FlexGen - FlexGen - Wikipedia

FlexGen B.V.
PrůmyslBiotechnologie
Založený2004
Hlavní sídlo
Leidene
,
Holandsko
Oblast sloužila
Celosvětově
produktyFlexArrayer, FleXelect custom oligopools
SlužbyZakázková syntéza oligopoolů
webová stránkahttp://www.flexgen.nl

FlexGen byla biotechnologická společnost se sídlem v Leidenu v Nizozemsku. FlexGen byl spin-off od Leiden University Medical Center a holandský vesmír (část EADS ) a měl vlastní technologie pro laserovou syntézu in-situ oligonukleotidů a dalších biomolekul. 21. prosince 2015 byl soudem v Gelderlandu prohlášen konkurz na společnost Flexgen Bv v Leidenu (Zuid-Holland) Zdroj.

produkty

FleXelect

Oligopooly FleXelect se skládají z vlastních oligonukleotidů v roztoku a lze je použít pro obohacení cíle roztoku před další generací Sekvenování DNA. Obohacení cíle nebo hybridní výběr v roztoku je metoda genomové selekce ve zvyšujícím se počtu aplikací[1][2] jako;

  1. Analýza vlastních požadovaných genomových oblastí (např. Specifické geny, více variant a / nebo úplné cesty).
  2. Analýza Chromozomální translokace
  3. Ověření platnosti Jednonukleotidový polymorfismus nebo SNP (obvykle po studiích celého genomu nebo celého exomu)
  4. Další výzkumné a diagnostické aplikace (např. Syntetická biologie )

Příkladem nedávné aplikace je testování BRCA1 a BRCA2 rizikové geny rakoviny prsu[3]

FlexArrayer

FlexArrayer je vlastní interní nástroj pro syntézu oligonukleotidů. FlexArrayer usnadňuje vysokou průchodnost syntézy oligopoolů FleXelect pro obohacení cílů v roztoku i pro vlastní výrobu microarray. FlexArrayer je také použitelný pro opakované sekvenování na základě polí.[4]

FlexArrayer poskytuje syntézu microarray a oligopool obvykle používanou:

  1. Genomická centra a sekvenční zařízení
  2. Ústavy bezpečnosti a ochrany zdraví a mikrobiologické laboratoře
  3. Technologičtí inovátoři v oblastech: chemie povrchů, PNA (Peptidová nukleová kyselina ), siRNA (Malá interferující RNA ) a více

Technologie

Výroba microarrays a FleXelect oligopools se provádí pomocí FlexArrayer (viz obrázek) s využitím patentované technologie. FlexArrayer syntetizuje vlastní sady sond na substrátu na základě technologie deprotekce oligonukleotidů;

  1. Před první oligonukleotid syntéza krok kompletní DNA microarray povrch je pokryt fotolabilními skupinami.
  2. Ty skvrny, ke kterým má dojít k prvnímu přidání nukleotidů, jsou jednotlivě aktivovány laserem.
  3. Nukleotidový roztok se promyje povrchem microarray a nukleotidy se chemicky vážou na aktivované skvrny.
  4. Všechny nukleotidy obsahují fotolabilní skupinu, kterou lze následně aktivovat. Provádí se tolik cyklů fotoaktivace a přidání nukleotidů, kolik je zapotřebí k syntéze oligonukleotidů požadované délky.
  5. To se opakuje až 60krát, dokud nebudou syntetizovány požadované sekvence (až 100 000). Maximální délka jakéhokoli oligonukleotidu produkovaného na této platformě je tedy 60 m dlouhá.
  6. Microarray je nyní připraven k použití, alternativně lze oligonukleotidy odštěpit za vzniku oligopoolů FleXelect.
FlexArrayer, nástroj pro syntézu oligonukleotidů.

Reference

  1. ^ Mamanova, L .; Coffey, A. J .; Scott, C.E .; Kozarewa, I .; Turner, E. H .; Kumar, A .; Howard, E .; Shendure, J .; Turner, D. J. (2010). „Strategie obohacování cíle pro sekvenování příští generace“. Přírodní metody. 7 (2): 111–118. doi:10.1038 / nmeth.1419. PMID  20111037.Mamanova, L .; Coffey, A. J .; Scott, C.E .; Kozarewa, I .; Turner, E. H .; Kumar, A .; Howard, E .; Shendure, J .; Turner, D. J. (2010). „Strategie obohacování cíle pro sekvenování nové generace“. Přírodní metody. 7 (6): 479. doi:10.1038 / nmeth0610-479c.
  2. ^ Tewhey, R .; Nakano, M .; Wang, X .; Pabón-Peña, C .; Novak, B .; Giuffre, A .; Lin, E .; Happe, S .; Roberts, D. N .; Leproust, E. M .; Topol, E. J .; Harismendy, O .; Frazer, K. A. (2009). „Obohacení sekvenčních cílů z lidského genomu hybridizací řešení“. Genome Biology. 10 (10): R116. doi:10.1186 / gb-2009-10-10-r116. PMC  2784331. PMID  19835619.
  3. ^ Dvě evropské laboratoře přejdou k sekvenování nové generace pro testování BRCA1 / 2, INsequence, 26. října 2010.
  4. ^ SM Carr et al., DNA „Re-Sequencing“ s microarray, 2008. Comp Biochem Physiol D, Genomics & Proteomics 3,1-11 (odkaz)

externí odkazy