro MiSearch“. Bioinformatika. 25 (7): 974–6. doi:10.1093 / bioinformatika / btn033. PMC  2660869. PMID  18326507.
  12. ^ Xuan, Weijian; Dai, Manhong; Mirel, Barbara; Song, Jean; Athey, Brian; Watson, Stanley J; Meng, Fan (2009). „Otevřený biomedicínský ontologický průzkum Medline“. BMC bioinformatika. 10: S6. doi:10.1186 / 1471-2105-10-S5-S6. PMC  2679406. PMID  19426463.

Reference

externí odkazy