DrugBank - DrugBank

DrugBank
Logo Drugbank.svg
Obsah
PopisDatabáze léků
Typy dat
zajat		Chemické struktury, léky s malými molekulami, biotechnologické léky, lékové cíle, transportéry léků, lékové cílové sekvence, SNP lékových cílů, metabolity léků, popisy léků, asociace nemocí, údaje o dávkách, interakce potravin a léků, nežádoucí účinky léků, farmakologie, mechanismy účinku , metabolismus léčiv, chemická syntéza, údaje o patentech a cenách, chemické vlastnosti, nomenklatura, synonyma, chemická taxonomie, NMR spektra léků, spektra GC-MS léků, spektra LC-MS léků
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of Alberta and The Metabolomics Innovation Center
LaboratořDr. David Wishart
Primární citaceDrugBank: komplexní zdroj pro objevování a zkoumání drog in silico.[1]
Přístup
webová stránkawwwléková banka.ca
Stáhnout URLwwwléková banka.ca/ stahování
Smíšený
Uvolnění dat
frekvence		Každé 2 roky s měsíčními opravami a aktualizacemi
Kurátorská politikaRučně upraveno

The DrugBank databáze je komplexní, volně přístupná online databáze obsahující informace o léky a drogové cíle.[1] Jako bioinformatika a a cheminformatika zdroj, DrugBank kombinuje podrobné údaje o lécích (tj. chemické, farmakologické a farmaceutické) s komplexními informacemi o cílech léků (tj. sekvenci, strukturu a cestu).[1][2] DrugBank použila obsah z Wikipedia;[3] Wikipedia také často odkazuje na Drugbank, což představuje potenciál kruhové hlášení problémy.[3]

Poslední vydání databáze (verze 5.0) obsahuje 9591 záznamů o drogách, včetně 2037 FDA -schválený malá molekula léky, 241 biotechnologií schválených FDA (protein /peptid ) drogy, 96 nutraceutika a přes 6000 experimentální léky.[4] Kromě toho 4270 neredundantních proteinů (tj. Cíl léčiva /enzym sekvence / transportér / nosič) jsou spojeny s těmito vstupy léčiva. Každá položka DrugCard (obr. 1) obsahuje více než 200 datových polí, přičemž polovina informací je věnována údajům o léčivech / chemických látkách a druhá polovina je věnována údajům o cílech léčiv nebo proteinech.[4]

Čtyři další databáze, HMDB,[5] T3DB,[6] SMPDB [7] a FooDB jsou také součástí obecné sady metabolomický /cheminformatické databáze. HMDB obsahuje ekvivalentní informace o více než 40 000 lidských metabolitech, T3DB obsahuje informace o 3100 běžných toxiny a životní prostředí znečišťující látky, SMPDB obsahuje diagramy cest pro téměř 700 lidí metabolické cesty a choroby, zatímco FooDB obsahuje ekvivalentní informace o ~ 28 000 složkách potravin a přísady do jídla.

Historie verzí

První verze DrugBank byla vydána v roce 2006.[1] Toto předčasné vydání obsahovalo relativně skromné ​​informace o 841 lécích s malými molekulami schválených FDA a 113 biotechnologických lécích. Zahrnovalo také informace o 2133 drogových cílech. Druhá verze DrugBank byla vydána v roce 2009.[2] Tato značně rozšířená a vylepšená verze databáze zahrnovala 1344 schválených léčiv s malou molekulou a 123 biotechnologických léčiv, jakož i 3037 jedinečných lékových cílů. Verze 2.0 také poprvé zahrnovala stažené léky a nelegální drogy, rozsáhlé interakce mezi potravinami a léčivy a také ADMET (absorpce, distribuce, metabolismus, vylučování a toxicita). Verze 3.0 byla vydána v roce 2011.[8] Tato verze obsahovala 1424 schválených léčiv s malou molekulou a 132 biotechnologických léčiv a také> 4000 jedinečných lékových cílů. Verze 3.0 také zahrnovala údaje o transportéru léků, údaje o dráze léku, cenách léků, údaje o patentech a výrobě, jakož i údaje o> 5 000 experimentálních lécích. Verze 4.0 byla vydána v roce 2014.[4] Tato verze zahrnovala 1558 léků s malou molekulou schválených FDA, 155 biotechnologických léků a 4200 jedinečných lékových cílů. Verze 4.0 také zahrnovala rozsáhlé informace o metabolitech léčiv (struktury a reakce), taxonomii léků, spektra léků, drogu vazebné konstanty a informace o syntéze léčiv. Tabulka 1 poskytuje úplnější statistické shrnutí historie vývoje DrugBank.

