Čárový kód rybí DNA - Fish DNA barcoding

Čárový kód DNA metody pro ryby se používají k identifikaci skupin ryb na základě DNA sekvence ve vybraných regionech a genom. Tyto metody lze použít ke studiu ryb jako genetického materiálu ve formě environmentální DNA (eDNA) nebo buňky, jsou ve vodě volně rozptýleny. To umožňuje vědcům určit, které druhy jsou přítomny ve vodním útvaru, a to odebráním vzorku vody, extrakcí DNA ze vzorku a izolací sekvencí DNA, které jsou specifické pro daný druh.[1] Lze použít také metody čárového kódování biomonitoring a bezpečnost potravin validace, hodnocení stravy zvířat, posouzení potravinářské weby a distribuci druhů a pro detekci invazivní druhy.[1]

Ve výzkumu ryb lze čárové kódy použít jako alternativu k tradičním metodám odběru vzorků. Metody čárového kódu mohou často poskytnout informace bez poškození studovaného zvířete.[2]

Vodní prostředí má jedinečné vlastnosti, které ovlivňují distribuci genetického materiálu z organismů. Materiál DNA ve vodním prostředí rychle difunduje, což umožňuje detekovat organismy z velké oblasti při vzorkování konkrétního místa.[1] Kvůli rychlé degradaci DNA ve vodním prostředí představují detekované druhy současnou přítomnost, aniž by byly rušivé signály z minulosti.[3]

Identifikace založená na DNA je rychlá, spolehlivá a přesná ve své charakterizaci napříč životními fázemi a druhy.[4] Referenční knihovny se používají k připojení sekvencí čárových kódů k jednotlivým druhům a lze je použít k identifikaci druhů přítomných ve vzorcích DNA. Knihovny referenčních sekvencí jsou také užitečné při identifikaci druhů v případech morfologické nejednoznačnost, například s larva etapy.[4]

V eDNA se používají vzorky a metody čárových kódů vodní hospodářství, protože druhové složení lze použít jako indikátor zdraví ekosystému.[5] Metody čárového a metabarcodingu jsou obzvláště užitečné při studiu ohrožených nebo nepolapitelných ryb, protože druhy lze detekovat bez chytání nebo poškození zvířat.[6]

Aplikace

Ekologické monitorování

Biomonitoring národních a mezinárodních právních předpisů (např Rámcová směrnice o vodě a Rámcová směrnice o strategii pro mořské prostředí ). Tradiční metody jsou časově náročné a zahrnují destruktivní postupy, které mohou poškodit jedince vzácných nebo chráněných druhů. Čárový kód DNA je relativně nákladově efektivní a rychlá metoda pro identifikaci vodních prostředí druhů ryb. Přítomnost nebo nepřítomnost klíčových druhů ryb lze zjistit pomocí eDNA ze vzorků vody a časoprostorové distribuce druhů ryb (např. Načasování a umístění plodit ) lze studovat. To může pomoci objevit např. dopady fyzických bariér, jako je výstavba přehrad, a jiné lidské poruchy. Nástroje DNA se také používají v dietní studie ryb a stavby vodních potravinářské weby. Metabarcoding rybího střevního obsahu nebo výkalů identifikuje nedávno konzumované druhy kořisti. Musí se však brát v úvahu sekundární predace.[7]

Invazivní druhy

Včasné odhalení je zásadní pro kontrolu a odstranění nepůvodních, ekologicky škodlivých druhů (např. lví ryby (Pteroissp.) v Atlantiku a Karibiku). Metabarcoding of eDNA lze použít k detekci záhadných nebo invazivní druhy ve vodních ekosystémech.[8]

Řízení rybolovu

Přístupy čárového a metabarcodingového kódu poskytují přísná a rozsáhlá data o náboru, ekologii a zeměpisných rozsazích rybolovných zdrojů. Metody také zlepšují znalosti oblastí mateřských škol a míst rozmnožování, což je přínosem pro řízení rybolovu. Tradiční metody pro hodnocení rybolovu mohou být vysoce destruktivní, například vzorkování tenatových sítí nebo lov pomocí vlečných sítí. Molekulární metody nabízejí alternativu pro neinvazivní odběr vzorků. Například čárové kódy a metabarcoding mohou pomoci identifikovat rybí vejce podle druhů, aby se zajistily spolehlivé údaje pro hodnocení populace, protože se ukázalo spolehlivější než identifikace pomocí fenotypových znaků. Čárové kódy a metabarcoding jsou také účinnými nástroji pro monitorování rybolovných kvót a vedlejších úlovků.[9]

eDNA dokáže detekovat a kvantifikovat hojnost některých anadromní druhy, jakož i jejich časové rozložení. Tento přístup lze použít k vytvoření vhodných řídících opatření, která mají zvláštní význam pro komerční rybolov.[10][11]

