Lidská bílkovina - Human Proteinpedia

Lidská bílkovina je portál pro sdílení a integraci lidských proteomických dat.[1][2] Umožňuje výzkumným laboratořím přispívat a udržovat anotace proteinů. Referenční databáze lidských proteinů (HPRD ) integruje data, která jsou uložena v Human Proteinpedia, spolu s existujícími literárně upravenými informacemi v kontextu jednotlivého proteinu.[3][4] V podstatě mohou vědci přidat nová data na HPRD registrací do Human Proteinpedia. Data uložená v Human Proteinpedia jsou volně k dispozici ke stažení. Zdůraznění významu proteomika dispozice dat do veřejných úložišť, Přírodní metody doporučuje Human Proteinpedia ve svém úvodníku.[5] Na tomto úsilí se podílí více než 70 laboratoří.

Typy dat

Údaje týkající se posttranslační úpravy, interakce protein-protein, tkáňová exprese, exprese v buněčné linie, subcelulární lokalizace a enzym vztahy substrátu lze odeslat do Human Proteinpedia.

Experimentální platformy

Anotace proteinů přítomných v Human Proteinpedia jsou odvozeny z řady platforem, jako je

  1. Koimunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie - interakce protein-protein
  2. Koimunoprecipitace a interakce protein-protein založená na Western blotu
  3. Fluorescence založené experimenty
  4. Imunohistochemie
  5. Hmotnostní spektrometrická analýza
  6. Protein a peptidové mikročipy
  7. Western blot
  8. Kvasinky dvouhybridní založená na interakci protein-protein

Tento portál, který umožňuje přidávání informací o proteinech, byl vyvinut jako spolupráce mezi laboratoří Dr. Akhilesh Pandey v Univerzita Johna Hopkinse a Ústav bioinformatiky

Časté dotazy

* Jaká jsou kritéria pro poskytování údajů?

Každý vyšetřovatel, který splňuje následující kritéria, může přispět údaji:

i) poskytuje experimentálně odvozená data a

ii) je ochoten sdílet údaje a

iii) je ochoten být uveden jako „přispěvatel“ údajů

* Mohu přispívat anonymně?

Anonymní příspěvky nejsou povoleny. Při přispívání dat by měly být jasně uvedeny podrobnosti o přispěvateli.

* Lze bioinformaticky předpovídaná data sdílet prostřednictvím Human Proteinpedia?

Předpovědi jakéhokoli typu nejsou povoleny. Přispívající údaje by měly být odvozeny experimentálně a měly by být doprovázeny experimentálními důkazy.

* Jsou přidaná data podrobena vzájemnému hodnocení?

Údaje nejsou předmětem vzájemného hodnocení a měly by být poskytnuty skutečné experimentální údaje (nezpracované nebo zpracované).

* Co se stane s protichůdnými výsledky různých laboratoří?

V případech, kdy je daná položka zdokumentována jako chybná, budeme o odstranění položky konzultovat s přispívající skupinou (skupinami).

externí odkazy

Reference

  1. ^ Kandasamy a kol. Human Proteinpedia: jednotný zdroj pro objev proteomického výzkumu. Výzkum nukleových kyselin. Advance Access zveřejněn 23. října 2008, DOI 10.1093 / nar / gkn701.
  2. ^ Mathivanan a kol. Human Proteinpedia umožňuje sdílení údajů o lidských bílkovinách. Nat Biotechnology. 2008 Únor; 26: 164-7
  3. ^ Mishra a kol. Referenční databáze lidských proteinů - aktualizace z roku 2006. Nucleic Acids Res. 2006 Leden; 34 (vydání databáze): D411-4
  4. ^ Peri a kol. Vývoj referenční databáze lidských proteinů jako počáteční platformy pro přiblížení biologie systémů u lidí. Genome Res. Říjen 2003; 13: 2363-71.
  5. ^ Redakční. Sdílíš svá data. Nat metody. 2008 března; 5: 209