Koribacter univerzální - Koribacter versatilis
| Koribacter univerzální | |
|---|---|
Vědecká klasifikace  | |
| Doména: | Bakterie |
| Kmen: | Acidobakterie |
| Třída: | Acidobakterie |
| Objednat: | Acidobacteriales |
| Rodina: | Acidobacteriaceae |
| Rod: | Koribacter |
| Druh: | K. universalilis |
| Binomické jméno | |
| Koribacter univerzální | |
Koribacter univerzální je členem kyselé bakterie kmen který sám o sobě je nově vytvořeným kmenem bakterií a je jen vzdáleně příbuzný s jinými organismy v doménových bakteriích. Jeho nejbližší fylogenetický příbuzný je candidatus Solibacter usitatus, podle Michael Nerdahl. Obsahuje 5 650 368 nukleotidů, 4 777 proteinů a 55 genů RNA a má kruhový chromozom podle informací nalezených z GenBank. Podle Společný genomový institut „Bakterie je gramnegativní, vysoce kapsovaný, aerobní heterotrof, který roste s řadou cukrů, cukrových polymerů a některých organické kyseliny.”[2]
Poprvé byl nalezen v půdě na pastvině od Austrálie v roce 2003 skupina vědců pod vedením S. J. Joseph.[3] Ačkoli Koribacter má velmi pomalý růst, někdy trvá až týden, než má viditelnou kolonii, tvoří až 14% společenstev půdních bakterií. Množství Koribacter v půdě je tak hojné, protože železo je rozhodující pro jeho přežití, takže s velkým množstvím železa v půdě tam může prospívat.[4]
Koribacter hraje velkou roli při regulaci Kysličník uhelnatý výstup na Zemi. Z předchozích studií o bakteriích bylo zjištěno, že bakterie oxidující CO odstraní 20% celkového CO emitovaného do zemské atmosféry. A kvůli tomuto zjištění „je potom pravděpodobné, že kyselé bakterie, počítaje v to Koribacter, kvantitativně významně přispět ke dvěma hlavním částem EU uhlíkový cyklus: degradace komplexních polymerů a oxidace CO “, uvádí Michael Nerdahl.[5]
Taxonomie
Organismus: Bakterie, Acidobacteria, Acidobacteriales, Acideobateriaceae, Candidatus Koribacter[6]
Reference
- ^ Ward, NL, Challacombe, JF, Janssen, PH, Henrissat, B., Coutinho, PM, Wu, M., Xie, G., Haft, DH, Sait, M., Badger, J., Barabote, RD, Bradley B., Brettin, TS, Brinkac, LM, Bruce, D., Creasy, T., Daugherty, SC, Davidsen, TM, Deboy, RT, Detter, JC, Dodson, RJ, Durkin, AS, Ganapathy, A. Gwinn-Giglio, M., Han, CS, Khouri, H., Kiss, H., Kothari, SP, Madupu, R., Nelson, K., Nelson, WC, Paulsen, I., Penn, K., Ren, Q., Rosovitz, MJ, Selengut, JD, Shrivastava, S., Sullivan, SA, Tapia, R., Thompson, LS, Watkins, KL, Yang, Q., Yu, C., Zafar, N., Zhou, L. a Kuske, ČR „Tři genomy z kmene Acidobacteria poskytují pohled na jejich životní styl v půdě.“ Appl. Environ. Microbiol. (2009) 75: 2046-2056.
- ^ „Candidatus Koribacter universilis Ellin345“. genome.jgi.doe.gov. Citováno 11. května 2016.
- ^ Joseph, Shayne J .; Hugenholtz, Philip; Sangwan, Parveen; Osborne, Catherine A .; Janssen, Peter H. (1. prosince 2003). „Laboratorní pěstování rozšířených a dříve nekultivovaných půdních bakterií“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 69 (12): 7210–7215. doi:10.1128 / AEM.69.12.7210-7215.2003. ISSN 0099-2240. PMC 309996. PMID 14660368.
- ^ "Koribacter universalilis (kmen Ellin345)". www.uniprot.org.
- ^ Nerdahl, Michael. "Koribacter". MicrobWiki. University of Madison. Citováno 11. května 2016.
- ^ „Prohlížeč taxonomie (Candidatus Koribacter universalilis Ellin345)“. www.ncbi.nlm.nih.gov.