Bezpečnost potravin

Globalizace potravinových dodavatelských řetězců vedla ke zvýšené nejistotě ohledně původu a bezpečnosti produktů z ryb. Čárové kódy lze použít k ověření označování výrobků a ke sledování jejich původu. „Rybí podvod“ byl objeven po celém světě.[12][13] Nedávná studie ze supermarketů ve státě New York zjistila, že 26,92% nákupů mořských plodů s identifikovatelným čárovým kódem bylo nesprávně označeno.[14]

Čárové kódy mohou také sledovat druhy ryb, protože mohou souviset s riziky pro lidské zdraví spotřeba ryb. Dále mohou být biotoxiny příležitostně koncentrovány, když se toxiny pohybují v potravinovém řetězci. Jeden příklad se týká druhů korálových útesů, u nichž bylo zjištěno, že způsobují dravé ryby, jako je barakuda Otrava rybami Ciguatera. Taková nová sdružení otravy rybami lze zjistit pomocí čárových kódů ryb.

Zabavené žraločí ploutve

Ochrana ohrožených druhů

Čárové kódy lze použít při ochraně ohrožených druhů prostřednictvím prevence nelegálního obchodování s CITES uvedené druhy. Existuje velký černý trh s produkty na bázi ryb a také v akváriích a obchodech s domácími mazlíčky. V zájmu ochrany žraloků před nadměrným využíváním lze z polévky ze žraločích ploutví a tradičních léků zjistit nelegální použití.[15]

Metodologie

Odběr vzorků ve vodním prostředí

Sběr vzorků eDNA

Vodní prostředí má speciální atributy, které je třeba vzít v úvahu při odběru vzorků pro metabarcoding ryb eDNA. Vzorkování mořské vody je zvláště důležité pro hodnocení zdraví mořských ekosystémů a jejich biologické rozmanitosti. Přestože je disperze eDNA v mořské vodě velká a slanost negativně ovlivňuje uchování DNA, může vzorek vody obsahovat vysoké množství eDNA z ryb až jeden týden po odběru vzorků. Volné molekuly, střevní výstelka a zbytky kožních buněk jsou hlavním zdrojem eDNA ryb.[16]

Ve srovnání s mořským prostředím mají rybníky biologické a chemické vlastnosti, které mohou změnit detekci eDNA. Malá velikost rybníků ve srovnání s jinými vodními útvary je činí citlivějšími na podmínky prostředí, jako je vystavení UV záření a změnám teploty a pH. Tyto faktory mohou ovlivnit množství eDNA. Stromy a hustá vegetace kolem rybníků navíc představují bariéru, která brání provzdušňování vody větrem. Tyto bariéry mohou také podporovat akumulaci chemických látek, které poškozují integritu eDNA.[17] Heterogenní distribuce eDNA v rybnících může ovlivnit detekci ryb. Dostupnost eDNA ryb také závisí na životní fázi, aktivitě, sezónnosti a chování. Největší množství eDNA se získává z tření, larválních stádií a šlechtitelské činnosti.[18]

Cílové oblasti

Návrh úspěchu je zásadní pro úspěch metabarcodingu. Některé studie vývoje primerů popsaly cytochrom B a 16S jako vhodné cílové oblasti pro metabarcoding ryb. Evans et.al. (2016) popsali, že sady primerů Ac16S a L2513 / H2714 jsou schopné přesně detekovat druhy ryb v různých mezokosmech.[19] Další studie, kterou provedl Valentini et.al. (2016) ukázali, že pár primerů L1848 / H1913, který amplifikuje oblast lokusu 12S rRNA, byl schopen dosáhnout vysokého taxonomického pokrytí a diskriminace i při krátkém cílovém fragmentu. Tento výzkum také prokázal, že na 89% míst odběru vzorků byl metabarcodingový přístup podobný nebo dokonce vyšší než tradiční metody (např. Metody elektrofishingu a nettingu).[20] Hänfling et.al. (2016) provedli metabarcodingové experimenty zaměřené na společenstva jezerních ryb pomocí párů primerů 12S_F1 / 12S_R1 a CytB_L14841 / CytB_H15149, jejichž cíle byly umístěny v mitochondriálních oblastech 12S a cytochromu B. Výsledky ukazují, že detekce druhů ryb byla vyšší při použití 12S primerů než CytB. To bylo způsobeno přetrvávání kratších 12S fragmentů (~ 100 bp) ve srovnání s větším CytB amplikonem (~ 460 bp).[21] Tyto studie obecně shrnují, že je třeba vzít v úvahu zvláštní úvahy o návrhu a výběru primerů podle cílů a povahy experimentu.

