DAVIDE - DAVID - Wikipedia

Pro další použití viz David (rozcestník).
Zdroje bioinformatiky DAVID
Stabilní uvolnění
6.8 / říjen 2016; Před 4 lety (2016-10)
TypBioinformatika
LicenceFreeware[1]
webová stránkaDavid.ncifcrf.gov

DAVIDE (dále jen databáze anotací, vizualizace a integrovaného zjišťování) je zdarma online bioinformatika zdroj vyvinutý laboratoří imunopatogeneze a bioinformatiky (LIB ).[2][3][4][5][6][7] Všechny nástroje v bioinformatických zdrojích DAVID mají za cíl poskytovat funkční interpretaci rozsáhlých seznamů geny odvozené z genomických studií, např. microarray a proteomika studie. DAVID najdete na http://david.abcc.ncifcrf.gov

Zdroje DAVID pro bioinformatiku se skládají z databáze znalostí DAVID a pěti integrovaných webových nástrojů pro funkční anotace: DAVID Gene Functional Classification Tool, DAVID Functional Annotation Tool, DAVID Gene ID Conversion Tool, DAVID Gene Name Viewer a DAVID NIAID Prohlížeč genomu patogenu. Rozšířená databáze znalostí DAVID nyní integruje téměř všechny hlavní a známé veřejné zdroje bioinformatiky centralizované konceptem DAVID Gene, jednoduchá vazba metoda aglomerace desítek milionů různých identifikátorů genů / proteinů a anotačních termínů z různých veřejných databází bioinformatiky. Pro jakýkoli nahraný seznam genů nyní zdroje DAVID poskytují nejen typickou analýzu obohacení genového termínu, ale také nové nástroje a funkce, které uživatelům umožňují kondenzovat velké seznamy genů do funkčních skupin genů, převádět mezi identifikátory genů / proteinů, vizualizovat mnoho vztahy mezi geny a mnoha termíny, shluk redundantních a heterogenních termínů do skupin, hledání zajímavých a souvisejících genů nebo termínů, dynamické prohlížení genů z jejich seznamů na bio-drahách a další.

DAVID 6.8 byl vydán v říjnu 2016.[8]

Funkčnost

DAVID poskytuje komplexní sadu funkčních anotačních nástrojů pro vyšetřovatele, aby pochopili biologický význam za velkým seznamem genů. Pro jakýkoli daný seznam genů jsou nástroje DAVID schopné:

  • Určete zejména obohacená biologická témata GO podmínky
  • Objevte obohacené funkční genové skupiny
  • Podmínky nadbytečné anotace klastru
  • Vizualizujte geny BioCarta & KEGG mapy cest
  • Zobrazit související výrazy mnoho genů na mnoho ve 2D zobrazení.
  • Hledejte další funkčně související geny, které nejsou v seznamu
  • Seznam interagující proteiny
  • Prozkoumejte názvy genů v dávce
  • Spojte asociace gen-nemoc
  • Zvýrazněte proteinové funkční domény a motivy
  • Přesměrování na související literatury
  • Převádějte identifikátory genů z jednoho typu na jiný.

externí odkazy

Reference

  1. ^ http://david.abcc.ncifcrf.gov/ease/EASELicense.htm
  2. ^ Huang DW, Lempicki RA (2009). "Systematická a integrační analýza rozsáhlých genových seznamů s využitím bioinformatických zdrojů DAVID". Přírodní protokoly. 4 (1): 44–57. doi:10.1038 / nprot.2008.211. PMID  19131956. S2CID  10418677.
  3. ^ Sherman BT, Huang DW, Tan Q, Guo Y, Bour S, Liu D, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). „DAVID Knowledgebase: databáze zaměřená na geny integrující heterogenní zdroje anotací genů pro usnadnění vysoce výkonné funkční analýzy genů“. BMC bioinformatika. 8: 426. doi:10.1186/1471-2105-8-426. PMC  2186358. PMID  17980028.
  4. ^ Huang DW, Sherman BT, Tan Q, Collins JR, Alvord WG, Roayaei J, Stephens R, Baseler MW, Lane HC, Lempicki RA (2007). „DAVID Gene Functional Classification Tool: nový biologický modul-centrický algoritmus pro funkční analýzu rozsáhlých genových seznamů“. Genome Biol. 8 (9): R183. doi:10.1186 / gb-2007-8-9-r183. PMC  2375021. PMID  17784955.
  5. ^ Huang Da, HC; Sherman, BT; Tan, Q; Kir, J; Liu, D; Bryant, D; Guo, Y; Stephens, R; et al. (2007). „DAVID Bioinformatics Resources: rozšířená databáze anotací a nové algoritmy pro lepší extrakci biologie z velkých seznamů genů“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s webovým serverem): W169–75. doi:10,1093 / nar / gkm 415. PMC  1933169. PMID  17576678.
  6. ^ Hosack; Dennis Jr, G; Sherman, BT; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). „Identifikace biologických témat v seznamech genů pomocí EASE“. Genome Biology. 4 (10): R70. doi:10.1186 / gb-2003-4-10-r70. PMC  328459. PMID  14519205.
  7. ^ Dennis Jr.; Sherman, BT; Hosack, DA; Yang, J; Gao, W; Lane, HC; Lempicki, RA (2003). "DAVID: Databáze pro anotace, vizualizaci a integrovaný objev". Genome Biology. 4 (5): P3. doi:10.1186 / gb-2003-4-5-p3. PMID  12734009.
  8. ^ Informace o verzi a verzi, zdroje DAVID pro bioinformatiku.