Vedoucí rimP Gammaproteobacteria - Gammaproteobacteria rimP leader

Vedoucí rimP Gammaproteobacteria
Gammaproteo rimP leader.png
Konzervované sekundární struktura vůdce rimP, ukazující zlomek kanonických párů bází
Identifikátory
SymbolrimP
RfamRF01770
Další údaje
RNA typCis-reg; vůdce
DoményGammaproteobakterie
PDB strukturPDBe

The γ-proteobakteriální rimP leader je domnělý prvek zeslabovače identifikovaný pomocí bioinformatika v bakteriích y-proteobakteriálního kmene.[1] Nachází se proti proudu od rimP-nusA-infB operon kódující RimP, protein, o kterém je prokázáno, že se účastní zrání 30S ribozomální podjednotky,[2] NusA, transkripční faktor řídící ukončení, a překlad iniciační faktor IF-2. Vedoucí rimP představuje a Nezávislý terminátor Rho na 3 'konci, což odpovídá vysoce konzervovanému GGGc (...) gCCC motiv. Předpokládá se, že tento motiv funguje jako nekódující vedoucí. Jeho mechanismus zůstává neznámý, ale je lákavé spekulovat o regulačním zapojení EU NusA protein, u kterého výrazu bylo prokázáno, že snižuje výraz operonu,[3][4] a která se již podílí na útlumu operátorů Trp, His a S10.[5]

Reference

  1. ^ Naville, M; Gautheret, D (2010). „Předčasná analýza terminátoru vrhá světlo na skrytý svět bakteriálního transkripčního útlumu“. Genome Biology. 11 (9): R97. doi:10.1186 / gb-2010-11-9-r97. PMC  2965389. PMID  20920266.
  2. ^ Nord S, Bylund GO, Lövgren JM, Wikström PM (2009). „Protein RimP je důležitý pro zrání 30S ribozomální podjednotky“. J Mol Biol. 386 (3): 742–753. doi:10.1016 / j.jmb.2008.12.076. PMID  19150615.
  3. ^ Plumbridge JA, Dondon J, Nakamura Y, Grunberg-Manago M (1985). "Vliv NusA proteinu na expresi operonu nusA, infB v E. coli". Nucleic Acids Res. 13 (9): 3371–3388. doi:10.1093 / nar / 13.9.3371. PMC  341241. PMID  2987884.
  4. ^ Nakamura Y, Plumbridge J, Dondon J, Grunberg-Manago M (1985). „Důkazy pro autoregulaci operonu nusA-infB Escherichia coli“. Gen. 36 (1–2): 189–193. doi:10.1016 / 0378-1119 (85) 90085-X. PMID  2998933.
  5. ^ Worbs M, GP Bourenkova, Bartunik HD, Huber R, Wahl MC (2001). "Rozšířený povrch vázající RNA prostřednictvím uspořádaných domén S1 a KH v transkripčním faktoru NusA". Mol Cell. 7 (6): 1177–1189. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00262-3. PMID  11430821.

externí odkazy