Deepak T. Nair - Deepak T. Nair
Deepak T. Nair | |
---|---|
![]() Prof. Deepak T. Nair | |
narozený | Pune, Indie | 25. října 1973
Národnost | indický |
Alma mater | |
Známý jako | Studie o DNA polymerázy a RNA polymerázy |
Ocenění |
|
Vědecká kariéra | |
Pole | |
Instituce |
Deepak Thankappan Nair (narozený 25 října 1973) je indický strukturní biolog a vědec v oboru Regionální centrum pro biotechnologie. On je známý pro jeho studia na DNA a RNA polymerázy. Deepak byl členem Ramanujanu Vědeckotechnická výzkumná rada (2008–2013) a příjemce National BioScience Award for Career Development (Dept. of Biotechnology). The Rada pro vědecký a průmyslový výzkum, vrcholná agentura indické vlády pro vědecký výzkum, mu udělila Cena Shanti Swarup Bhatnagar za vědu a technologii, jedno z nejvyšších indických vědeckých ocenění, za jeho příspěvky k biologickým vědám v roce 2017.[1][poznámka 1][2]
Životopis

Jeho rodiče jsou z jižního státu Kerala a narodil se v Pune v západním státě Maháráštra 25. října 1973,[3] Deepak Nair chodil do školy na střední školu Jai Hind High School (Pimpri) a později na střední školu St. Vincents Junior College (Pune). Vystudoval chemii na Fergusson College (1994) a dokončil magisterské studium v oboru biotechnologie na Univerzita Savitribai Phule Pune (1996).[4] Následně se zapsal na doktorské studium na Národní imunologický institut, Indie získat doktorát ze strukturní imunologie v roce 2001. Pro doktorský studijní pobyt pracoval pod vedením Dinakar Mashnu Salunke. Později se přestěhoval do USA, aby dokončil postdoktorandskou práci v laboratoři Aneela K. Aggarwala na Mount Sinai Medical Center. V roce 2007 se vrátil do Indie, aby nastoupil do pozice nezávislého vyšetřovatele v Národní centrum pro biologické vědy .[5] Působil v NCBS jako Reader-F (2007–2013) a docent (2013–2014). V červenci 2014 nastoupil do Regionální centrum pro biotechnologie jako docent a byl povýšen na pozici profesora v červenci 2019.[4]
Výzkum
Deepak Nair získal nový pohled na molekulární mechanismy, které určují věrnost replikačního procesu u bakterií a flavivirů. Jeho laboratoř vrhla nové světlo na strategii využívanou DNA polymerázami k prevenci inkorporace ribonukleotidů (NAR, 2019, v tisku). V roce 2018 jeho laboratoř prokázala, že hydrolýza pyrofosforečnanů je podstatným a kritickým krokem v reakci syntézy DNA katalyzované DNA polymerázami a tomuto objevu byl přiznán průlomový status časopisem Nucleic Acids Chemistry (NAR, 2018, 46: 5875). Pokud jde o transposázu piggyBac, jeho laboratoř prokázala, že dimerizace prostřednictvím domény Ring Finger přítomné na C-konci oslabuje excitační aktivitu tohoto enzymu (Biochemistry, 2018, 57: 2913). Objevil mechanismus používaný DNA polymerázou IV k záchraně replikace zastavené na poškozených nukleotidech s nebývalou účinností a přesností (Structure, 2014, 23: 56–67). Nair poskytl vhled do toho, jak specializované DNA polymerázy, které se účastní adaptivní mutageneze, zajišťují dosažení funkce (Nucleic Acids Research, 2013, 41: 5104–5014; Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2012 68: 960-7, J Nucleic Acids. 2012: 285481 ). Jeho laboratoř prokázala, jak vazba GTP na virovou RNA-dependentní-RNA polymerázu zajišťuje přesnou iniciaci replikace virového genomu (Nucleic Acids Research, 2014, 42: 2758–2573). Kromě toho prokázal, že reaktivní formy kyslíku hrají důležitou roli v antimikrobiální aktivitě baktericidních antibiotik (Angew Chem Int Ed Engl. 2016 55: 2397-400). Ve spolupráci s DN Rao (Department of Biochemistry, IISc) jeho laboratoř také přispěla k pochopení toho, jak fungují proteiny podílející se na post-replikativní opravě nesouladů DNA (Nucleic Acids Research, 2018, 46: 256–266; PLoS One. 2010 , 5: e13726)