Referenční databáze ryb

Vědcům z celého světa je k dispozici řada otevřených databází. Správná identifikace vzorků ryb metodami čárových kódů DNA závisí do značné míry na kvalitě a druhovém pokrytí dostupných vzorků sekvenční databáze. Referenční databáze ryb je elektronická databáze, která obvykle obsahuje čárové kódy DNA, obrázky a geoprostorové souřadnice zkoumaných vzorků ryb. Databáze může také obsahovat vazby na vzorky poukazů, informace o distribuci druhů, názvosloví, směrodatné taxonomické informace, vedlejší přírodní informace a citace z literatury. Referenční databáze mohou být upraveny, což znamená, že položky jsou před zařazením podrobeny odbornému posouzení, nebo nevyčištěné, v takovém případě mohou zahrnovat velké množství referenčních sekvencí, ale s méně spolehlivou identifikací druhů.

RYBÍ BOL

Iniciativa The Fish Barcode of Life Initiative (FISH-BOL) www.fishbol.org, která byla zahájena v roce 2005, je mezinárodní výzkumnou spoluprací, která shromažďuje standardizovanou referenční knihovnu sekvencí DNA pro všechny druhy ryb.[22] Jedná se o společný globální výzkumný projekt s cílem shromáždit a shromáždit standardizované sekvence čárových kódů DNA a související údaje o původu poukázek v knihovně kurátorských referenčních sekvencí na podporu molekulární identifikace všech druhů ryb.[23]

Pokud si vědci přejí přispět do referenční knihovny FISH-BOL, jsou poskytnuta jasná pravidla pro sběr, zobrazování, uchovávání a archivaci vzorků, jakož i protokoly pro sběr a předávání metadat.[24] Databáze Fish-BOL funguje jako portál do Systém čárových kódů dat o životě (BOLD).

Francouzská Polynésie Barcoding Base

The Databáze čárových kódů ryb Francouzské Polynésie obsahuje všechny vzorky zachycené během několika exkurzí organizovaných nebo účastněných CRIOBE (Centrum pro výzkum ostrovů a environmentální observatoř) od roku 2006 na souostroví Francouzské Polynésie. U každého klasifikovaného vzorku mohou být k dispozici následující informace: vědecký název, obrázek, datum, souřadnice GPS, hloubka a metoda zachycení, velikost a sekvence DNA cytochromoxidázy c podjednotky 1 (CO1). Databázi lze prohledávat pomocí názvu (rodu nebo druhu) nebo pomocí části sekvence DNA CO1.

Aquagene

Produkt pro spolupráci vyvinutý několika německými institucemi, Aquagene poskytuje bezplatný přístup ke genetickým informacím o mořských rybách. Databáze umožňuje identifikaci druhů porovnáním sekvencí DNA. Všechny druhy jsou charakterizovány mnoha genovými sekvencemi, které v současné době zahrnují standardní čárový kód CO1 společně s CYTB, MYH6 a (brzy) RHOD, což usnadňuje jednoznačné stanovení druhů i pro blízce příbuzné druhy nebo pro ty s vysokou vnitrodruhovou diverzitou. Genetická data jsou doplňována online dalšími údaji o vzorku, jako jsou digitální obrázky, číslo voucheru a zeměpisný původ.

Dodatečné zdroje

Další referenční databáze, které jsou obecnější, ale mohou být také užitečné pro čárové kódy ryb, jsou Datový systém čárového kódu života a Genbank. 

