Oddělení je rozděleno do dvou sekcí. A to, Asim Ferhatović Hase School of Football (Bosenské: Škola fudbala Asim Ferhatović Hase),[2] pojmenoval podle legendárního útočníka Asim Ferhatović a Akademie FK Sarajevo (Bosenské: Akademija fudbalskog kluba Sarajevo).[3] První z nich funguje jako obecný model pro popularizaci sportu i jako filtrační mechanismus, který se používá k výběru místních fotbalových talentů, které se později přenesou na Akademii. Akademie je zase špičkou internátní školy, která přináší největší talenty z Bosny a Hercegoviny a organizuje soutěžní výběr mládeže pro klub. Škola mládeže má týmy od 8 do 16 let, zatímco akademie je rozdělena na U-15 (mladší kadeti), U-17 (starší kadeti) a U-19 (juniorský) výběry.
Oddělení bylo založeno v padesátých letech minulého století a je historicky známé jako jeden z nejlepších mládežnických systémů Jugoslávie. Jeho tréninkovou filozofií není jen rozvoj fotbalisté, ale také péče o růst hráčů, vzdělávání a formování postavy, přičemž se učí sportovnímu duchu a loajalitě ke klubu.[3] Mládežnické týmy se kromě národních soutěží účastní mnoha turnajů po celé Evropě a testují své dovednosti proti některým z nejlepších evropských klubů. Turnaje, kterých se tradičně účastní výběr mládeže klubu Kvarnerská rivijera, Trofeo Dossena, Generali CEE Cup a Karol Wojtyla Cup.[3]
Výběr mládeže FK Sarajevo trénuje na dvou místech. Jmenovitě Sportovní komplex Asim Ferhatović Hase a elitu Butmir Training Center, který je v současné době v expanzi od února 2015.[4] Hráči mládežnických týmů, kteří s klubem nepodepisují profesionální smlouvy, jsou obvykle převedeni do týmu FK Sarajevo farmářský tým, NK Bosna Visoko. Mládežnický systém FK Sarajevo poskytl v průběhu desetiletí četné bosenské a jugoslávské internacionály.
