Mesquite (software) - Mesquite (software)
 | |
| Původní autoři | Wayne P. Maddison, David R. Maddison |
|---|---|
| První vydání | 14. března 2001 |
| Stabilní uvolnění | 3.2 / 1. ledna 2017 |
| Úložiště |  |
| Napsáno | Jáva |
| Operační systém | Macintosh, Windows, Unixový |
| Plošina | Cross-platform |
| Typ | Věda |
| webová stránka | mesquiteproject |
Mesquite je softwarový balíček primárně určený pro fylogenetické analýzy. Byl vyvinut jako nástupce MacClade,[1] když autoři uznali, že implementace modulární architektury v MacClade by byla neproveditelná.[2] Mesquite je z velké části napsán Jáva a použití NEXUS -formátované soubory[3] jako vstup. Mesquite je k dispozici jako kompilovaný spustitelný soubor pro platformy Macintosh, Windows a Unix,[4] a zdrojový kód je k dispozici na GitHub.
Odůvodnění
Architektura Mesquite byla výslovně navržena tak, aby využívala modularitu a rozšiřitelnost Objektově orientované programování.[5] V praxi Mesquite moduly jsou Java třídy, obvykle konkrétní podtřídy abstraktních definic tříd.[6] Tato modulární architektura umožnila vývoj dalších balíčků[7] které lze použít jako zásuvné moduly pro Mesquite.
Rozsah
Mesquite poskytuje řadu analýz včetně odhad stavu předků a diverzifikační analýza. Mesquite také obsahuje nástroje pro simulaci dat, jako jsou dřeviny druhů, genové stromy a matice DNA. Základní distribuce Mesquite poskytuje interoperabilitu s jinými programy, například pro vícenásobné zarovnání sekvence (např. Clustal a MAFFT ), stejně jako schopnost načíst data sekvence DNA z GenBank. Mesquite obsahuje některé základní nástroje pro odhad fylogenetického stromu; nicméně Zephyr[8] balíček poskytuje rozhraní Mesquite pro interakci s jinými fylogenetickými odvozovacími programy včetně RAxML,[9][10] PAUP * a GARLI.
externí odkazy
Reference
- ^ D. R. Maddison a W. P. Maddison. „MacClade“. Citováno 2016-03-11.
- ^ Tým projektu Mesquite. "Historie Mesquite". Citováno 2016-03-11.
- ^ Maddison D.R., Swofford D.J., Maddison W.P. (1997). Msgstr "NEXUS: rozšiřitelný formát souboru pro systematické informace". Systematická biologie. 46 (4): 590–621. doi:10.1093 / sysbio / 46.4.590. ISSN 1063-5157. PMID 11975335.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Tým projektu Mesquite. "Instalace Mesquite". Citováno 2016-03-11.
- ^ Tým projektu Mesquite. „Proč Mesquite?“.
- ^ Tým projektu Mesquite. „Jak Mesquite funguje“. Citováno 2016-03-11.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Tým projektu Mesquite. „Další balíčky Mesquite“. Citováno 2016-03-11.
- ^ Maddison D.R. a Maddison W.P. "Vánek". Citováno 2016-03-11.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Stamatakis A. „RAxML: Randomized Axelerated Maximum Likelihood“. Citováno 2016-03-11.
- ^ Stamatakis A (2014). „RAxML verze 8: nástroj pro fylogenetickou analýzu a následnou analýzu velkých fylogenezí“. Bioinformatika. 30 (9): 1312–1313. doi:10.1093 / bioinformatika / btu033. PMC 3998144. PMID 24451623.