Haploview - Haploview
Haploview[1] je běžně používaný bioinformatický software který je určen k analýze a vizualizaci vzorců vazebná nerovnováha (LD) v genetický data. Haploview může také provádět asociační studie výběrem značkySNP[2] a odhadování haplotyp frekvence. Haploview je vyvíjen a udržován společností Dr. Mark Daly laboratoř u MIT /Harvard Široký institut.
Haploview aktuálně podporuje následující funkce:
- Analýza bloků LD a haplotypů
- Odhad frekvence haplotypu populace
- Jednotlivé testy asociace SNP a haplotypu
- Permutace testování významnosti asociace
- Implementace algoritmu výběru SNP tagu Paula de Bakkera
- Automatický stažení fázovaných údajů o genotypu z HapMap
- Vizualizace a vykreslování výsledků asociace PLINK celého genomu včetně pokročilých možností filtrování
Reference
- ^ Barrett J.C .; Fry B .; Maller J .; Daly M.J. (2005). „Haploview: analýza a vizualizace map LD a haplotypu“. Bioinformatika. 21 (2): 263–5. doi:10.1093 / bioinformatika / bth457. PMID 15297300.
- ^ de Bakker P. I .; Yelensky R .; Pe'er I .; Gabriel S. B .; Daly M. J .; Altshuler D. (2005). "Účinnost a síla ve studiích genetické asociace". Genetika přírody. 37 (11): 1217–23. doi:10.1038 / ng1669. PMID 16244653.