Výhody

Čárové kódy / metabarcoding poskytují rychlou a obvykle spolehlivou identifikaci druhů, což znamená, že morfologická identifikace, tj. Taxonomická odbornost, není nutná. Metabarcoding také umožňuje identifikovat druhy, když jsou organismy degradovány[25] nebo je k dispozici pouze část organismu. Je to mocný nástroj pro detekci vzácných a / nebo invazivních druhů, které lze detekovat i přes nízkou hojnost. Tradiční metody hodnocení biologické rozmanitosti ryb,[6] hojnost a hustota zahrnují použití ozubených kol, jako jsou sítě,[6] vlečné sítě, klece, sítě na lov ryb nebo jiná zařízení, která vykazují spolehlivé výsledky přítomnosti pouze u hojných druhů. Naopak vzácné původní druhy i nově založené cizí druhy jsou méně pravděpodobné, že budou detekovány tradičními metodami, což povede k nesprávným předpokladům absence / přítomnosti.[6] Čárové kódování / metabarcoding je také v některých případech neinvazivní metodou vzorkování, protože poskytuje příležitost analyzovat DNA z eDNA nebo vzorkováním živých organismů.[26][27][28]

U rybích parazitů umožňuje metabarcoding detekci kryptických nebo mikroskopických parazitů z vodního prostředí, což je obtížnější u přímějších metod (např. Identifikace druhů ze vzorků pomocí mikroskopie). Někteří paraziti vykazují kryptické variace a metabarcoding může být užitečnou metodou k odhalení této skutečnosti.[29]

Aplikace metabarcodingu eDNA je nákladově efektivní ve velkých průzkumech nebo v případech, kdy je zapotřebí mnoho vzorků. eDNA může snížit náklady na rybolov, přepravu vzorků a čas investovaný taxonomy a pro spolehlivou detekci vyžaduje ve většině případů pouze malé množství DNA od cílových druhů. Další výhodou je neustálé snižování cen za čárové kódy / metabarcoding kvůli technickému vývoji.[2][20][30] Přístup eDNA je vhodný také pro monitorování nepřístupných prostředí.

Výzvy

Výsledky získané z metabarcodingu jsou omezené nebo zkreslené na frekvenci výskytu. Je také problematické, že zdaleka nejsou u všech druhů k nim připojeny čárové kódy.[25]

Přestože metabarcoding může překonat některá praktická omezení konvenčních metod vzorkování, stále neexistuje shoda ohledně experimentálního designu a bioinformatických kritérií pro aplikaci metabarcodingu eDNA. Nedostatek kritérií je způsoben různorodostí dosud provedených experimentů a studií, které se zabývaly různými diverzitami a četností ryb, druhy vodních ekosystémů, počtem markerů a specifikami markerů.[30]

Další významnou výzvou pro metodu je, jak kvantifikovat početnost ryb z molekulárních dat. I když v některých případech je kvantifikace možná[31] zdá se, že neexistuje shoda v tom, jak a do jaké míry mohou molekulární údaje splnit tento cíl monitorování ryb.[32]

Viz také

Podrobné informace o čárových kódech DNA různých organismů naleznete zde:

