Šťastné mapování - Happy mapping - Wikipedia

v genetika, HAPPY mapování, kterou poprvé navrhli Paul H. Dear a Peter R. Cook v roce 1989, je metoda používaná ke studiu vazba mezi dvěma nebo více DNA sekvence.[1] Podle Single Molecule Genomics Group, to je „Mapování založené na analýze přibližně vzorků HAPloidní DNA pomocí řetězové reakce PolYmerase“. v genomika, HAPPY mapování lze použít k posouzení synteny a orientace různých sekvencí DNA napříč konkrétním genomem - vytvoření „genomové“ mapy.

Stejně jako u mapování vazby Mapování HAPPY se opírá o diferenciální pravděpodobnost oddělení dvou nebo více sekvencí DNA. V genetickém mapování je pravděpodobnost a rekombinace událost mezi dvěma genetickými loci na stejné chromozóm je přímo úměrná vzdálenosti mezi nimi. Mapování HAPPY nahrazuje rekombinaci fragmentací - místo spoléhání se na rekombinaci k oddělení genetických lokusů je celý genom fragmentován, například radiací nebo mechanickým střihem. Pokud je DNA náhodně rozbita, čím delší je vzdálenost mezi dvěma sekvencemi DNA, tím vyšší je šance, že se rozbije mezi těmito dvěma sekvencemi, a naopak.

Mapování HAPPY si zachovává výhody genetického mapování a zároveň odstraňuje některé problémy spojené s rekombinací. Tj. Potřeba polymorfismus a chov. Rekombinace může být také lokálně specifická, zatímco rozbití genomové DNA zářením nebo mechanickým střihem se zdá být více náhodné. Používá se ke genetickému mapování několika organismů.[2][3]

Mapování HAPPY bylo také upraveno tak, aby umožňovalo přesné analýza variace počtu kopií, a zejména analýza změn počtu kopií u rakoviny.[4]

Reference

  1. ^ Vážený PH, Cook PR (září 1989). „Šťastné mapování: návrh na propojení mapování lidského genomu“. Nucleic Acids Res. 17 (17): 6795–807. doi:10.1093 / nar / 17.17.6795. PMC  318413. PMID  2780310.
  2. ^ Piper MB, Bankier AT, Vážený PH (prosinec 1998). „HAPPY mapa Cryptosporidium parvum“. Genome Res. 8 (12): 1299–307. doi:10,1101 / gr.8.12.1299. PMC  310802. PMID  9872984.
  3. ^ Hamilton EP, Dear PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (říjen 2006). „Použití mapování HAPPY pro shromáždění genomu Tetrahymena vyššího řádu“. Genomika. 88 (4): 443–51. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.05.002. PMC  3169840. PMID  16782302.
  4. ^ McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, George PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Vážený PH (listopad 2008). „Mikrodisekční počítání molekulárních kopií (microMCC) - odemykání archivů rakoviny pomocí digitální PCR“. J. Pathol. 216 (3): 307–16. doi:10,1002 / cesta. 2413. PMID  18773450.