Isopeptidáza - Isopeptidase

An isopeptidáza je proteáza enzym že hydrolyzuje isopeptidové vazby nebo amidové vazby které se vyskytují mimo hlavní řetězec v a polypeptidový řetězec.

Při degradaci bílkovin

Isopeptidové vazby se vyskytují ve vazbě na protein aminokyselina boční řetězy k proteinům, jako jsou ubikvitin a SUMO v degradace bílkovin cesta. U eukaryot se na této cestě často podílejí enzymy s isopeptidázovou aktivitou; všech pět tříd deubikvitinační enzymy mají aktivitu isopeptidázy.[1] Mezi příklady patří Ulp1 peptidáza[2] a USP5 (dříve známá jako isopeptidáza T).[3][4]

Při zpracování lasového peptidu

Isopeptidázy byly také identifikovány v prokaryoty to vyjádřit laso peptidy nebo peptidy s vázanou konformací vytvořenou přítomností vazby jiného než hlavního řetězce mezi kyselou aminokyselinou a peptidem N-konec vytvořit uzel. (Některé lasové peptidy mají také topologickou složitost udělenou disulfidové vazby.) Isopeptidázové enzymy linearizují peptidy štěpením izopeptidové vazby.[5][6]

Reference

  1. ^ Sahtoe, Danny D .; Sixma, Titia K. (srpen 2015). "Vrstvy regulace DUB". Trendy v biochemických vědách. 40 (8): 456–467. doi:10.1016 / j.tibs.2015.05.002.
  2. ^ Li, Shyr-Jiann; Hochstrasser, Mark (31. března 2003). „Ulp1 SUMO isopeptidáza“. The Journal of Cell Biology. 160 (7): 1069–1082. doi:10.1083 / jcb.200212052. PMC  2172760. PMID  12654900.
  3. ^ Wilkinson, KD; Tashayev, VL; O'Connor, LB; Larsen, CN; Kasperek, E; Pickart, CM (7. listopadu 1995). „Metabolismus signálu degradace polyubikvitinu: struktura, mechanismus a role isopeptidázy T.“. Biochemie. 34 (44): 14535–46. doi:10.1021 / bi00044a032. PMID  7578059.
  4. ^ Clague, Michael J .; Heride, Claire; Urbé, Sylvie (červenec 2015). "Demografie systému ubikvitinu". Trendy v buněčné biologii. 25 (7): 417–426. doi:10.1016 / j.tcb.2015.03.002.
  5. ^ Maksimov, Michail O .; Link, A. James (14. srpna 2013). "Objev a charakterizace isopeptidázy, která linearizuje laso peptidy". Journal of the American Chemical Society. 135 (32): 12038–12047. doi:10.1021 / ja4054256.
  6. ^ Hegemann, Julian D .; Zimmermann, Marcel; Xie, Xiulan; Marahiel, Mohamed A. (21. července 2015). „Lasso Peptides: Intriging Class of Bacterial Natural Products“. Účty chemického výzkumu. 48 (7): 1909–1919. doi:10.1021 / acs.accounts.5b00156. PMID  26079760.