Čárové kódy DNA

Čárový kód DNA při hodnocení stravy

Čárové kódy DNA řas

Čárový kód mikrobiální DNA

Čárový kód DNA vodních makrobezobratlých

Reference

  1. ^ A b C Rees, Helen C .; Maddison, Ben C .; Middleditch, David J .; Patmore, James R.M .; Gough, Kevin C. (2014). Crispo, Erika (ed.). „RECENZE: Detekce druhů vodních živočichů pomocí DNA prostředí - přehled eDNA jako nástroje průzkumu v ekologii“ (PDF). Journal of Applied Ecology. 51 (5): 1450–1459. doi:10.1111/1365-2664.12306.
  2. ^ A b Goldberg, Caren S .; Turner, Cameron R .; Deiner, Kristy; Klymus, Katy E .; Thomsen, Philip Francis; Murphy, Melanie A .; Spear, Stephen F .; McKee, Anna; Oyler-McCance, Sara J. (2016). Gilbert, M. (ed.). „Kritické úvahy pro použití environmentálních metod DNA k detekci vodních druhů“. Metody v ekologii a evoluci. 7 (11): 1299–1307. doi:10.1111 / 2041-210X.12595.
  3. ^ Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (2015). „Environmentální DNA - objevující se nástroj ochrany pro monitorování minulé a současné biologické rozmanitosti“. Biologická ochrana. 183: 4–18. doi:10.1016 / j.biocon.2014.11.019.
  4. ^ A b „FISH-BOL“. www.fishbol.org. Citováno 2019-03-28.
  5. ^ Hänfling, Bernd; Lawson Handley, Lori; Přečtěte si, Daniel S .; Hahn, Christoph; Li, Jianlong; Nichols, Paul; Blackman, Rosetta C .; Oliver, Anna; Winfield, Ian J. (2016). „Metabarcoding DNA v životním prostředí společenstev jezerních ryb odráží dlouhodobá data ze zavedených metod průzkumu“ (PDF). Molekulární ekologie. 25 (13): 3101–3119. doi:10,1111 / mec.13660. PMID  27095076.
  6. ^ A b C d Jerde, Christopher L .; Mahon, Andrew R .; Chadderton, W. Lindsay; Lodge, David M. (2011). ""Neviditelná „detekce vzácných vodních druhů pomocí DNA v životním prostředí: dohled eDNA nad vzácnými vodními druhy“. Dopisy o ochraně. 4 (2): 150–157. doi:10.1111 / j.1755-263X.2010.00158.x. S2CID  39849851.
  7. ^ Kim, Hyun-Woo; Park, Hyun; Baeck, Gun Wook; Lee, Jae-Bong; Lee, Soo Rin; Kang, Hye-Eun; Yoon, Tae-Ho (11.07.2017). „Metabarcodingová analýza obsahu žaludku antarktických zubáčů (Dissostichus mawsoni) shromážděných v Antarktickém oceánu“. PeerJ. 5: e3977. doi:10,7717 / peerj.3977. ISSN  2167-8359. PMC  5680711. PMID  29134141.
  8. ^ Balasingham, Katherine D .; Walter, Ryan P .; Mandrak, Nicholas E .; Heath, Daniel D. (leden 2018). „Detekce environmentální DNA vzácných a invazivních druhů ryb ve dvou přítocích Velkých jezer“. Molekulární ekologie. 27 (1): 112–127. doi:10.1111 / mec.14395. ISSN  1365-294X. PMID  29087006.
  9. ^ Costa, Filipe O; Carvalho, Gary R (prosinec 2007). „Iniciativa Barcode of Life: přehled a budoucí společenské dopady čárových kódů DNA ryb“. Genomika, společnost a politika. 3 (2): 29. doi:10.1186/1746-5354-3-2-29. ISSN  1746-5354. PMC  5425017.
  10. ^ Plough, Louis V .; Ogburn, Matthew B .; Fitzgerald, Catherine L .; Geranio, Rose; Marafino, Gabriella A .; Richie, Kimberly D. (01.11.2018). Doi, Hideyuki (ed.). „Environmentální DNA analýza sledě říčního v zálivu Chesapeake Bay: mocný nástroj pro sledování ohrožených klíčových druhů“. PLOS ONE. 13 (11): e0205578. doi:10.1371 / journal.pone.0205578. ISSN  1932-6203. PMC  6211659. PMID  30383750.
  11. ^ Evans, Nathan T .; Lamberti, Gary A. (leden 2018). „Hodnocení sladkovodního rybolovu pomocí DNA v životním prostředí: základ metody, její potenciál a nedostatky jako nástroj ochrany“. Výzkum v oblasti rybolovu. 197: 60–66. doi:10.1016 / j.fishres.2017.09.013.
