ELOB - ELOB

ELOB
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1LM8, 1 LQB, 1VCB, 2C9W, 2IZV, 2JZ3, 2MA9, 3DCG, 3ZKJ, 3ZNG, 3ZRC, 3ZRF, 3ZTC, 3ZTD, 3ZUN, 4AJY, 4AWJ, 4B95, 4B9K, 4BKS, 4BKT, 4N9F, 4W9C, 4W9D, 4W9E, 4W9F, 4W9G, 4W9H, 4W9I, 4W9J, 4W9K, 4W9L, 4WQO, 5BO4
Identifikátory
Aliasy	ELOB, SIII, TCEB2, transkripční elongační faktor B podjednotka 2, elongin B
Externí ID	OMIM: 600787 HomoloGene: 134544 Genové karty: ELOB
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	2,777,297 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy;
Buněčná složka	• Komplex ubikvitin ligázy Cul2-RING; • cytosol; • Komplex ubikvitin ligázy Cul5-RING; • Komplex VCB; • buněčné jádro; • elonginový komplex; • nukleoplazma;
Biologický proces	• prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II v reakci na hypoxii; • ubikvitinace bílkovin; • posttranslační modifikace; • sestava makromolekulárního komplexu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6923
	n / a
	ENSG00000103363
	n / a
	Q15370
	n / a
	NM_207013; NM_007108
	n / a
	NP_009039; NP_996896
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

Polypeptid transkripčního elongačního faktoru B 2 je protein že u lidí je kódován TCEB2 gen.^[3]

Funkce

Tento gen kóduje protein elongin B, který je podjednotkou komplexu transkripčního faktoru B (SIII). Komplex SIII je složen z elonginů A / A2, B a C. Aktivuje prodloužení pomocí RNA polymerázy II potlačením přechodného pozastavení polymerázy na mnoha místech v transkripčních jednotkách. Elongin A funguje jako transkripčně aktivní složka komplexu SIII, zatímco elonginy B a C jsou regulační podjednotky. Elongin A2 je specificky exprimován ve varlatech a je schopen tvořit stabilní komplex s elonginy B a C. Von Hippel-Lindau tumor supresorový protein se váže na elonginy B a C, a tím inhibuje prodloužení transkripce. Pro tento gen byly popsány dvě alternativně sestříhané varianty transkriptu kódující různé izoformy.^[4]

Interakce

TCEB2 bylo prokázáno komunikovat s:

CUL2,^[5]^[6]
TCEB1,^[7]^[8]^[9]^[10] a
Von Hippel-Lindau supresor nádoru.^[5]^[8]^[11]^[12]^[13]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000103363 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Garrett KP, Aso T, Bradsher JN, Foundling SI, Lane WS, Conaway RC, Conaway JW (září 1995). "Pozitivní regulace obecného transkripčního faktoru SIII sledovaným homologem ubikvitinu". Proc Natl Acad Sci U S A. 92 (16): 7172–6. Bibcode:1995PNAS ... 92,7172G. doi:10.1073 / pnas.92.16.7172. PMC 41301. PMID 7638163.
^ „Entrez Gene: TCEB2 transkripční elongační faktor B (SIII), polypeptid 2 (18 kDa, elongin B)“.
^ ^A ^b Menon S, Tsuge T, Dohmae N, Takio K, Wei N (2008). „Sdružení SAP130 / SF3b-3 s komplexy ubikvitin ligázy Cullin-RING a jeho regulace signalosomem COP9“. BMC Biochem. 9: 1. doi:10.1186/1471-2091-9-1. PMC 2265268. PMID 18173839.
^ Kamura T, Burian D, Yan Q, Schmidt SL, Lane WS, Querido E, Branton PE, Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW (srpen 2001). „Muf1, nový opakující se protein bohatý na leucin BC, který může interagovat s Cul5 a Rbx1 za účelem rekonstituce ubikvitinové ligázy“. J. Biol. Chem. 276 (32): 29748–53. doi:10,1074 / jbc.M103093200. PMID 11384984.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ ^A ^b Ohh M, Takagi Y, Aso T, Stebbins CE, Pavletich NP, Zbar B, Conaway RC, Conaway JW, Kaelin WG (prosinec 1999). „Syntetické peptidy definují kritické kontakty mezi elonginem C, elonginem B a proteinem von Hippel-Lindau“. J. Clin. Investovat. 104 (11): 1583–91. doi:10,1172 / JCI8161. PMC 481054. PMID 10587522.
^ Krumm A, Groudine M (září 1995). „Potlačení nádoru a prodloužení transkripce: hrozné důsledky změny partnera“. Věda. 269 (5229): 1400–1. Bibcode:1995Sci ... 269,1400 tis. doi:10.1126 / science.7660121. PMID 7660121. S2CID 39758696.
^ Li Z, Na X, Wang D, Schoen SR, Messing EM, Wu G (únor 2002). „Ubikvitinace nového deubikvitinačního enzymu vyžaduje přímé navázání na von Hippel-Lindau tumor supresorový protein“. J. Biol. Chem. 277 (7): 4656–62. doi:10,1074 / jbc.M108269200. PMID 11739384.
^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3: 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.
^ Min JH, Yang H, Ivan M, Gertler F, Kaelin WG, Pavletich NP (červen 2002). "Struktura komplexu HIF-1alfa-pVHL: rozpoznávání hydroxyprolinu v signalizaci". Věda. 296 (5574): 1886–9. Bibcode:2002Sci ... 296.1886M. doi:10.1126 / science.1073440. PMID 12004076. S2CID 19641938.
^ Hacker KE, Lee CM, Rathmell WK (2008). Zhang B (ed.). „Mutace VHL typu 2B si zachovávají komplexní formu a funkci VBC“. PLOS ONE. 3 (11): e3801. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3801H. doi:10,1371 / journal.pone.0003801. PMC 2583047. PMID 19030229.