Jako postdoktorand (prosinec 2001– červenec 2007) se zaměřil na pochopení strukturálních základů obcházení lézí DNA eukaryotickými DNA polymerázami z rodiny Y pomocí rentgenové krystalografie. Díky působení různých činidel se na DNA tvoří léze, které interferují s normální replikací a mohou se také ukázat jako karcinogenní. Eukaryoty vlastní až čtyři specializované DNA polymerázy, které jsou schopné syntetizovat DNA napříč těmito lézemi, a tak zabraňují zablokování replikační vidlice. Nair určil krystalovou strukturu katalytických jader dvou takových polymeráz, lidské DNA polymerázy iota (hPolι) a kvasinek REV1 (yREV1) - v komplexu s DNA a příchozím nukleotidem. Struktury hPolι a yRev1 v komplexu s nepoškozenou a poškozenou DNA ukázaly, že tyto dvě polymerázy preferují změněné způsoby párování bází v aktivním místě, aby se usnadnil bypass léze (Nature, 2004, 430: 377; Science, 2005, 309: 2219. ; Struktura, 2005, 13: 1569; Struktura, 2006, 14: 749; Nat. Struct. Mol. Biol., 2006, 13: 619; Struktura, 2008, 16: 239; Struktura, 2009, 17: 530). Jak hPolι, tak yREV1 mají jedinečná aktivní místa, která usnadňují tvorbu párů bází jiných než Watson-Crick, aby se dosáhlo přemostění léze a záchrany zastavené replikace. Rovněž se podílel na stanovení struktury třetí polymerázy lidské DNA polymerázy kappa třetí rodiny Y ve funkčním stavu (Mol. Cell, 2007, 25: 601). Kromě toho se také podílel na projektech zaměřených na pochopení podstaty interakcí mezi translačním regulátorem Pumilio a nekognitovanými cíli RNA (Structure, 2008, 16: 549) a rozlišování preferencí hPolι pro začlenění dGTP, když je základem šablonování nukleotidem je thymin (Structure, 2009, 17: 974).
Jeho disertační práce (červenec 1996 - prosinec 2001) popisuje krystalografickou analýzu panelu tří myších monoklonálních protilátek vytvořených proti stejnému promiskuitnímu peptidovému antigenu PS1 (HQLDPAFGANSTNPD). (J Immunol, 2000, 165: 6949; J. Immunol, 2002, 168: 2371). Porovnání struktury protilátek v jejich vázaném a nevázaném stavu naznačuje, že by mohlo dojít ke konvergenci konformací epitopu i paratopu v protilátkové odpovědi proti flexibilnímu imunodominantnímu epitopu (J. Immunol, 2002, 168: 2371). Rovněž provedl výpočetní analýzu konformačních sklonů nativních a retroinverzních verzí epitopů B-buněk a T-buněk (J. Immunol, 2003, 170: 1362). Tato studie ukázala, že konformační a funkční mimikry lze dosáhnout retroverzí pouze v případě, že je nativní peptid ve svém funkčním stavu přítomen v lineárně rozšířené konformaci. Podílel se také na stanovení struktury antibakteriálního proteinu z bource morušového Antheraea mylitta (J. Biol. Chem., 2001, 276: 41377). Kromě toho modeloval komplex restrikce ribonukleázy a její rRNA substrát (Biochemistry, 2001, 40: 9115).
