TIGRFAM - TIGRFAMs - Wikipedia
TIGRFAM je databáze proteinové rodiny navrženo pro manuální a automatickou podporu anotace genomu.[1][2][3] Každá položka obsahuje a vícenásobné zarovnání sekvence a skrytý Markovův model (HMM) sestavené ze zarovnání. Sekvence, které skórovaly nad definované mezní hodnoty dané TIGRFAMs HMM, jsou přiřazeny k této proteinové rodině a lze jim přiřadit odpovídající anotace.
Jako Pfam, TIGRFAMs používá HMMER balíček napsaný Seanem Eddym.[4] TIGRFAMs se vyrábí v Institut J. Craiga Ventera. Je to jedna z 11 členských databází v InterPro. Aktuální verze TIGRFAM, verze 15.0, má 4488 modelů.
Reference
- ^ Haft, DH; Selengut, JD; White, O (2003). „Databáze proteinových rodin TIGRFAM“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 371–3. doi:10.1093 / nar / gkg128. PMC 165575. PMID 12520025.
- ^ Selengut, JD; Haft, DH; Davidsen, T; Ganapathy, A; Gwinn-Giglio, M; Nelson, WC; Richter, AR; White, O (2007). „TIGRFAM a vlastnosti genomu: Nástroje pro přiřazení molekulární funkce a biologického procesu v prokaryotických genomech“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s databází): D260–4. doi:10.1093 / nar / gkl1043. PMC 1781115. PMID 17151080.
- ^ Haft, DH; Selengut, JD; Richter, RA; Harkins, DM; Basu, MK; Beck, E (2012). „TIGRFAM a vlastnosti genomu v roce 2013“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D387-95. doi:10.1093 / nar / gks1234. PMC 3531188. PMID 23197656.
- ^ Eddy, SR (2009). Msgstr "Nová generace vyhledávacích nástrojů homologie založená na pravděpodobnostním závěru". Genomová informatika. Mezinárodní konference o genomové informatice. 23 (1): 205–11. PMID 20180275.
externí odkazy
- http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/index.cgi - Domovská stránka TIGRFAM
- http://hmmer.janelia.org/search/hmmscan - vysokorychlostní vyhledávání proteinových sekvencí proti knihovnám Pfam nebo TIGRFAM na Janelia Farm Research Campus
  | Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |