ExoCarta - ExoCarta

ExoCarta
Database.png
Obsah
PopisDatabáze exozomálních proteinů, RNA a lipidů
Kontakt
Výzkumné centrumLa Trobe Institute for Molecular Science
AutořiSuresh Mathivanan
Přístup
webová stránkahttp://www.exocarta.org

ExoCarta je ručně upravená databáze exosomální bílkoviny, RNA a lipidy.[1][2]

Exosomy pocházejí z buněk vezikuly které jsou přítomny v mnoha a možná ve všech biologických tekutinách, včetně krev, moč a kultivované médium buněčné kultury.[3][4] Hlášený průměr exosomů je mezi 30 a 100 nm, což je větší než LDL, ale mnohem menší než například červené krvinky. Exosomy se uvolňují buď z buňky, když multivesikulární tělesa pojistka s plazmatická membrána nebo jsou uvolňovány přímo z plazmatické membrány.[5] Je stále jasnější, že exosomy mají specializované funkce a hrají klíčovou roli například v koagulace, mezibuněčná signalizace a nakládání s odpady.[3] V důsledku toho roste zájem o klinické aplikace exosomů. Exosomy lze potenciálně použít pro prognózu, terapii a biomarkery pro zdraví a nemoci.

Bioinformatická analýza exosomů

Exosomy obsahují RNA, bílkoviny, lipidy a metabolity, což je odrazem buněčného typu původu. Protože exosomy obsahují četné proteiny, RNA a lipidy, včetně analýzy ve velkém měřítku proteomika a transkriptomika se často provádí. V současné době pro analýzu těchto dat, nekomerční nástroje, jako je FunRich[6] lze použít k identifikaci nadměrně zastoupených skupin molekul.

Reference

  1. ^ Mathivanan, Suresh; Fahner Cassie J; Reid Gavin E; Simpson Richard J (říjen 2011). "ExoCarta 2012: databáze exosomálních proteinů, RNA a lipidů". Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D1241–4. doi:10.1093 / nar / gkr828. PMC  3245025. PMID  21989406.
  2. ^ Mathivanan S, Simpson RJ (2009). "ExoCarta: Kompendium exosomálních proteinů a RNA". Proteomika. 9 (21): 4997–5000. doi:10.1002 / pmic.200900351. PMID  19810033.
  3. ^ A b van der Pol E; Böing, AN; Harrison P; Sturk A; Nieuwland R (2012). "Klasifikace, funkce a klinický význam extracelulárních vezikul". Pharmacol. Rev. 64 (3): 676–705. doi:10.1124 / pr.112.005983. PMID  22722893.
  4. ^ Keller S; Sanderson MP; Stoeck A; Altevogt P (2006). "Exosomy: od biogeneze a sekrece po biologickou funkci". Immunol. Lett. 107 (2): 102–8. doi:10.1016 / j.imlet.2006.09.005. PMID  17067686.
  5. ^ Stánek AM; Fang Y; Fallon JK; Yang JM; Hildreth JE; Gould SJ (2006). „Exozomy a HIV Gag bud z endosomových domén plazmatické membrány T buněk“. J. Cell Biol. 172 (6): 932–935. doi:10.1083 / jcb.200508014. PMC  2063735. PMID  16533950.
  6. ^ Pathan, M; Keerthikumar, S; Ang, C. S .; Gangoda, L; Quek, C. Y .; Williamson, N. A .; Mouradov, D; Sieber, O. M .; Simpson, R. J .; Salim, A; Bacic, A; Hill, A; Stroud, D. A .; Ryan, M. T .; Agbinya, J. I .; Mariadasson, J. M .; Burgess, A. W .; Mathivanan, S (2015). "Technical brief funrich: An open access standalone Function Enrichment and Interaction Network Analysis Tool". Proteomika. 15: 2597–601. doi:10.1002 / pmic.201400515. PMID  25921073.

externí odkazy