Ceny a vyznamenání
Deepak T. Nair byl vybrán do Společenstva Ramanujan Ústav biotechnologie pro období 2008–2013 ,.[5] Stal se členem Konference o výzkumu v Guha v roce 2013. Získal National Bioscience Award for Career Development (Cena N-BIOS) v roce 2014.[6] Rada pro vědecký a průmyslový výzkum mu udělila Cena Shanti Swarup Bhatnagar, jedno z nejvyšších indických vědeckých ocenění v roce 2017.[2]
Publikace
- Johnson, Mary K; Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T (18. listopadu 2019). „Polární filtr v DNA polymerázách brání inkorporaci ribonukleotidů“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (20): 10693–10705. doi:10.1093 / nar / gkz792. PMID 31544946.
- Ghodke, Pratibha P .; Bommisetti, Praneeth; Nair, Deepak T .; Pradeepkumar, P. I. (10. ledna 2019). „Syntéza N2-Deoxyguanosin modifikované DNA a studie jejich syntézy translese pomocí DNA polymerázy IV E. coli “. The Journal of Organic Chemistry. 84 (4): 1734–1747. doi:10.1021 / acs.joc.8b02082. PMID 30628447.
- Shikhi, Meha; Nair, Deepak T .; Salunke, Dinakar M. (15. října 2018). "Strukturovaná identifikace funkce: role Capsicum annuum vicilin během oxidačního stresu". Biochemical Journal. 475 (19): 3057–3071. doi:10.1042 / BCJ20180520. PMID 30181145.
- Kumar, Ashish; Gupta, Chitra; Nair, Deepak T .; Salunke, Dinakar M. (13. července 2018). „MP-4 přispívá k neutralizaci hadího jedu pomocí Mucuna pruriens semena prostřednictvím nepřímého mechanismu zprostředkovaného protilátkami ". Journal of Biological Chemistry. 293 (28): 11253. doi:10.1074 / jbc.EC118.001735. PMID 30006388.
- Sharma, Rahul; Nirwal, Shivlee; Narayanan, Naveen; Nair, Deepak T. (11. května 2018). „Dimerizace prostřednictvím domény RING-Finger tlumí aktivitu excize transpozázy piggyBac“. Biochemie. 57 (20): 2913–2922. doi:10.1021 / acs.biochem.7b01191. PMID 29750515.
- Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T (6. července 2018). „Hydrolýza pyrofosfátu je podstatným a kritickým krokem reakce syntézy DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (12): 5875–5885. doi:10.1093 / nar / gky402. PMID 29850882.
- Kumar, Ashish; Kaur, Harmeet; Jain, Abha; Nair, Deepak T .; Salunke, Dinakar M. (12. ledna 2018). „Dokovací, termodynamické a molekulární dynamiky (MD) studie nekanonického inhibitoru proteázy, MP-4, od Mucuna pruriens“. Vědecké zprávy. 8 (1): 689. Bibcode:2018NatSR ... 8..689K. doi:10.1038 / s41598-017-18733-9. PMID 29330385.
- Nirwal, Shivlee; Kulkarni, Dhananjaya S; Sharma, Amit; Rao, Desirazu N; Nair, Deepak T (9. ledna 2018). "Mechanismus tvorby toroidu kolem DNA proteinem neshody senzoru". Výzkum nukleových kyselin. 46 (1): 256–266. doi:10.1093 / nar / gkx1149. PMID 29182773.
- Salunke, Dinakar M .; Nair, Deepak T. (srpen 2017). „Makromolekulární struktury: hodnocení kvality a biologická interpretace“. IUBMB Life. 69 (8): 563–571. doi:10.1002 / iub.1640. PMID 28497559.
