Efektivní počet kodonů - Effective number of codons

Efektivní počet kodonů (ve zkratce ENC nebo Nc) je opatření ke studiu stavu předsudky o používání kodonů v genech a genomech.[1] Způsob výpočtu ENC má zjevné podobnosti s výpočtem efektivní velikost populace v populační genetika.[2] I když je snadné vypočítat hodnoty ENC, ukázalo se, že toto měřítko je jedním z nejlepších opatření k zobrazení zkreslení využití kodonu.[3]

Od původního návrhu ENC se několik vyšetřovatelů pokusilo tuto metodu vylepšit,[4][5] ale zdá se, že existuje mnoho prostoru pro zlepšení tohoto opatření.[6][7][8][9][10][11]

Reference

  1. ^ Wright F. (1990). "Účinný počet kodonů" použitých v genu ". Gen. 87 (1): 23–29. doi:10.1016/0378-1119(90)90491-9. PMID  2110097.
  2. ^ Kimura, M. & Crow, J.F. (1964). "Počet alel, které lze udržovat v konečné populaci". Genetika. 49: 725–738. PMC  1210609. PMID  14156929.
  3. ^ Comeron JM, Aguadé M (1998). Msgstr "Hodnocení míry zkreslení synonymního použití kodonu". J. Mol. Evol. 47 (3): 268–274. Bibcode:1998JMolE..47..268C. doi:10.1007 / PL00006384. PMID  9732453.
  4. ^ Novembre J.A. (2002). "Účtování složení nukleotidů na pozadí při měření zkreslení použití kodonů". Mol. Biol. Evol. 19 (8): 1390–1394. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004201. PMID  12140252.
  5. ^ Fuglsang A. (2004). "Znovu navštíven 'efektivní počet kodonů'". Biochem. Biophys. Res. Commun. 317 (3): 957–964. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.03.138. PMID  15081433.
  6. ^ Marashi S.A .; Najafabadi H.S. (2004). „Jak spolehlivá je opětovná úprava: korespondence týkající se A. Fuglsanga,“ vrátil se „efektivní počet kodonů“"". Biochem. Biophys. Res. Commun. 324 (1): 1–2. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.08.213. PMID  15464973.
  7. ^ Fuglsang A. (2005). „K metodologické slabosti„ efektivního počtu kodonů “: odpověď Marashimu a Najafabadimu.“ Biochem. Biophys. Res. Commun. 327 (1): 1–3. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.11.133. PMID  15629420.
  8. ^ Banerjee T .; Gupta S.K .; Ghosh T.C. (2005). „Směrem k řešení inherentní metodologické slabosti„ efektivního počtu kodonů použitých genem"". Biochem. Biophys. Res. Commun. 330 (4): 1015–8. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.02.150. PMID  15823544.
  9. ^ Fuglsang A. (2006). „Odhad„ efektivního počtu kodonů “: Wrightův způsob určování homozygotnosti kodonu vede k vynikajícím odhadům“. Genetika. 172 (2): 1301–7. doi:10.1534 / genetika.105.049643. PMC  1456227. PMID  16299393.
  10. ^ Fuglsang A. (2006). „Účtování složení nukleotidů na pozadí při měření zkreslení použití kodonů: skvělý nápad, v praxi obtížný“. Mol. Biol. Evol. 23 (7): 1345–7. doi:10.1093 / molbev / msl009. PMID  16679346.
  11. ^ Fuglsang A. (2008). "Dopad odchylky předpětí a použití aminokyselin na odhady efektivního počtu kodonů použitých v genu a test selekce na použití kodonů". Gen. 410 (1): 82–8. doi:10.1016 / j.gene.2007.12.001. PMID  18248919.