EB oko - EB-eye

EB oko
Hledání EBI
Formace2006
TypNezisková akademická organizace
SlužbyVýzkum a služby v bioinformatice
webová stránkaebi.ac.Spojené království

The EB oko, také známý jako Hledání EBI, je vyhledávač který poskytuje jednotný přístup ke zdrojům biologických dat hostovaných na serveru Evropský bioinformatický institut (EBI).[1][2]

EB-oko - vyhledávač EBI pro biologická data

The Evropský bioinformatický institut je nezisková akademická organizace, která je součástí Evropské laboratoře molekulární biologie (EMBL). The EBI je centrem pro výzkum a služby v bioinformatice. Ústav spravuje databáze biologických dat včetně nukleotidových sekvencí, proteinových sekvencí a makromolekulárních struktur.

Poslání EBI

  • Poskytovat volně dostupné údaje a služby bioinformatiky vědecké komunitě způsoby, které podporují vědecký pokrok.
  • Přispět k pokroku v biologii prostřednictvím základního výzkumu bioinformatiky zaměřeného na výzkumné pracovníky.
  • Poskytovat pokročilý výcvik v bioinformatice vědcům na všech úrovních, od doktorandů až po nezávislé vyšetřovatele.
  • Pomáhat šířit špičkové technologie do průmyslu.

Co je to EB oko?

EB-eye je rychlý a efektivní vyhledávač, který v současné době poskytuje snadný a jednotný přístup ke zdrojům biologických dat hostovaným na serveru EBI.

Projekt byl zahájen v srpnu 2006 a je vyvíjen nad rámec Apache Lucene technologie. Jedná se o rámec Java, který poskytuje extrémně výkonné možnosti indexování a vyhledávání.

EB-eye představuje výsledky vyhledávání velmi jednoduchým způsobem a funguje jako brána pro přístup k biologickým záznamům a souvisejícím informacím na vyhrazených portálech. Jedním z klíčových rysů EB-eye je schopnost koherentně zobrazovat vztahy, které existují mezi různými databázemi, což uživateli umožňuje orientovat se v této síti křížových odkazů.

Uživatel může vyhledávat globálně ve všech EBI datové zdroje prostřednictvím pole „Globální vyhledávání“ nebo dokonce vytvářet konkrétnější dotazy na cílené zdroje pomocí nástroje EB-eye Query Builder.

EB-eye veřejně vystavuje web i a webové služby Klidný rozhraní.

Přístup k EB-oku

Globální vyhledávání

Globální vyhledávání je k dispozici na webu EBI webová stránka. Do textového vyhledávacího pole můžete jednoduše zadat některé výrazy dotazu a stisknout tlačítko Hledat (nebo stiskněte Enter). Systém poté zobrazí souhrnnou stránku se seznamem různých datových sad a počtem nalezených shod v každé z nich.

Příklady globálního vyhledávání

Tvůrce dotazů

Tvůrce dotazů umožňuje uživatelům vytvářet a ukládat složité dotazy na dostupná data, aby získali konkrétní výsledky hledání. Viz příklady složitých dotazů sekce.

Co může uživatel hledat?

Mnoho zdrojů v EBI je indexováno ve vyhledávači, ale některé ne. EB-eye může vyhledávat pouze informace, které jsou indexovány. To znamená, že jiné vyhledávače pracující na biologických datech mohou přinést odlišné výsledky. Pravidlem je, že indexové identifikátory vyhledávače EB-eye, názvy, popisy, klíčová slova a křížové odkazy.

Složité příklady dotazů

Je také možné vyhledávat pomocí křížových odkazů.

Nápověda a dokumentace pro EB-eye

Další informace o tom, jak používat tento vyhledávač, jsou k dispozici v nápovědě a dokumentaci EB-eye.

Programový přístup k EB-oku

EB-eye je také programově přístupné prostřednictvím webové služby technologie využívající rozhraní EB-eye RESTful. EB-eye RESTful WADL (Jazyk popisu webové aplikace ) je veřejně dostupný. Viz také hlavní stránky webových služeb na webu EBI.

Další vyhledávač založený na lucenu v biologii / bioinformatice

Lucene je tu už nějakou dobu. Mnoho bioinformatických center experimentuje s jeho použitím s biologickými daty a databázemi. Průkopnický vývoj v této oblasti vede Dr. Don Gilbert z Indiana University s názvem LuceGene, který je součástí iniciativy GMOD (Generic Software Components for Model Organisms Databases). Dalším příkladem je vyhledávač na webu UniProt, který je také založen na Lucene a přidává funkce, jako je třídění velkých datových sad, poddotazy mezi datovými sadami a seskupování dotazů. Lucene se také používá v systému QuALM pro odpovídání na otázky pro Wikipedii.

Reference

  1. ^ Squizzato S .; Park Y.M .; Buso N .; Gur T .; Cowley A .; Li W .; Uludag M .; Pundir S .; Cham J.A .; McWilliam H .; Lopez R. (2015). „Vyhledávací modul EBI: poskytování funkcí vyhledávání a načítání biologických dat z EMBL-EBI“. Nucleic Acids Res. 43: W585-8. doi:10.1093 / nar / gkv316. PMC  4489232. PMID  25855807.
  2. ^ Valentin F .; Squizzato S .; Goujon M .; McWilliam H .; Paern J .; Lopez R. (2010). „Rychlé a efektivní vyhledávání zdrojů biologických dat - pomocí EB-eye“. Stručná bioinformace. 11 (4): 375–384. doi:10.1093 / bib / bbp065. PMC  2905521. PMID  20150321.

externí odkazy