Atlas výrazů - Expression Atlas
| Obsah | |
|---|---|
| Popis | Genová exprese napříč druhy a podmínkami |
| Typy dat zajat | Data z mikročipu a další genové výrazy |
| Organismy | Člověk, myš, krysa, ovocná muška, kuře, škrkavka, divočák, zebra, kráva a další. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | EMBL-EBI |
| Primární citace | PMID 31665515 |
| Datum vydání | Březen 2020 |
| Přístup | |
| webová stránka | www |
| Nástroje | |
| Web | Pokročilé vyhledávání, hromadné načítání / stahování |
| Smíšený | |
| Uvolnění dat frekvence | 3 až 4krát ročně |
| Kurátorská politika | Manuální kurátor každé studie. |
The Atlas výrazů je databáze spravuje Evropský bioinformatický institut který poskytuje informace o genová exprese vzory z RNA-sekv a Microarray studie a proteinová exprese z Proteomika studie.[1] Atlas výrazů umožňuje vyhledávání podle gen, varianta spoje, atribut bílkoviny, nemoc, léčba nebo část organismu (typy buněk / tkáně). Jednotlivé geny nebo sady genů lze vyhledávat. Všechny datové sady v Expression Atlas mají svá metadata ručně upravená a data jsou analyzována prostřednictvím standardizovaných analytických kanálů. Atlas výrazů má dvě složky, Atlas základní a Diferenciální atlas:
Základní atlas
Atlas Baseline poskytuje informace o tom genové produkty jsou přítomni (a v jakém množství) za „normálních“ podmínek. Tato součást Expression Atlas se skládá z RNA sekvence experimenty z úložišť ArrayExpress. Jeho cílem je odpovědět na otázky, jako jsou:
- Které geny jsou specificky exprimovány v ledvinách?
- Jaký je výrazový vzor pro gen SAA4 v normálních tkáních?
Diferenciální atlas
Diferenciální atlas umožňuje uživatelům identifikovat geny, které jsou regulovány nahoru nebo dolů v různých experimentálních podmínkách.
Viz také
Reference
- ^ Papatheodorou I, Moreno P, Manning J, Fuentes AM, George N, Fexova S, et al. (Leden 2020). „Aktualizace Atlasu výrazů: od tkání k jednotlivým buňkám“. Výzkum nukleových kyselin. 48 (D1): D77 – D83. doi:10.1093 / nar / gkz947. PMC 7145605. PMID 31665515.
Další čtení
- Petryszak R, Burdett T, Fiorelli B, Fonseca NA, Gonzalez-Porta M, Hastings E a kol. (Leden 2014). „Aktualizace Expression Atlas - databáze genové a transkripční exprese z experimentů funkční genomiky založených na čipech a sekvencích“. Výzkum nukleových kyselin. Oxford University Press (OUP). 42 (Problém s databází): D926-32. doi:10.1093 / nar / gkt1270. PMC 3964963. PMID 24304889.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
- Kapushesky M, Adamusiak T, Burdett T, Culhane A, Farne A, Filippov A a kol. (Leden 2012). „Aktualizace Gene Expression Atlas - databáze s přidanou hodnotou microarray a sekvenčních experimentů funkční genomiky“. Výzkum nukleových kyselin. Oxford University Press (OUP). 40 (Problém s databází): D1077-81. doi:10.1093 / nar / gkr913. PMC 3245177. PMID 22064864.CS1 maint: ref = harv (odkaz)
externí odkazy
- „O Atlasu výrazů“. Evropská laboratoř molekulární biologie - Evropský bioinformatický institut (EMBL-EBI).