Lysinový riboswitch - Lysine riboswitch

Lysinový riboswitch
RF00168.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence lysinového riboswitche
Identifikátory
SymbolLysin
RfamRF00168
Další údaje
RNA typCis-reg; riboswitch
DoményBakterie
TAKSO: 0000035
PDB strukturPDBe

The Lysinový riboswitch je vazba metabolitu RNA element našel v jistém messengerové RNA které slouží jako přesný senzor pro aminokyselinu lysin. Alosterické přeskupení struktury mRNA je zprostředkováno vazbou ligandu, což vede k modulaci genová exprese.[1] Lysin riboswitch jsou nejhojnější v Firmicutes a Gammaproteobakterie kde se nacházejí před řadou genů zapojených do biosyntézy lysinu, transportu a katabolismu.[2][3][4] Lysinový riboswitch byl také identifikován nezávisle a nazval se L box.[5]

Struktura

Struktura lysinového riboswitche byla nedávno stanovena.[6][7] Aminokyselina lysinu je vázána v kapse tvořené 5cestným spojením. Struktura se skládá ze tří spirálových svazků a dvou spirálových svazků spojených 5cestným spojem. Helixy 1 a 2 jsou uspořádány kolineárně, stejně jako helixy 4 a 5.

  • 3D reprezentace lysinového riboswitche s vázanou molekulou lysinu zobrazená v koulích vyplňujících prostor.[6]

Reference

  1. ^ Mandal, M; Boese B; Barrick JE; Winkler WC; Breaker RR (2003). „Riboswitches Control Fundamental Biochemical Pathways in Bacillus subtilis and Other Bacteria“. Buňka. 113 (5): 577–586. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00391-X. PMID  12787499.
  2. ^ Sudarsan, N; Wickiser JK; Nakamura S; Ebert MS; Breaker RR (2003). „Struktura mRNA v bakteriích, která řídí genovou expresi vazbou lysinu“. Genes Dev. 17 (21): 2688–2697. doi:10.1101 / gad.1140003. PMC  280618. PMID  14597663.
  3. ^ Rodionov, DA; Vitreschak AG; Mironov AA; Gelfand MS (2003). „Regulace biosyntézy lysinu a transportních genů v bakteriích: další RNA riboswitch?“. Nucleic Acids Res. 31 (23): 6748–6757. doi:10.1093 / nar / gkg900. PMC  290268. PMID  14627808.
  4. ^ Mukherjee, S; Barash D; Sengupta S (2017). „Srovnávací genomika a fylogenomické analýzy distribucí lysinového riboswitche v bakteriích“. PLOS ONE. 12 (9): e0184314. doi:10.1371 / journal.pone.0184314. PMC  5584792. PMID  28873470.
  5. ^ Grundy, FJ; Lehman SC; Henkin TM (2003). „Regulační box L: Snímání lysinu vedoucími RNA genů biosyntézy bakteriálního lysinu“. Proc Natl Acad Sci USA. 100 (21): 12057–12062. doi:10.1073 / pnas.2133705100. PMC  218712. PMID  14523230.
  6. ^ A b Serganov A, Huang L, Patel DJ (2008). „Strukturální pohledy na vazbu aminokyselin a kontrolu genů pomocí lysinového riboswitche“. Příroda. 455 (7217): 1263–1267. doi:10.1038 / nature07326. PMC  3726722. PMID  18784651.
  7. ^ Garst AD, Héroux A, Rambo RP, Batey RT (srpen 2008). "Krystalová struktura regulačního prvku mRNA lysinového riboswitche". The Journal of Biological Chemistry. 283 (33): 22347–22351. doi:10.1074 / jbc.C800120200. PMC  2504901. PMID  18593706.

externí odkazy