  12. ^ Barcaccia, Gianni; Lucchin, Margherita; Cassandro, Martino (29.12.2015). „Čárové kódy DNA jako molekulární nástroj pro sledování chybného označování a pirátství v potravinách“ (PDF). Rozmanitost. 8 (4): 2. doi:10,3390 / d8010002. ISSN  1424-2818.
  13. ^ Valentini, Paola; Galimberti, Andrea; Mezzasalma, Valerio; De Mattia, Fabrizio; Casiraghi, Maurizio; Labra, Massimo; Pompa, Pier Paolo (03.07.2017). „DNA Barcoding Meets Nanotechnology: Development of a Universal Colorimetric Test for Food Authentication“. Angewandte Chemie International Edition. 56 (28): 8094–8098. doi:10.1002 / anie.201702120. PMID  28544553.
  14. ^ Seattle, Zprávy o bezpečnosti potravin 1012 First Avenue Fifth Floor; Washington 98104-1008 (2018-12-18). „Studie zjistila, že ve státě New York je podvod s rybami běžný: AG varuje řetězce supermarketů“. Novinky o bezpečnosti potravin. Citováno 2019-03-28.
  15. ^ Steinke, Dirk; Bernard, Andrea M .; Horn, Rebekah L .; Hilton, Paul; Hanner, Robert; Shivji, Mahmood S. (2017-08-25). „Analýza DNA obchodovaných žraločích ploutví a žaberních desek mobulid odhaluje vysoký podíl druhů, které se týkají ochrany přírody“. Vědecké zprávy. 7 (1): 9505. Bibcode:2017NatSR ... 7.9505S. doi:10.1038 / s41598-017-10123-5. ISSN  2045-2322. PMC  5573315. PMID  28842669.
  16. ^ Thomsen, Philip Francis; Kielgast, Jos; Iversen, Lars Lønsmann; Møller, Peter Rask; Rasmussen, Morten; Willerslev, Eske (2012-08-29). Lin, Senjie (ed.). „Detekce rozmanité fauny mořských ryb pomocí DNA prostředí ze vzorků mořské vody“. PLOS ONE. 7 (8): e41732. Bibcode:2012PLoSO ... 741732T. doi:10.1371 / journal.pone.0041732. ISSN  1932-6203. PMC  3430657. PMID  22952584.
  17. ^ Goldberg, Caren S .; Strickler, Katherine M .; Fremier, Alexander K. (srpen 2018). „Omezení degradace a rozptylu omezuje detekci DNA vzácných obojživelníků v mokřadech na životní prostředí: Zvyšování účinnosti vzorů vzorků“. Věda o celkovém prostředí. 633: 695–703. Bibcode:2018ScTEn.633..695G. doi:10.1016 / j.scitotenv.2018.02.295. PMID  29602110.
  18. ^ Harper, Lynsey R .; Buxton, Andrew S .; Rees, Helen C .; Bruce, Kat; Brys, Rein; Halfmaerten, David; Přečtěte si, Daniel S .; Watson, Hayley V .; Sayer, Carl D. (01.01.2019). „Vyhlídky a výzvy monitorování environmentální DNA (eDNA) ve sladkovodních rybnících“. Hydrobiologia. 826 (1): 25–41. doi:10.1007 / s10750-018-3750-5. ISSN  1573-5117.
  19. ^ Evans, Nathan T .; Olds, Brett P .; Renshaw, Mark A .; Turner, Cameron R .; Li, Yiyuan; Jerde, Christopher L .; Mahon, Andrew R .; Pfrender, Michael E .; Lamberti, Gary A. (leden 2016). „Kvantifikace mezokosmových ryb a druhů obojživelníků pomocí metabarcodingu DNA v prostředí“. Zdroje molekulární ekologie. 16 (1): 29–41. doi:10.1111/1755-0998.12433. PMC  4744776. PMID  26032773.
  20. ^ A b Valentini, Alice; Taberlet, Pierre; Miaud, Claude; Civade, Raphaël; Herder, Jelger; Thomsen, Philip Francis; Bellemain, Eva; Besnard, Aurélien; Coissac, Eric (únor 2016). „Monitorování vodní biologické rozmanitosti nové generace pomocí metabarcodingu DNA v životním prostředí“ (PDF). Molekulární ekologie. 25 (4): 929–942. doi:10.1111 / mec.13428. PMID  26479867.
  21. ^ Hänfling, Bernd; Handley, Lori Lawson; Přečtěte si, Daniel S .; Hahn, Christoph; Li, Jianlong; Nichols, Paul; Blackman, Rosetta C .; Oliver, Anna; Winfield, Ian J. (2016). „Metabarcoding DNA životního prostředí společenstev jezerních ryb odráží dlouhodobá data ze zavedených metod průzkumu“ (PDF). Molekulární ekologie. 25 (13): 3101–3119. doi:10,1111 / mec.13660. ISSN  1365-294X. PMID  27095076.