- Kumar, Ashish; Gupta, Chitra; Nair, Deepak T .; Salunke, Dinakar M. (20. května 2016). "MP-4 přispívá k neutralizaci hadího jedu do Mucuna pruriens Semena prostřednictvím mechanismu zprostředkovaného nepřímými protilátkami “. Journal of Biological Chemistry. 291 (21): 11373–11384. doi:10,1074 / jbc.M115,699173. PMID 26987900.
- Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T. (12. února 2016). „Reaktivní druhy kyslíku hrají důležitou roli v baktericidní aktivitě chinolonových antibiotik“. Angewandte Chemie International Edition. 55 (7): 2397–2400. doi:10,1002 / anie.201509340. PMID 26757158.
- Ghodke, Pratibha P .; Gore, Kiran R .; Harikrishna, S .; Samanta, Biswajit; Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T .; Pradeepkumar, P. I. (4. ledna 2016). "Pak2-Furfuryl-deoxyguanosinový adukt nezmění strukturu B-DNA “. The Journal of Organic Chemistry. 81 (2): 502–511. doi:10.1021 / acs.joc.5b02341. PMID 26650891.
- Nair, Deepak T .; Kottur, Jithesh; Sharma, Rahul (červenec 2015). „Záchranný akt: syntéza translesionové DNA kolem N2-Deoxyguanosinové adukty ". IUBMB Life. 67 (7): 564–574. doi:10.1002 / iub.1403. PMID 26173005.
- Weinert T, Olieric V, Waltersperger S, Panepucci E, Chen L, Zhang H, Zhou D, Rose J, Ebihara A, Kuramitsu S, Li D, Howe N, Schnapp G, Pautsch A, Bargsten K, Prota AE, Surana P , Kottur J, Nair DT, Basilico F, Cecatiello V, Pasqualato S, Boland A, Weichenrieder O, Wang BC, Steinmetz MO, Caffrey M, Wang M. Rychlé fázování nativního SAD pro rutinní stanovení makromolekulární struktury. Nat metody. 2015 únor; 12 (2): 131-3. doi: 10,1038 / nmeth.3211. EPUB 2014 15. prosince. Erratum in: Nat Methods. 2015 červenec; 12 (7): 692. PMID 25506719.
- Kottur J, Sharma A, Gore KR, Narayanan N, Samanta B, Pradeepkumar PI, Nair DT. Unikátní strukturní vlastnosti DNA polymerázy IV umožňují efektivní obtok N2 aduktu indukovaný nitrofurazonovým antibiotikem. Struktura. 2015 6. ledna; 23 (1): 56–67. doi: 10.1016 / j.str.2014.10.019. EPUB 2014 11. prosince. PMID 25497730.
- Surana P, Satchidanandam V, Nair DT. RNA-dependentní RNA polymeráza viru japonské encefalitidy váže iniciátorový nukleotid GTP za vzniku mechanisticky důležitého stavu před zahájením. Nucleic Acids Res. 2014 Únor; 42 (4): 2758-73. doi: 10,1093 / nar / gkt1106. EPUB 2013 28. listopadu. PMID 24293643; PMC 3936712.
- Sharma A, Kottur J, Narayanan N, Nair DT. Strategicky umístěný serinový zbytek je rozhodující pro mutační aktivitu DNA polymerázy IV z Escherichia coli. Nucleic Acids Res. Květen 2013; 41 (9): 5104-14. doi: 10,1093 / nar / gkt146. EPUB 2013 21. března. PMID 23525461; PMC 3643571.
- Jain D, Nair DT. Vzdálenost mezi motivy rozpoznávání jádra určuje relativní orientaci AraR monomerů na bipartitní operátory. Nucleic Acids Res. 2013 1. ledna; 41 (1): 639-47. doi: 10,1093 / nar / gks962. EPUB 2012 29. října. PMID 23109551; PMC 3592433.
- Sharma A, Subramanian V, Nair DT. Oblast PAD v mykobakteriálním homologu DinB MsPolIV vykazuje polohovou heterogenitu. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. Srpen 2012; 68 (Pt 8): 960-7. doi: 10,1107 / S0907444912017623. EPUB 2012 17. července. PMID 22868761.
