Marianne Frommer - Marianne Frommer

Marianne Frommer je australský genetik. Narodila se v Hongkong a vzdělaný na University of Sydney - BSc (Hons) 1969 a PhD v roce 1976. Ona je nejlépe známá pro vývoj protokolu k mapování Methylace DNA podle genomové sekvenování hydrogensiřičitanu.

Kariéra

Na začátku své kariéry Frommer zkoumala molekulární biologii „satelitních DNA“ v lidském genomu. Ona a její kolegyně Jane Prosserová ukázaly, že klasické satelity jsou všechny jednoduché opakované sekvence bohaté na A + T.[1] Dalším důležitým výsledkem byla identifikace Alu (SINE) sekvence jako součásti opakovací jednotky v satelitu 1, což ukazuje, že SINE mohou být vysoce opakovanou složkou centromerického heterochromatinu.[2]

Frommer poté určil chromozomální umístění hlavních opakování jednoduché sekvence vytvořením nové metody neradioaktivního značení založené na zabudování bromodeoxyuridinu do jednovláknových sond.[3] Metoda byla použita k velmi přesné lokalizaci satelitních opakování. Tento výzkum vedl k pozorování methylačních vzorců na CpG dinukleotidech v sekvenované genomické opakované DNA.[Citace je zapotřebí ]

V roce 1984 strávil Frommer studijní volno v laboratoři Adriana Birda a podílel se na charakterizaci ostrovů, které se tehdy nazývaly HTF (HpaII Tiny Fragments), v genomech savců.[4] Ona a její doktorandka Margaret Gardiner-Gardenová dokázala identifikovat tyto genomové komponenty pouze podle charakteristik sekvence DNA bez předchozí znalosti stavu methylace a dala jim název „ostrovy CpG“.[5] Ukázali, že ostrovy CpG jsou zřetelným rysem genomů obratlovců a že ostrovy CpG jsou spojeny s geny. Ukázali, že většina nervových a neuroendokrinních genů byla spojena s ostrovy CpG, a proto navrhli, aby ostrovy CpG usnadňovaly regulovanou transkripci z nervových prekurzorů a vývoj nervové tkáně v časném embryu.[6]

V roce 1998 si Frommer uvědomil, že by mělo být možné amplifikovat produkty DNA deaminační reakce a rozlišit methylované a nemetylované molekuly dideoxy-sekvenováním.[7] Frommerův protokol poskytl jasný pozitivní projev zbytků methylcytosinu. Produkty PCR bisulfitových reakcí by mohly být sekvenovány přímo, aby se změřil rozsah methylace na jakémkoli místě CpG v populaci molekul DNA. Zvláštní silou metody bylo to, že klonováním a sekvenováním produktů PCR byly získány metylační vzorce nebo „mapy“ jednotlivých molekul DNA.[8][9]

Frommer a její kolegové také vyvinuli výkonný modelový systém pro studium molekulární biologie behaviorálních charakteristik a evolučních procesů s využitím původních australských ovocných mušek.[10][11]

Ocenění

Frommer byl zvolen jako pracovník australské akademie věd v roce 2010. Pracovala na částečný úvazek po dobu dvou období své kariéry.

Reference

  1. ^ Frommer, M., Prosser, J., Tkachuk, D., Reisner, A.H. a Vincent, P.C. (1982). Jednoduché opakované sekvence v lidské satelitní DNA. Nucleic Acids Res. 10: 547-563.
  2. ^ Frommer, M., Prosser, J. a Vincent, P.C. (1984). Sekvence lidského satelitu I zahrnují mužskou specifickou tandemově opakovanou jednotku 2,47 kb obsahující jednoho člena rodiny Alu na opakování. Nucleic Acids Res. 12: 2887-2900.
  3. ^ Frommer, M., Paul, C. a Vincent, P.C. (1988). Lokalizace sekvencí satelitní DNA na lidských metafázových chromozomech pomocí sond značených bromodeoxyuridinem. Chromosoma 97: 11-18.
  4. ^ Bird, A., Taggart, M., Frommer, M., Miller, O.J. a Macleod, D. (1985). Frakce myšího genomu, který je odvozen z ostrovů nemetylované DNA bohaté na CpG. Cell 40: 91-99.
  5. ^ Gardiner-Garden, M. a Frommer, M. (1987). Ostrovy CpG v genomech obratlovců. J. Mol. Biol. 196: 261-282.
  6. ^ Gardiner-Garden, M. a Frommer, M. (1994). Transkripty a CpG ostrovy spojené s genem pro opiomelanokortin a dalšími neurálně exprimovanými geny. J. Mol. Endokrinol. 12: 365-382.
  7. ^ Frommer, M., McDonald, L.E., Millar, D.S., Collis, C.M., Watt, F., Grigg, G.W., Molloy, P.L. a Paul, C.L. (1992). Protokol genomového sekvenování, který poskytuje pozitivní zobrazení zbytků 5-methylcytosinu v jednotlivých řetězcích DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 1827-1831.
  8. ^ Clark, S.J., Harrison, J., Paul, C.L. a Frommer, M. (1994). Mapování vysoké citlivosti methylovaných cytosinů. Nucleic Acids Res. 22: 2990-2997.
  9. ^ Clark, S.J., Statham, A., Stirzaker, C., Molloy, P.L. a Frommer, M. (2006). Methylace DNA: modifikace a analýza hydrogensiřičitanu. Nature Protocols 1: 2353-2364.
  10. ^ An, X., Wilkes, K., Bastian, Y., Morrow, J.L., Frommer, M. a Raphael, K.A. (2002). Gen období u dvou druhů tephritidových ovocných mušek se odlišoval chováním. Insect Mol. Biol. 11: 419-430.
  11. ^ Gilchrist, A.S., Shearman, D.C.A., Frommer, M., Raphael, K.A., Deshpande, N.P., Wilkins, M.R., Sherwin, W.B. a Sved, J.A. (předloženo). Návrh genomu škůdce tephritid ovocné mušky Bactrocera tryoni: zdroje pro genomickou analýzu hybridizujících druhů.