  22. ^ Ward, R. D .; Hanner, R .; Hebert, P. D. N. (2009). "Kampaň na DNA čárových kódů všech ryb, FISH-BOL". Journal of Fish Biology. 74 (2): 329–356. doi:10.1111 / j.1095-8649.2008.02080.x. ISSN  1095-8649. PMID  20735564. S2CID  3905635.
  23. ^ Becker, Sven; Hanner, Robert; Steinke, Dirk (2011). „Pět let FISH-BOL: Stručná zpráva o stavu“. Mitochondriální DNA. 22 (sup1): 3–9. doi:10.3109/19401736.2010.535528. ISSN  1940-1736. PMID  21271850.
  24. ^ Steinke, Dirk; Hanner, Robert (2011). „Protokol spolupracovníků FISH-BOL“. Mitochondriální DNA. 22 (sup1): 10–14. doi:10.3109/19401736.2010.536538. ISSN  1940-1736. PMID  21261495.
  25. ^ A b Harms-Tuohy, Ca; Schizas, Nv; Appeldoorn, Rs (2016-10-25). „Využití metabarcodingu DNA pro analýzu obsahu žaludku u invazních perutýnů Pterois volitans v Portoriku“. Série pokroku v ekologii moří. 558: 181–191. Bibcode:2016MEPS..558..181H. doi:10,3 354 / meps 11738. ISSN  0171-8630.
  26. ^ Corse, Emmanuel; Costedoat, Caroline; Chappaz, Rémi; Pech, Nicolas; Martin, Jean-François; Gilles, André (leden 2010). „Metoda PCR pro dietní analýzu ve sladkovodních organismech využívající čárové kódy 18S rDNA na výkalech: čárové kódy DNA ve stravě sladkovodních organismů“. Zdroje molekulární ekologie. 10 (1): 96–108. doi:10.1111 / j.1755-0998.2009.02795.x. PMID  21564994.
  27. ^ Taguchi, T .; Miura, Y .; Krueger, D .; Sugiura, S. (květen 2014). „Využití technik analýzy obsahu žaludku a DNA fekálií k vyhodnocení chování při krmení okouna obecného Micropterus salmoides a Bluegill Lepomis macrochirus: obsah žaludku a analýza fekální DNA“. Journal of Fish Biology. 84 (5): 1271–1288. doi:10.1111 / jfb.12341. PMID  24661110.
  28. ^ Guillerault, N .; Bouletreau, S .; Iribar, A .; Valentini, A .; Santoul, F. (květen 2017). "Aplikace metabarcodingu DNA na výkaly k identifikaci stravy sumce evropského Silurus glanis: metabarcoding DNA z trusu s. Glanis". Journal of Fish Biology. 90 (5): 2214–2219. doi:10.1111 / jfb.13294. PMID  28345142. S2CID  38780611.
  29. ^ Hartikainen, Hanna; Gruhl, Alexander; Okamura, Beth (červenec 2014). „Diverzifikace a opakované morfologické přechody u endoparazitických cnidariánů (Myxozoa: Malacosporea)“. Molekulární fylogenetika a evoluce. 76: 261–269. doi:10.1016 / j.ympev.2014.03.010. PMID  24675700.
  30. ^ A b Evans, Nathan T .; Li, Yiyuan; Renshaw, Mark A .; Olds, Brett P .; Deiner, Kristy; Turner, Cameron R .; Jerde, Christopher L .; Lodge, David M .; Lamberti, Gary A. (září 2017). „Hodnocení komunity ryb pomocí metabarcodingu eDNA: účinky designu vzorkování a bioinformatického filtrování“. Kanadský žurnál rybářství a vodních věd. 74 (9): 1362–1374. doi:10.1139 / cjfas-2016-0306. hdl:1807/77359. ISSN  0706-652X.
  31. ^ Marujama, Atsushi; Sugatani, Kousuke; Watanabe, Kazuki; Yamanaka, Hiroki; Imamura, Akio (2018). „Environmentální DNA analýza jako neinvazivní kvantitativní nástroj pro reprodukční migraci ohrožených endemických ryb v řekách“. Ekologie a evoluce. 8 (23): 11964–11974. doi:10,1002 / ece3,4653. PMC  6303803. PMID  30598791.
  32. ^ Shaw, Jennifer L.A .; Clarke, Laurence J .; Wedderburn, Scotte D .; Barnes, Thomas C .; Weyrich, Laura S .; Cooper, Alan (2016). "Porovnání metabarcodingu DNA v prostředí a konvenčních metod průzkumu ryb v říčním systému". Biologická ochrana. 197: 131–138. doi:10.1016 / j.biocon.2016.03.010.