- Sharma A, Nair DT. Homolog MsDpo4-a DinB z Mycobacterium smegmatis - je DNA polymeráza náchylná k chybám, která může podporovat neshody G: T a T: G. J Nukleové kyseliny. 2012; 2012: 285481. doi: 10.1155 / 2012/285481. EPUB 2012 15. března. PMID 22523658; PMC 3317225.
- Sharma A, Nair DT. Klonování, exprese, čištění, krystalizace a předběžná krystalografická analýza MsDpo4: DNA polymeráza rodiny Y z Mycobacterium smegmatis. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 1. července 2011; 67 (Pt 7): 812-6. doi: 10,1107 / S1744309111019063. EPUB 2011 30. června. PMID 21795801; PMC 3144803.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Syntéza DNA napříč abazickou lézí kvasinkovou DNA polymerázou REV1. J Mol Biol. 11. února 2011; 406 (1): 18–28. doi: 10.1016 / j.jmb.2010.12.016. EPUB 2010 15. prosince. PMID 21167175; PMC 3127253.
- Namadurai S, Jain D, Kulkarni DS, Tabib CR, Friedhoff P, Rao DN, Nair DT. C-koncová doména MutL homologu z Neisseria gonorrhoeae tvoří obrácený homodimer. PLoS One. 28. října 2010; 5 (10): e13726. doi: 10,1371 / journal.pone.0013726. PMID 21060849; PMC 2965676.
- Jain R, Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Replikace přes templát T / U lidskou DNA polymerázou-jota. Struktura. 2009 15. července; 17 (7): 974-80. doi: 10.1016 / j.str.2009.04.011. PMID 19604477; PMC 3030472.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Syntéza DNA přes abazickou lézi lidskou DNA polymerázou iota. Struktura. 15. dubna 2009; 17 (4): 530-7. doi: 10.1016 / j.str.2009.02.015. PMID 19368886; PMC 2703454.
- Gupta YK, Nair DT, Wharton RP, Aggarwal AK. Struktury lidského Pumilio s neznámými RNA odhalují molekulární mechanismy vazebné promiskuity. Struktura. Duben 2008; 16 (4): 549-57. doi: 10.1016 / j.str.2008.01.006. EPUB 2008 6. března. PMID 18328718.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Syntéza řízená proteinovými templáty napříč DNA aduktem odvozeným od akroleinu kvasinkovou DNA polymerázou Rev1. Struktura. 2008 Únor; 16 (2): 239-45. doi: 10.1016 / j.str.2007.12.009. PMID 18275815.
- Lone S, Townson SA, Uljon SN, Johnson RE, Brahma A, Nair DT, Prakash S, Prakash L, Aggarwal AK. Lidská DNA polymeráza kappa obklopuje DNA: důsledky pro prodloužení nesouladu a přemostění lézí. Mol Cell. 2007 23. února; 25 (4): 601-14. PMID 17317631.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Tvorba hoogsteenových párů bází podporuje syntézu proti lézi 1, N6-ethenodeoxyadenosinu lidskou DNA polymerázou iota. Nat Struct Mol Biol. Červenec 2006; 13 (7): 619-25. EPUB 2006 2. července PMID 16819516.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Přicházející nukleotid ukládá anti-syn konformační změnu na templátovém purinu v aktivním místě lidské DNA polymerázy-jota. Struktura. Duben 2006; 14 (4): 749-55. PMID 16615915.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Lidská DNA polymeráza iota obsahuje dCTP opačný templát G prostřednictvím páru bází G.C + Hoogsteen. Struktura. Říjen 2005; 13 (10): 1569–77. PMID 16216587.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Rev1 využívá nový mechanismus syntézy DNA pomocí proteinového templátu. Věda. 30. září 2005; 309 (5744): 2219-22. PMID 16195463.
