Mark Pallen - Mark Pallen

Mark Pallen
narozený
Mark John Pallen

1960 (věk 59–60)
Carshalton, Anglie
Národnostbritský
Alma materFitzwilliam College, Cambridge, London Hospital Medical College
Vědecká kariéra
PoleMikrobiologie
InstituceUniversity of Warwick
Doktorský poradceGordon Dougan
webová stránkakvadram.ac.Spojené království/lidé/ mark-pallen/

Mark J. Pallen je vedoucí výzkumu na Quadram Institute a profesor mikrobiální genomiky na University of East Anglia. V posledních letech byl v popředí úsilí o uplatnění sekvenování nové generace na problémy v mikrobiologie a starodávná DNA výzkum.

Vzdělání

Pallen byl vzděláván ve svém rodném městě Wallington v Anglii, účast Wallington High School. Vystudoval lékařské vědy na Fitzwilliam College, Cambridge a získal lékařskou kvalifikaci od London Hospital Medical College. V polovině 90. let pracoval na PhD pod vedením Gordon Dougan v Imperial College. Během této doby řídil vítězný tým z Imperial College v televizním kvízu Univerzitní výzva,[1] a zároveň píše řadu článků pro British Medical Journal, zavedení lékařské profese na internet.[2]

Bakteriální genomika a metagenomika

V roce 2011 vedla Pallen a crowdsourcing analýza genomu ohniska kmene z 2011 německy E-coli O104: vypuknutí H4, který byl sekvenován genomem na Ion Torrent platforma u BGI.[3] Přibližně ve stejné době také vedl projekt, ve kterém byl izolován od 2011 německy E-coli O104: vypuknutí H4 byl genomově sekvenován na třech nových platformách pro sekvenční stolní testování, které srovnávaly tyto nové platformy.[4] Také to ukázal sekvenování celého genomu lze použít ke sledování šíření odolný bakterie[5] a studovat vznik antimikrobiální rezistence.[6]

Prostřednictvím analýz fekální vzorky z 2011 německy E-coli O104: vypuknutí H4 a sputum vzorky z Gambie, Pallen to ukázal metagenomika lze použít jako kultivační přístup k diagnostice bakteriální infekce.[7][8] Je průkopníkem v používání metagenomiky k otevření nových cest ve starověkém výzkumu DNA, kdy se zotavuje 200 let starý Mycobacterium tuberculosis genomy z lidských ostatků a a středověký Brucella sekvence genomu.[9][10] S Vince Gaffneyem a Robinem Allabym použil metagenomiku brokovnice sedimentární staré vzorky DNA ukazující přítomnost pšenice v britské ostrovy 2000 let dříve, než se očekávalo.[11]

Veřejné porozumění vědě

Pallen je autorem populární vědecké knihy, Drsný průvodce evolucí.[12] V návaznosti na 2005 Kitzmiller v. Dover Area School District soud, napsal recenzi s Nick Matzke, nastiňuje důkazy o tom, že bakteriální bičík je spíše vyvinutá než navržená entita. [13] Zadal a recenzoval Baba Brinkmanová je Rap Guide to Evolution a byl zodpovědný za nábor Alice Roberts k roli profesora veřejné angažovanosti ve vědě na University of Birmingham. V červnu 2011 se Pallen objevila v epizoda z Melvin Bragg je V naší době rozhlasový program.[14] V roce 2014 sdílel platformu s Michael Mosley na Medicína a válka na Cheltenhamský vědecký festival.

V roce 2018 Pallen napsal knihu o Vypuknutí neštovic ve Spojeném království v roce 1978, Poslední dny neštovic: Tragédie v Birminghamu, [15] který zahrnuje směs populární vědy a historický příběh o vypuknutí a následném soudním sporu.

Reference

  1. ^ Vítězové University Challenge - květen 1996
  2. ^ Mark Pallen (1995). „Průvodce po internetu: Představujeme internet“. British Medical Journal. 311 (7017): 1422–4. doi:10.1136 / bmj.311.7017.1422. PMC  2544383. PMID  8520280.
  3. ^ Rohde; et al. (2011). „Open-source genomová analýza shiga-toxin produkujících E. coli O104: H4“ (PDF). N Engl J Med. 365 (8): 718–24. doi:10.1056 / NEJMoa1107643. PMID  21793736.
  4. ^ Loman; et al. (2012). "Porovnání výkonu stolních vysoce výkonných sekvenčních platforem". Přírodní biotechnologie. 30 (5): 434–9. doi:10,1038 / nbt.2198. PMID  22522955.
  5. ^ Halachev; et al. (2014). „Genomická epidemiologie vleklé nemocniční epidemie způsobené multirezistentním Acinetobacter baumannii v Birminghamu v Anglii“. Genomová medicína. 6 (11): 70. doi:10.1186 / s13073-014-0070-x. PMC  4237759. PMID  25414729.
  6. ^ Hornsey; et al. (2011). „Srovnání celého genomu dvou izolátů Acinetobacter baumannii od jednoho pacienta, kde se během léčby tigecyklinem vyvinula rezistence“. J Antimicrob Chemother. 66 (7): 1499–503. doi:10.1093 / jac / dkr168. PMID  21565804.
  7. ^ Loman; et al. (2013). „Kulturně nezávislý metagenomický přístup založený na sekvencích k vyšetřování ohniska Shiga-toxigenní Escherichia coli O104: H4“. JAMA. 309 (14): 1502–10. doi:10.1001 / jama.2013.3231. PMID  23571589.
  8. ^ Chrabrý; et al. (2014). „Na kultuře nezávislá detekce a charakterizace Mycobacterium tuberculosis a M. africanum ve vzorcích sputa pomocí brokovnice metagenomiky na stolním sekvenceru“. PeerJ. 2: e585. doi:10,7717 / peerj.585. PMC  4179564. PMID  25279265.
  9. ^ Kay; et al. (2015). „Genomy osmnáctého století ukazují, že smíšené infekce byly v době vrcholící tuberkulózy v Evropě běžné“. Příroda komunikace. 6: 6717. doi:10.1038 / ncomms7717. PMC  4396363. PMID  25848958.
  10. ^ Kay; et al. (2015). „Obnova středověkého genomu Brucella melitensis pomocí brokovnice metagenomiky“. MBio. 5 (4): e01337-14. doi:10,1 128 / mBio.01337-14. PMC  4161259. PMID  25028426.
  11. ^ Kovář; et al. (2015). „Sedimentární DNA z ponořené lokality odhalila pšenici na Britských ostrovech před 8 000 lety“. Věda. 347 (6225): 998–1001. doi:10.1126 / science.1261278. hdl:10454/9405. PMID  25722413.
  12. ^ Mark Pallen (2009). Drsný průvodce evolucí. ISBN  978-1858289465.
  13. ^ Mark J. Pallen a Nicholas J. Matzke (2006). "Z Původ druhů k původu bakteriálních bičíků " (PDF). Příroda Recenze Mikrobiologie. 4 (10): 784–790. doi:10.1038 / nrmicro1493. PMID  16953248.
  14. ^ V naší době: Počátky infekčních nemocí
  15. ^ Mark Pallen (2018). Poslední dny neštovic: Tragédie v Birminghamu. ISBN  978-1980455226.