Další čtení

Duan DR, Pause A, Burgess WH, Aso T, Chen DY, Garrett KP, Conaway RC, Conaway JW, Linehan WM, Klausner RD (1995). "Inhibice prodloužení transkripce pomocí VHL tumor supresorového proteinu". Věda. 269 (5229): 1402–6. Bibcode:1995Sci ... 269.1402D. doi:10.1126 / science.7660122. PMID 7660122. S2CID 22334719.
Aso T, Lane WS, Conaway JW, Conaway RC (1995). „Elongin (SIII): multisubunitový regulátor elongace pomocí RNA polymerázy II“. Věda. 269 (5229): 1439–43. Bibcode:1995Sci ... 269.1439A. doi:10.1126 / science.7660129. PMID 7660129. S2CID 37649908.
Kibel A, Iliopoulos O, DeCaprio JA, Kaelin WG (1995). "Vazba von Hippel-Lindau tumor supresorového proteinu na Elongin B a C". Věda. 269 (5229): 1444–6. Bibcode:1995Sci ... 269.1444K. doi:10.1126 / science.7660130. PMID 7660130. S2CID 25410108.
Bradsher JN, Jackson KW, Conaway RC, Conaway JW (1994). „Transkripční faktor RNA polymerázy II SIII. I. Identifikace, čištění a vlastnosti“. J. Biol. Chem. 268 (34): 25587–93. PMID 8244996.
Pause A, Lee S, Worrell RA, Chen DY, Burgess WH, Linehan WM, Klausner RD (1997). „Produkt von Hippel-Lindau pro potlačování nádorů tvoří stabilní komplex s lidským CUL-2, členem rodiny proteinů Cdc53“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (6): 2156–61. Bibcode:1997PNAS ... 94.2156P. doi:10.1073 / pnas.94.6.2156. PMC 20057. PMID 9122164.
Li XY, Green MR (1998). „Buněčný koaktivátor Tat-SF1 HIV-1 Tat je obecným faktorem prodloužení transkripce“. Genes Dev. 12 (19): 2992–6. doi:10.1101 / gad.12.19.2992. PMC 317190. PMID 9765201.
Zhang JG, Farley A, Nicholson SE, Willson TA, Zugaro LM, Simpson RJ, Moritz RL, Cary D, Richardson R, Hausmann G, Kile BJ, Kent SB, Alexander WS, Metcalf D, Hilton DJ, Nicola NA, Baca M (1999). „Konzervovaný motiv SOCS boxu v supresorech cytokinové signalizace se váže na elonginy B a C a může spojovat vázané proteiny s proteazomální degradací“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (5): 2071–6. Bibcode:1999PNAS ... 96.2071Z. doi:10.1073 / pnas.96.5.2071. PMC 26738. PMID 10051596.
Stebbins CE, Kaelin WG, Pavletich NP (1999). „Struktura komplexu VHL-ElonginC-ElonginB: důsledky pro supresorovou funkci VHL“. Věda. 284 (5413): 455–61. Bibcode:1999Sci ... 284..455S. doi:10.1126 / science.284.5413.455. PMID 10205047.
Pauza A, Peterson B, Schaffar G, Stearman R, Klausner RD (1999). „Studium interakcí čtyř proteinů v kvasinkovém dvouhybridním systému: strukturní podobnost komplexu pVHL / elongin BC / hCUL-2 s ubikvitin ligázovým komplexem SKP1 / protein cullin / F-box“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (17): 9533–8. Bibcode:1999PNAS ... 96.9533P. doi:10.1073 / pnas.96.17.9533. PMC 22243. PMID 10449727.
