Melbourne Bioinformatika - Melbourne Bioinformatics
 | |
Dřívější jména | Iniciativa pro výpočet viktoriánských věd o životě (VLSCI) |
|---|---|
| Založeno | 2008 |
| Umístění | , , |
| Přidružení | University of Melbourne |
| webová stránka | MelbourneBioinformatics.org.au |
Melbourne Bioinformatika (dříve Victorian Life Sciences Computation Initiative, VLSCI) je centrum pro výpočetní vědy o životě. Poskytuje podporu bioinformatiky všem výzkumným pracovníkům a studentům v celé řadě projektů a služeb místního a národního významu. Vědci mohou spolupracovat s Melbourne Bioinformatics prostřednictvím školení a konzultací s odborníky, což může vést k projektové spolupráci s akademickými pracovníky na University of Melbourne.
Dějiny
VLSCI byla založena jako součást plánů viktoriánské vlády na podporu biotechnologie, a byl uveden jako klíčový projekt infrastruktury ve viktoriánském akčním plánu pro biotechnologie z roku 2011.[1] Jednalo se o iniciativu 100 milionů dolarů Viktoriánská vláda v partnerství s University of Melbourne a IBM Life Sciences Research Collaboratory, Melbourne.[2] Mezi další významné zúčastněné strany patřily klíčové viktoriánské zdravotnické a lékařské výzkumné instituce, významné univerzity a veřejné výzkumné organizace.[1]
V roce 2015 společnost VLSCI přešla na nový model řízení poté, co od viktoriánské státní vlády obdržela dalších 6,65 mil. USD. První společnost IBM Research Collaboratory for Life Sciences byla umístěna ve VLSCI po dobu 5 let. Od přestěhování do nedalekých kanceláří IBM Research Australia pokračovali zaměstnanci Collaboratory v práci na řadě projektů v rámci širšího partnerství University of Melbourne / IBM pod novým názvem Melbourne Bioinformatics.[3][4]
Vysoce výkonné výpočetní zařízení společnosti Melbourne Bioinformatics pro petascale bylo přístupné výzkumným pracovníkům v Victoria působením na různých univerzitách a výzkumných ústavech v Melbourne. Klastry byly v roce 2017 mezi 500 nejlepšími na světě.[5] Techničtí experti pracovali na tom, aby maximalizovali uživatelský komfort, uspokojili mezery ve dovednostech výzkumných týmů, vybudovali nezbytnou mezioborovou výzkumnou spolupráci a poskytli dovednosti k navýšení projektů na efektivní využití dodávaného výpočetního výkonu. Probíhal rozvoj a výcvik probíhajících dovedností v oblasti výpočetní biologie, molekulárního modelování a bioinformatiky.
Počítače
Na vrcholu společnosti VLSCI pracovalo zařízení Peak Computing Facility na 855 teraflops. Systémy zahrnovaly 'Barcoo', IBM iDataplex x86, 'Merri', IBM iDataplex x86 a 'Avoca', obsahující 4 stojany IBM Blue Gene / Q.
Špičkové výpočetní zařízení
Výzkumné zařízení VLSCI Peak Computing Facility (PCF) poskytlo vysoce výkonnou výpočetní infrastrukturu a výpočetní odbornost vědcům z oblasti biologických věd ve Victorii. PCF měl pevně spojené klastry s velmi rychlými diskovými subsystémy, které v současné době fungovaly na špičkové kapacitě 855 teraflopů. Aby pomohl výzkumným pracovníkům maximalizovat využití výpočetního času a vytěžit maximum z přidělených zdrojů, měl PCF přístup k týmu systémových administrátorů, programátorů a aplikačních specialistů prostřednictvím systému žádostí o pomoc.
Výpočetní středisko biologických věd
Výpočetní středisko VLSCI Life Science Computation Center (LSCC) bylo fyzicky umístěno na University of Melbourne a La Trobe University a po část svého týdne pracovalo s mnoha zaměstnanci v různých výzkumných ústavech, včetně Institutu Petera Dohertyho. LSCC byla distribuovaná skupina odborných znalostí a infrastruktury pro výpočetní výzkum v oblasti vědy o životě, obsluhující instituce pro výzkum v oblasti vědy o životě po celé Victorii. Jeho cílem bylo podpořit výzkumnou spolupráci a podporu relativně malého počtu konkrétních externích projektů; působit jako zdroj společných zdrojů, softwarových platforem a odborných znalostí na podporu výzkumných pracovníků v oblasti přírodních věd; nabídnout školení v oblasti výzkumu, vzdělávání a kariérní rozvoj pro bioinformatiky a výpočetní biology na podporu rozvoje viktoriánské výpočetní výzkumné komunity v oblasti biologických věd; a podporovat pokrok ve výpočtu biologických věd jako celku ve Victorii.
Galaxy Austrálie
Melbourne Bioinformatics společně s QFAB Bioinformatika, QCIF a University of Queensland Je Výzkumné výpočetní středisko společně postavili a provozovali Galaxy Australia, což je hlavní rys virtuální laboratoře Genomics.
Viz také
Reference
- ^ A b „Viktoriánský biotechnologický akční plán 2011“. Trove. Victoria. Odbor inovací, průmyslu a regionálního rozvoje. 2011. Citováno 2018-08-02.
- ^ Lim, Jasone. „Australská viktoriánská vláda je modelem inovace“. Forbes. Citováno 2018-08-03.
- ^ „VLSCI se znovu uvádí na trh jako Melbourne Bioinformatics“. emblaustralia.org. EMBL Austrálie. Citováno 2018-08-03.
- ^ Lonie, Andrew (2017-02-20). „VLSCI se stává melbournskou bioinformatikou: dopis ředitele“ (PDF). emblaustralia.org. EMBL Austrálie. Citováno 2018-08-03.
- ^ "Aussie mraky bouře do 500 nejlepších výpočetních klastrů". iTnews. Citováno 2018-08-03.