Tabulka 1. Srovnání pokrytí v DrugBank 1.0, 2.0, 3.0 a DrugBank 4.0.
Kategorie1.02.03.04.0
Počet datových polí na DrugCard88108148208
Počet typů vyhledávání8121618
Počet ilustrovaných cest působení drog 00168232
Počet léků s údaji o metabolizujících enzymech 007621,037
Počet metabolitů léčiv se strukturami0001,239
Počet reakcí na metabolismus léčiv0001,308
Počet ilustrovaných metabolických cest léčiv00053
Počet drog s údaji o transportéru drog00516623
Počet léků s informacemi o taxonomické klasifikaci0006,713
Počet účinků léků souvisejících s SNP00113201
Počet léků s údaji o patentech / cenách / výrobcích001,2081,450
Počet interakcí mezi potravinami a léky07141,0391,180
Počet lékových interakcí013,24213,79514,150
Počet parametrů ADMET (Caco-2, LogS)02768906,667
Počet parametrů QSAR na lék561423
Počet léčiv s konstantními údaji o vazbě na cíl léčiva000791
Počet léků s NMR spektry000306
Počet léků s MS spektry000384
Počet léčiv s informacemi o chemické syntéze038381,285
Počet léků s malými molekulami schválených FDA8411,3441,4241,558
Počet biotechnologických léků113123132155
Počet nutraceutických léků61698287
Počet stažených drog0576878
Počet nelegálních drog0188189190
Počet experimentálních léků2,8943,1165,2106,009
Celkový počet experimentálních a FDA léčiv s malou molekulou3,7964,7746,6847,561
Celkový počet experimentálních a FDA léků (všechny typy)3,9094,8976,8167,713
Počet všech lékových cílů (jedinečný)2,1333,0374,3264,115
Počet schválených léčivých enzymů / nosičů (jedinečný)00164245
Počet všech enzymů / nosičů léčiv (jedinečný)00169253
Počet odkazů na externí databázi12183133

Rozsah a přístup

Veškerá data v DrugBank jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je téměř každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj. Data DrugBank jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní a ke stažení.

Uživatelé mohou dotazovat DrugBank několika způsoby:

  • Jsou podporovány jednoduché textové dotazy na celou textovou složku databáze. Kliknutím na tlačítko Procházet vygenerujete tabulkový přehled obsahu DrugBank. Toto zobrazení umožňuje uživatelům nedbale procházet databázi nebo znovu třídit její obsah (obr. 2).
  • Kliknutím na dané tlačítko DrugCard získáte celý obsah dat pro odpovídající lék. Je zde uvedeno úplné vysvětlení všech polí a zdrojů DrugCard.
  • Tlačítko PharmaBrowse umožňuje uživatelům procházet léky seskupené podle jejich označení. To je obzvláště užitečné pro farmaceuty a lékaře, ale také pro farmaceutické výzkumníky, kteří hledají potenciální potenciální potenciály drog.
  • Tlačítko ChemQuery umožňuje uživatelům kreslit (pomocí ChemAxon applety) nebo psát (jako ÚSMĚVY string) chemická sloučenina a vyhledejte v DrugBank chemikálie podobné nebo identické s hledanou sloučeninou (obr. 3).
  • Tlačítko TextQuery podporuje propracovanější vyhledávání textu (částečné shody slov, citlivý na velká písmena, překlepy atd.) textové části DrugBank.
  • Tlačítko SeqSearch umožňuje uživatelům provádět VÝBUCH (proteinové) sekvenční vyhledávání 18 000 sekvencí obsažených v DrugBank. Jednoduchá i vícenásobná sekvence (tj. Celá proteom ) BLAST dotazy jsou podporovány.
  • Tlačítko Data Extractor otevírá snadno použitelné relační dotaz vyhledávací nástroj, který uživatelům umožňuje vybírat nebo prohledávat různé kombinace podpolí. Data Extractor je nejdokonalejší vyhledávací nástroj pro DrugBank.

Uživatelé si mohou stáhnout vybrané textové komponenty a data sekvence z DrugBank a sledovat nejnovější zprávy o DrugBank prostřednictvím pravidelných zpravodajských kanálů prostřednictvím svých webových stránek a také prostřednictvím Twitteru a Facebooku.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Leden 2006). „DrugBank: komplexní zdroj pro objevování a průzkum drog in silico“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D668-D672. doi:10.1093 / nar / gkj067. PMC  1347430. PMID  16381955.
  2. ^ A b Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Leden 2008). „DrugBank: znalostní databáze pro drogy, drogové akce a drogové cíle“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D901–906. doi:10.1093 / nar / gkm958. PMC  2238889. PMID  18048412.
  3. ^ A b Harrison, Stephen (7. března 2019). "Závratný problém bezcitování na Wikipedii" Fakta "která si vezmou život". Břidlicový časopis. Citováno 9. listopadu 2019.
  4. ^ A b C Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (leden 2014). „DrugBank 5.0: vrhání nového světla na metabolismus léků“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D1091-7. doi:10.1093 / nar / gkt1068. PMC  3965102. PMID  24203711.
  5. ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Limetka; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (leden 2009). „HMDB: znalostní databáze lidského metabolomu“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D603-10. doi:10.1093 / nar / gkn810. PMC  2686599. PMID  18953024.
  6. ^ Limetka; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Leden 2010). „T3DB: komplexně anotovaná databáze běžných toxinů a jejich cílů“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D781-6. doi:10.1093 / nar / gkp934. PMC  2808899. PMID  19897546.
  7. ^ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Leden 2014). „Databáze malých molekul“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D478-84. doi:10.1093 / nar / gkt1067. PMC  3965088. PMID  24203708.
  8. ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Leden 2011). „DrugBank 3.0: komplexní zdroj pro„ omics “výzkum drog“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D1035–41. doi:10.1093 / nar / gkq1126. PMC  3013709. PMID  21059682.