Iwai K, Yamanaka K, Kamura T, Minato N, Conaway RC, Conaway JW, Klausner RD, Pause A (1999). "Identifikace von Hippel-lindau tumor-supresorového proteinu jako součásti aktivního komplexu E3 ubikvitin ligázy". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (22): 12436–41. Bibcode:1999PNAS ... 9612436I. doi:10.1073 / pnas.96.22.12436. PMC 22941. PMID 10535940.
Ohh M, Takagi Y, Aso T, Stebbins CE, Pavletich NP, Zbar B, Conaway RC, Conaway JW, Kaelin WG (2000). „Syntetické peptidy definují kritické kontakty mezi elonginem C, elonginem B a proteinem von Hippel-Lindau“. J. Clin. Investovat. 104 (11): 1583–91. doi:10,1172 / JCI8161. PMC 481054. PMID 10587522.
Aso T, Yamazaki K, Amimoto K, Kuroiwa A, Higashi H, Matsuda Y, Kitajima S, Hatakeyama M (2000). „Identifikace a charakterizace Elonginu A2, nového člena rodiny Elonginových faktorů prodloužení transkripce, konkrétně vyjádřeného ve varlatech“. J. Biol. Chem. 275 (9): 6546–52. doi:10.1074 / jbc.275.9.6546. PMID 10692460.
Kamura T, Sato S, Iwai K, Czyzyk-Krzeska M, Conaway RC, Conaway JW (2000). "Aktivace ubikvitinace HIF1alpha rekonstituovaným von Hippel-Lindau (VHL) komplexem potlačujícím nádor". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (19): 10430–5. Bibcode:2000PNAS ... 9710430K. doi:10.1073 / pnas.190332597. PMC 27041. PMID 10973499.
Aso T, Yamazaki K, Aigaki T, Kitajima S (2000). „Drosophila von Hippel-Lindau tumor supresorový komplex má aktivitu E3 ubikvitin ligázy“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 276 (1): 355–61. doi:10.1006 / bbrc.2000.3451. PMID 11006129.
Kamura T, Burian D, Yan Q, Schmidt SL, Lane WS, Querido E, Branton PE, Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW (2001). „Muf1, nový opakující se protein bohatý na leucin BC, který může interagovat s Cul5 a Rbx1 za účelem rekonstituce ubikvitinové ligázy“. J. Biol. Chem. 276 (32): 29748–53. doi:10,1074 / jbc.M103093200. PMID 11384984.
Li Z, Na X, Wang D, Schoen SR, Messing EM, Wu G (2002). „Ubikvitinace nového deubikvitinačního enzymu vyžaduje přímé navázání na von Hippel-Lindau tumor supresorový protein“. J. Biol. Chem. 277 (7): 4656–62. doi:10,1074 / jbc.M108269200. PMID 11739384.
Yamazaki K, Guo L, Sugahara K, Zhang C, Enzan H, Nakabeppu Y, Kitajima S, Aso T (2002). „Identifikace a biochemická charakterizace nového faktoru prodloužení transkripce, Elongin A3“. J. Biol. Chem. 277 (29): 26444–51. doi:10,1074 / jbc.M202859200. PMID 11994304.
Min JH, Yang H, Ivan M, Gertler F, Kaelin WG, Pavletich NP (2002). "Struktura komplexu HIF-1alfa-pVHL: rozpoznávání hydroxyprolinu v signalizaci". Věda. 296 (5574): 1886–9. Bibcode:2002Sci ... 296.1886M. doi:10.1126 / science.1073440. PMID 12004076. S2CID 19641938.
Hon WC, Wilson MI, Harlos K, Claridge TD, Schofield CJ, Pugh CW, Maxwell PH, Ratcliffe PJ, Stuart DI, Jones EY (2002). "Strukturální základ pro rozpoznávání hydroxyprolinu v HIF-1 alfa pVHL". Příroda. 417 (6892): 975–8. Bibcode:2002 Natur.417..975H. doi:10.1038 / nature00767. PMID 12050673. S2CID 4388644.

