Edward Marcotte - Edward Marcotte

Edward Marcotte je profesor z biochemie na Texaská univerzita v Austinu, pracuji v genetika, proteomika, a bioinformatika.[1] Marcotte je příkladem a výpočetní biolog na které se také spoléhá experimenty ověřit předpovědi založené na bioinformatice.[2]

Vzdělání a pozice

Marcottovo vysokoškolské vzdělání bylo na Texaská univerzita v Austinu, kde získal titul B.S. v Mikrobiologie v roce 1990. Získal titul Ph.D. v biochemii od Texaská univerzita v Austinu v roce 1995 a postdoktorandskou práci absolvoval jak v UT Austin, tak v University of California, Los Angeles s profesorem David Eisenberg. Marcotte je profesorem na UT Austin od roku 2001.[Citace je zapotřebí ]

Výzkum

Hlavní výzkumné příspěvky společnosti Marcotte jsou v oblastech bioinformatiky, proteomiky, biologie systémů, a syntetická biologie.

Bioinformatika a biologie systémů

V rané práci Marcotte a kolegové vytvořili první mapu funkčních vazeb mezi proteiny v jakémkoli komplexním organismu (kvasinky Saccharomyces cerevisiae ), přístup, který jim umožnil předpovědět funkci u více než poloviny všech necharakterizovaných kvasinkových proteinů.[3] Marcotte také vyvinul několik metod identifikace funkčních interakcí mezi proteiny, včetně fylogenetické profilování,[4][5][6] Genová fúze Rosetta Stoneové,[7] koRese mRNA,[3] a zrcadlový strom[8] přístupy.

V roce 2010 Marcotte a kolegové identifikovali algoritmus pro identifikaci případů hluboká homologie na základě fenotypu.[1][9]

Proteomika

V oblasti proteomiky přispívá Marcotte k vývoji raných verzí sítě interakce lidských proteinů[10][11] a mapování> 7 000 interakcí lidských proteinů.[12] Marcotte a kolegové vyvinuli techniku ​​mikročipů se skvrnitými buňkami pro vysoce výkonné měření exprese proteinu, subcelulární polohy a funkce,[11][13][14][15] vyvinuté algoritmy pro analýzu dat hmotnostní spektrometrie,[16][17][18][19] zahájil otevřenou přístupovou databázi pro proteomická data hmotnostní spektrometrie,[20] a vyvinuli metodu APEX pro absolutní kvantifikaci proteinů v širokém měřítku proteomu.[21][22] Pomocí APEX Marcotte a kolegové prokázali, že hojnost bílkovin u nižší eukaryoty je určována převážně hladinami mRNA, zatímco množství bílkovin je určováno zhruba stejně transkripční a post-transkripční regulací.[23]

