Kimmen Sjölander - Kimmen Sjölander
Kimmen Sjölander | |
|---|---|
| Alma mater | University of California |
| Známý jako | Analýza syntézy proteinů |
| Vědecká kariéra | |
| Instituce | University of California, Berkeley |
Kimmen Sjölander (rozená Warnow) je profesorka Emerita na University of California, Berkeley na katedře bioinženýrství. Ona je dobře známá pro svou práci na analýza proteinové sekvence.
Životopis
Sjölanderová dělala jak vysokoškolskou, tak postgraduální práci na University of California, Santa Cruz na katedře informatiky získal bakalářský titul v roce 1993 a doktorát v roce 1997 pod vedením David Haussler.[1] V letech 1997–1999 byla hlavní vědeckou pracovnicí ve skupině molekulárních aplikací (společnost spoluzakládala Michael Levitt ) a poté hlavní vědecký pracovník v oblasti proteinové informatiky ve společnosti Celera Genomics v letech 1999-2001, kde byla členkou týmu (spolu s J. Craig Venter a Gene Myers ), kteří shromáždili a komentovali lidský genom.[2] V roce 2001 nastoupila na fakultu University of California v Berkeley na katedře bioinženýrství jako odborná asistentka. Ona byla tenured v roce 2006, a povýšen na řádného profesora v roce 2012.[1]
Ocenění
Sjölander získal cenu NSF CAREER Award[1] a Ocenění Presidential Early Career Award pro vědce a inženýry v roce 2003.[3]
Výzkum
Sjölander je nejznámější pro svou práci ve fylogenomických metodách pro analýzu sekvencí proteinů, včetně metod strojového učení pro predikci funkčních míst a identifikaci ortologu, a metody skrytého Markovova modelu (HMM) pro predikci struktury proteinů, funkční podrodiny a klasifikace ortologů, vzdálená detekce homologie , zarovnání více sekvencí a odhad fylogenetického stromu. Její algoritmy byly použity ve funkční anotaci lidského genomu v Celera Genomics, v bioinformatických databázích a portálech PhyloFacts, a přispěl k ModBase databáze.
Vybrané publikace
- Venter, J Craig; et al. (2001), „Sekvence lidského genomu“, Věda, 291 (5507): 1304–1351, Bibcode:2001Sci ... 291.1304V, doi:10.1126 / science.1058040, PMID 11181995.
- Krogh, Andersi; Brown, Michael; Mian, Saira; Sjölander, Kimmen; Haussler, David (1994), „Skryté Markovovy modely ve výpočetní biologii: Aplikace pro modelování proteinů“, Journal of Molecular Biology, 235 (5): 1501–1531, doi:10.1006 / jmbi.1994.1104, PMID 8107089.
- Sjolander, Kimmen; Karplus, Kevine; Brown, Michael; Hughey, Richard; Krogh, Andersi; Mian, Saira; Haussler, David (1996), „Dirichletské směsi: metoda pro lepší detekci slabé, ale významné homologie proteinové sekvence“, Bioinformatika, 12 (4): 327–345, doi:10.1093 / bioinformatika / 12.4.327, PMID 8902360.
Reference
- ^ A b C „Kimmen Sjölander“. Bioeng.berkeley.edu. Citováno 2017-06-07.
- ^ Zhu, Xiaohong; Zandieh, Ali; Xia, Ashley; Wu, Mitchell; Wu, David; Wen, Meiyuan; Wang, Mei; Venter, Eli; Turner, Russell; Stockwell, Timothy; Sprague, Arlan; Smith, Thomas; Simpson, Michael; Scott, John; Sanders, Robert; Rowe, William; Peterson, Marshall; Peck, Jim; Pan, žalovat; Nodell, Marc; Nguyen, Ngoc; Nguyen, Trung; Newman, Matthew; Murphy, Sean; McDaniel, Joe; Majoros, William; Ma, Daniel; Lopez, John; Liu, Xiangjun; et al. (2001-02-16). "Posloupnost lidského genomu | Věda". Věda. Science.sciencemag.org. 291 (5507): 1304–1351. doi:10.1126 / science.1058040. PMID 11181995.
- ^ „Dvanáct žen patří mezi mladé vědce a inženýry podporované NSF, aby získali prezidentskou cenu za úspěchy v rané kariéře“. Národní vědecká nadace. 9. září 2004. Citováno 2020-03-23.