externí odkazy

PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro Human Elongin-B

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000103363 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7638163-3] Garrett KP, Aso T, Bradsher JN, Foundling SI, Lane WS, Conaway RC, Conaway JW (září 1995). "Pozitivní regulace obecného transkripčního faktoru SIII sledovaným homologem ubikvitinu". Proc Natl Acad Sci U S A. 92 (16): 7172–6. Bibcode:1995PNAS ... 92,7172G. doi:10.1073 / pnas.92.16.7172. PMC 41301. PMID 7638163.

[entrez-4] „Entrez Gene: TCEB2 transkripční elongační faktor B (SIII), polypeptid 2 (18 kDa, elongin B)“.

[pmid18173839-5] A ^b Menon S, Tsuge T, Dohmae N, Takio K, Wei N (2008). „Sdružení SAP130 / SF3b-3 s komplexy ubikvitin ligázy Cullin-RING a jeho regulace signalosomem COP9“. BMC Biochem. 9: 1. doi:10.1186/1471-2091-9-1. PMC 2265268. PMID 18173839.

[pmid11384984-6] Kamura T, Burian D, Yan Q, Schmidt SL, Lane WS, Querido E, Branton PE, Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW (srpen 2001). „Muf1, nový opakující se protein bohatý na leucin BC, který může interagovat s Cul5 a Rbx1 za účelem rekonstituce ubikvitinové ligázy“. J. Biol. Chem. 276 (32): 29748–53. doi:10,1074 / jbc.M103093200. PMID 11384984.

[pmid16189514-7] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid10587522-8] A ^b Ohh M, Takagi Y, Aso T, Stebbins CE, Pavletich NP, Zbar B, Conaway RC, Conaway JW, Kaelin WG (prosinec 1999). „Syntetické peptidy definují kritické kontakty mezi elonginem C, elonginem B a proteinem von Hippel-Lindau“. J. Clin. Investovat. 104 (11): 1583–91. doi:10,1172 / JCI8161. PMC 481054. PMID 10587522.

[pmid7660129-9] Krumm A, Groudine M (září 1995). „Potlačení nádoru a prodloužení transkripce: hrozné důsledky změny partnera“. Věda. 269 (5229): 1400–1. Bibcode:1995Sci ... 269,1400 tis. doi:10.1126 / science.7660121. PMID 7660121. S2CID 39758696.

[pmid11739384-10] Li Z, Na X, Wang D, Schoen SR, Messing EM, Wu G (únor 2002). „Ubikvitinace nového deubikvitinačního enzymu vyžaduje přímé navázání na von Hippel-Lindau tumor supresorový protein“. J. Biol. Chem. 277 (7): 4656–62. doi:10,1074 / jbc.M108269200. PMID 11739384.

[pmid17353931-11] Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3: 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

[pmid12004076-12] Min JH, Yang H, Ivan M, Gertler F, Kaelin WG, Pavletich NP (červen 2002). "Struktura komplexu HIF-1alfa-pVHL: rozpoznávání hydroxyprolinu v signalizaci". Věda. 296 (5574): 1886–9. Bibcode:2002Sci ... 296.1886M. doi:10.1126 / science.1073440. PMID 12004076. S2CID 19641938.

[pmid19030229-13] Hacker KE, Lee CM, Rathmell WK (2008). Zhang B (ed.). „Mutace VHL typu 2B si zachovávají komplexní formu a funkci VBC“. PLOS ONE. 3 (11): e3801. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3801H. doi:10,1371 / journal.pone.0003801. PMC 2583047. PMID 19030229.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]