Minimální požadované informace o experimentu s glykomiky (MIRAGE) - Minimum Information Required About a Glycomics Experiment (MIRAGE)

The Minimální požadované informace o experimentu s glykomiky (MIRAGE) iniciativa je součástí Minimální informační standardy a konkrétně se vztahuje na pokyny pro podávání zpráv (popisující metadata ) na glykomika experiment. Iniciativu podporuje Beilstein Institute for the Advancement of Chemical Sciences.[1]. Projekt MIRAGE se zaměřuje na vývoj publikačních pokynů pro interakční a strukturní glykomická data, jakož i vývoj formátů pro výměnu dat. Projekt byl zahájen v roce 2011 v Seattlu a zahájen popisem cílů projektu MIRAGE.[2]

Organizace

Komise MIRAGE se skládá ze tří skupin, které úzce spolupracují Poradní sbor Skládá se z předních vědců v glykobiologii, kteří například kriticky hodnotí výsledky pracovní skupiny a podporují pokyny pro podávání zpráv v rámci komunity. pracovní skupina hledá externí konzultace a přímo komunikuje s glykomickou komunitou. Členové skupiny provádějí definované dílčí projekty (např. Vývoj a revize pokynů) zaměřením na konkrétní oblasti výzkumu, aby splnily obecné cíle projektu MIRAGE. koordinační tým propojí podprojekty z pracovní skupiny a předá výsledky poradní radě k posouzení.

Pokyny pro podávání zpráv

Byly vyvinuty a zveřejněny následující pokyny pro podávání zpráv:

  • Pokyny MIRAGE MS pro podávání zpráv analýza glykanu založená na hmotnostní spektrometrii.[2] Tyto pokyny vycházejí z: MIAPE šablona pokynů, tj. MIAPE-MS verze 2.24 [3]
  • MIRAGE Pokyny pro přípravu vzorků [4] které jsou považovány za společný základ pro jakékoli další pokyny pro vykazování MIRAGE, aby byly požadavky na analýzu dat krátké a konzistentní.
  • Pokyny pro microarray MIRAGE Glycan pro komplexní popis Glycanové pole experimenty byly vyvinuty pokyny pro podávání zpráv pro analýzu glykanové mikropolí [5]. Abychom autorům pomohli s podáváním zpráv v souladu s těmito pokyny, poskytujeme vzorové publikace a šablonu s příkladem dat[6].
  • MIRAGE Pokyny pro kapalinovou chromatografii pro hlášení údajů o glykanu pro kapalinovou chromatografii (LC) [7].

Deriváty

Pokyny pro podávání zpráv MIRAGE poskytují základní rámce pro následné projekty související s vývojem jak softwarových nástrojů pro analýzu experimentálních dat o glykanu, tak databází pro ukládání dat pro analýzu interakcí (např. Z experimentů s glykanickými mikročipy) a dat ze strukturní analýzy (např. Z hmotnostní spektrometrie) a kapalinové chromatografie). Protože pokyny obsahují definice minimálních informací požadovaných pro komplexní hlášení glykomických experimentů, jsou tyto informace začleněny do databázových struktur, formulářů pro sběr dat a formátů pro výměnu dat.

Následující databáze vyhovují směrnicím MIRAGE:

Následující projekty odkazují na standardy MIRAGE:

  • GlyTouCan je úložiště glykanové struktury, kde jsou jednotlivě hlášeným glykanovým strukturám přiřazeny jedinečné identifikátory
  • UniCarbKB databáze glykanů a glykoproteinů
  • GlyGen, projekt integrace a šíření dat pro data týkající se sacharidů a glykokonjugátu
  • GlyConnect, integrovaná platforma pro glykomiku a glykoproteomiku

Reference

  1. ^ „MIRAGE v Beilsteinově institutu“.
  2. ^ A b Kolarich, Daniel; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B .; Haslam, Stuart M .; Zaia, Joseph; McBride, Ryan; Agravat, Sanjay; Campbell, Matthew P .; Kato, Masaki; Ranzinger, Rene; Kettner, Carsten; York, William S. (1. dubna 2013). „Minimální informace požadované pro projekt Glycomics Experiment (MIRAGE): Zlepšení standardů pro hlášení glykoanalytických dat založených na hmotnostní spektrometrii“. Molekulární a buněčná proteomika. 12 (4): 991–995. doi:10,1074 / mcp.O112.026492. ISSN  1535-9476. PMC  3617344. PMID  23378518.
  3. ^ Taylor, Chris F; Binz, Pierre-Alain; Aebersold, Ruedi; Affolter, Michel; Barkovich, Robert; Deutsch, Eric W; Horn, David M; Hühmer, Andreas; Kussmann, Martin; Lilley, Kathryn; Macht, Marcus; Mann, Matthias; Müller, Dieter; Neubert, Thomas A; Nickson, Janice; Patterson, Scott D; Raso, Roberto; Resing, Kathryn; Seymour, Sean L; Tsugita, Akira; Xenarios, Ioannis; Zeng, Rong; Julian, Randall K (1. srpna 2008). "Pokyny pro hlášení použití hmotnostní spektrometrie v proteomice". Přírodní biotechnologie. 26 (8): 860–861. doi:10.1038 / nbt0808-860. PMID  18688232. S2CID  205270031.
  4. ^ Struwe a kol. (Září 2016). „Minimální informace požadované pro projekt glykomikového experimentu (MIRAGE): pokyny pro přípravu vzorků pro spolehlivé hlášení glykomických datových souborů“. Glykobiologie. 26 (9): 907–910. doi:10.1093 / glycob / cww082. PMC  5045532. PMID  27654115.
  5. ^ Liu a kol. (Duben 2017). „Minimální informace požadované pro projekt glykomikového experimentu (MIRAGE): zlepšení standardů pro vykazování údajů založených na glykanové microarray“. Glykobiologie. 27 (4): 280–284. doi:10.1093 / glycob / cww118. PMC  5444268. PMID  27993942.
  6. ^ Příklady - MIRAGE - Projekty - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften
  7. ^ Campbell, Matthew P; Abrahams, Jodie L; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B; Costello, Catherine E; Novotný, Miloš; Ranzinger, Rene; York, William S; Kolarich, Daniel; Rudd, Pauline M; Kettner, Carsten (19. února 2019). "Minimální informace požadované pro projekt Glycomics Experiment (MIRAGE): Pokyny LC". Glykobiologie. 29 (5): 349–354. doi:10.1093 / glycob / cwz009. PMID  30778580.
  8. ^ Karlsson, Niclas; Lisacek, Frederique; Aoki-Kinoshita, Kiyoko F .; Packer, Nicolle H .; Kettner, Carsten; Wuhrer, Manfred; Rudd, Pauline M .; Kolarich, Daniel; Levander, Fredrik; Struwe, Weston B .; Horlacher, Oliver; Miller, Rebecca L .; Zhang, Tao; Madunic, Katarina; Ashwood, Christopher; Shinmachi, Daisuke; Aoki, Nobuyuki P .; Venkatakrishnan, Vignesh; Jin, Chunsheng; Andersson, Peter; Mariethoz, Julien; Rojas-Macias, Miguel A. (27. srpna 2018). „e-workflow pro záznam glykomických hmotnostních spektrometrických dat v souladu s pokyny pro hlášení“. bioRxiv: 401141. doi:10.1101/401141.

externí odkazy