externí odkazy

Reference

  1. ^ A b Zimmer, Carl (26. dubna 2010). „Hledání genů vede k nečekaným místům“. The New York Times.
  2. ^ „Edward M. Marcotte“. Lidé. Institute for Cellular and Molecular, Biology University of Texas at Austin. Citováno 16. srpna 2016.
  3. ^ A b Marcotte, E.M .; Pellegrini, M .; Thompson, M. J .; Yeates, T .; Eisenberg, D. (1999). „Kombinovaný algoritmus pro predikci funkce proteinu v celém genomu“. Příroda. 402 (6757): 83–86. Bibcode:1999 Natur.402 ... 83 mil. doi:10.1038/47048. PMID  10573421. S2CID  144447.
  4. ^ Pellegrini, M .; Marcotte, E. M .; Thompson, M. J .; Eisenberg, D .; Yeates, T. O. (1999). „Detekce složek proteinových komplexů a cest srovnávací analýzou genomu: proteinové fylogenetické profily“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (8): 4285–4288. doi:10.1073 / pnas.96.8.4285. PMC  16324. PMID  10200254.
  5. ^ Marcotte, Edward M .; Xenarios, Ioannis; van Der Bliek, Alexander M .; Eisenberg, David (2000). „Lokalizace proteinů v buňce z jejich fylogenetických profilů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (22): 12115–12120. Bibcode:2000PNAS ... 9712115M. doi:10.1073 / pnas.220399497. PMC  17303. PMID  11035803.
  6. ^ Date, S.V .; Marcotte, E. M. (2003). „Objev necharakterizovaných buněčných systémů analýzou funkčních vazeb v rámci celého genomu“. Přírodní biotechnologie. 21 (9): 1055–1062. doi:10.1038 / nbt861. PMID  12923548. S2CID  1093077.
  7. ^ Marcotte, Edward M .; Pellegrini, Matteo; Ng, Ho-Leung; Rice, Danny W .; Yeates, Todd O .; Eisenberg, David (1999). „Detection Protein Function & Protein-Protein Interaction from Genome Sequences“. Věda. 285 (5428): 751–753. CiteSeerX  10.1.1.535.9650. doi:10.1126 / science.285.5428.751. PMID  10427000.
  8. ^ Ramani, A.K .; Marcotte, E. M. (2003). „Využití společného vývoje interakčních proteinů k odhalení specificity interakce“. J. Mol. Biol. 327: 273–284. doi:10.1016 / s0022-2836 (03) 00114-1. PMID  12614624.
  9. ^ McGary KL; Park TJ; Woods JO; Cha HJ; Wallingford JB; Marcotte EM (Duben 2010). „Systematické objevování modelů nezjistitelných lidských onemocnění prostřednictvím ortologických fenotypů“ (PDF). Sborník Národní akademie věd. 107 (14): 6544–9. Bibcode:2010PNAS..107,6544 mil. doi:10.1073 / pnas.0910200107. PMC  2851946. PMID  20308572.
  10. ^ Ramani, A.K .; Bunescu, R. C .; Mooney, R. J .; Marcotte, E. M. (2005). "Konsolidace souboru známých lidských interakcí protein-protein v rámci přípravy na mapování lidského internomomu ve velkém měřítku". Genome Biology. 6 (5): R40.1–12. doi:10.1186 / gb-2005-6-5-r40. PMC  1175952. PMID  15892868.
  11. ^ A b Narayanaswamy, R .; Niu, W .; Scouras, A .; Hart, G. T .; Davies, J .; Ellington, A. D .; Iyer, V. R .; Marcotte, E. M. (2006). „Systematické profilování buněčných fenotypů pomocí mikročipů se skvrnitými buňkami odhaluje nové geny pro feromonovou odpověď“. Genome Biology. 7 (1): R6. doi:10.1186 / gb-2006-7-1-r6. PMC  1431703. PMID  16507139.
  12. ^ Ramani, A.K .; Li, Z .; Hart, G. T .; Carlson, M. W .; Boutz, D .; Marcotte, E. M. (2008). „Mapa interakcí lidských proteinů odvozených od společné exprese lidských mRNA a jejich ortologů“. Mol. Syst. Biol. 4: 180. doi:10.1038 / msb.2008.19. PMC  2387231. PMID  18414481.
  13. ^ Zhao, J .; Niu, W .; Yao, J .; Mohr, S .; Marcotte, E. M .; Lambowitz, A. M. (2008). „Lokalizace a vložení intronových proteinů skupiny II jsou ovlivněny polyfosfátem“. PLOS Biology. 6 (6): e150. doi:10.1371 / journal.pbio.0060150. PMC  2435150. PMID  18593213.
  14. ^ Narayanaswamy, R .; Moradi, E.K .; Niu, W .; Hart, G. T .; Davis, M .; McGary, K. L .; Ellington, A. D .; Marcotte, E. M. (2009). „Systematická definice proteinových složek podél hlavní polarizační osy odhaluje adaptivní opětovné použití polarizačního aparátu u začínajících kvasinek ošetřených feromonem“. Journal of Proteome Research. 8 (1): 6–19. doi:10.1021 / pr800524g. PMC  2651748. PMID  19053807.
  15. ^ Narayanaswamy, R .; Levy, M .; Tsechansky, M .; Stovall, G. M .; O’Connell, J .; Mirrielees, J .; Ellington, A. D .; Marcotte, E. M. (2009). „Rozšířená reorganizace metabolických enzymů do reverzibilních sestav po hladovění živinami“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106 (25): 10147–52. Bibcode:2009PNAS..10610147N. doi:10.1073 / pnas.0812771106. PMC  2691686. PMID  19502427.
  16. ^ Ramakrishnan, S .; Mao, R .; Nakorchevskiy, A. A .; Prince, J. T .; Willard, W. S .; Xu, W .; Marcotte, E. M .; Miranker, D. P. (2006). „Metoda rychlé hrubé filtrace pro identifikaci proteinů hmotnostní spektrometrií“. Bioinformatika. 22 (12): 1524–31. doi:10.1093 / bioinformatika / btl118. PMID  16585069.
  17. ^ Prince, J.T .; Marcotte, E. M. (2008). "mspire: hmotnostní spektrometrie proteomika v Ruby". Bioinformatika. 24 (23): 2796–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btn513. PMC  2639276. PMID  18930952.
  18. ^ Ramakrishnan, S.R .; Vogel, C .; Prince, J. T .; Li, Z .; Penalva, L. O .; Myers, M .; Marcotte, E. M .; Miranker, D. P. (2009). „Integrace proteomiky brokovnic a údajů o expresi mRNA ke zlepšení identifikace proteinu“. Bioinformatika. 25 (11): 1397–1403. doi:10.1093 / bioinformatika / btp168. PMC  2682515. PMID  19318424.
  19. ^ Prince, J.T .; Marcotte, E. M. (2006). „Chromatografické sladění proteomických datových souborů ESI-LC-MS podle objednaného bijektivního interpolovaného deformace“. Analytická chemie. 78 (17): 6140–6152. doi:10.1021 / ac0605344. PMID  16944896.
  20. ^ Prince, J.T .; Carlson, M. W; Wang, R .; Lu, P .; Marcotte, E. M. (2004). "Potřeba veřejného úložiště proteomiky". Přírodní biotechnologie. 22 (4): 471–2. doi:10.1038 / nbt0404-471. PMID  15085804. S2CID  3220616.
  21. ^ Lu, P .; Vogel, C .; Wang, R .; Yao, X .; Marcotte, E. M. (2007). "Absolutní profil exprese proteinů odhaduje relativní příspěvky transkripční a translační regulace". Přírodní biotechnologie. 25 (1): 117–20. doi:10.1038 / nbt1270. PMID  17187058. S2CID  13061107.
  22. ^ Vogel, Christine; Marcotte, Edward M. (2008). "Výpočet absolutního a relativního množství proteinů z údajů o expresi proteinů založených na hmotnostní spektrometrii". Přírodní protokoly. 3 (9): 1444–1451. doi:10.1038 / nprot.2008.132. PMID  18772871. S2CID  17456044.
  23. ^ Vogel, Christine; de Sousa Abreu, Raquel; Ko, Daijin; Le, Shu-Yun; Shapiro, Bruce A; Burns, Suzanne C; Sandhu, Devraj; Boutz, Daniel R; Marcotte, Edward M .; Penalva, Luiz O (2010). „Sekvenční podpisy a koncentrace mRNA mohou vysvětlit dvě třetiny variací nadbytku bílkovin v lidské buněčné linii“. Molekulární systémy biologie. 6: 400. doi:10.1038 / msb.2010.59. PMC  2947365. PMID  20739923.