- Nair DT, Johnson RE, Prakash S, Prakash L, Aggarwal AK. Replikace lidskou DNA polymerázou-iota nastává Hoogsteenovým párováním bází. Příroda. 15. července 2004; 430 (6997): 377-80. PMID 15254543.
- Nair DT, Kaur KJ, Singh K, Mukherjee P, Rajagopal D, George A, Bal V, Rath S, Rao KV, Salunke DM. Napodobování nativních peptidových antigenů odpovídajícími analogy retro-inverze závisí na jejich vnitřní struktuře a schopnostech interakce. J. Immunol. 2003 1. února; 170 (3): 1362–73. PMID 12538696.
- Nair DT, Singh K, Siddiqui Z, Nayak BP, Rao KV, Salunke DM. Rozpoznávání epitopu různými protilátkami naznačuje konformační konvergenci v protilátkové odpovědi. J. Immunol. 2002 1. března; 168 (5): 2371-82. PMID 11859128.
- Jain D, Nair DT, Swaminathan GJ, Abraham EG, Nagaraju J, Salunke DM. Struktura indukovaného antibakteriálního proteinu z bource tasaru, Antheraea mylitta. Důsledky pro molekulární evoluci. J Biol Chem. 2001 2. listopadu; 276 (44): 41377-82. EPUB 2001 24. srpna. PMID 11522783.
- Nayak SK, Bagga S, Gaur D, Nair DT, Salunke DM, Batra JK. Mechanismus rozpoznávání specifického cíle a hydrolýzy RNA ribonukleolytickým toxinem restriktocinem. Biochemie. 2001 7. srpna; 40 (31): 9115-24. PMID 11478878.
- Nair DT, Singh K, Sahu N, Rao KV, Salunke DM. Krystalová struktura protilátky navázané na imunodominantní peptidový epitop: nové rysy v rozpoznávání peptid-protilátka. J. Immunol. 2000 15. prosince; 165 (12): 6949-55. PMID 11120821.
Viz také
Poznámky
- ^ Dlouhý odkaz - pro zobrazení podrobností vyberte rok přidělení
Reference
- ^ „Zobrazit oceněné Bhatnagar“. Cena Shanti Swarup Bhatnagar. 2017. Citováno 11. listopadu 2017.
- ^ A b „10 vědců dostává cenu Shanti Swarup Bhatnagar“. Hind. 26. září 2017. Citováno 11. listopadu 2017.
- ^ „Stručný profil oceněného“. Cena Shanti Swarup Bhatnagar. 21. října 2017. Citováno 21. října 2017.
- ^ A b "Biografické informace - Deepak Nair". Regionální centrum pro biotechnologie. 9. listopadu 2017. Archivovány od originál dne 5. listopadu 2017. Citováno 9. listopadu 2017.
- ^ A b „Profil na SERB“ (PDF). Vědeckotechnická výzkumná rada. 14. listopadu 2017. Citováno 14. listopadu 2017.
- ^ „Cena N-BIOSu 2014“ (PDF). Ústav biotechnologie. 2014. Citováno 14. listopadu 2017.
externí odkazy
- „Heuréka s Dr. Deepakem T Nairem“ (Video na YouTube). Televize Rajya Sabha. 6. listopadu 2017. Citováno 15. listopadu 2017.
- „Deepak T Nair na NCBS“. Národní centrum pro biologické vědy. 15. listopadu 2017. Citováno 15. listopadu 2017.
- „Deepak T Nair na RCB“https://www.rcb.res.in/index.php?param=empdetails/129
- https://indianexpress.com/article/technology/science/from-the-lab-why-some-bacteria-multiply-in- certain-set-ups-and-resist-antibiotics-4881283/
- Slavnostní předání ceny SSB: https://www.youtube.com/watch?v=hBOn23gwGkI