Komplexní databáze rezistence na antibiotika - Comprehensive Antibiotic Resistance Database - Wikipedia

Komplexní databáze rezistence na antibiotika
Logo McArthur Lab.png
Obsah
PopisKomplexní databáze antibiotické rezistence poskytuje data, modely a algoritmy týkající se molekulárního základu antimikrobiální rezistence.
Typy dat
zajat		Geny a fenotypy antimikrobiální rezistence
OrganismyBakterie
Kontakt
Výzkumné centrumMcMaster University
Primární citacePMID  27789705
Přístup
webová stránkaKartu.mcmaster.ca
Stáhnout URLStažení
Smíšený
Bookmarkable
subjekty		Ano

The Komplexní databáze antibiotické rezistence (CARD) je biologická databáze který shromažďuje a organizuje referenční informace o antimikrobiální rezistence geny, proteiny a fenotypy.[1] [2] Databáze pokrývá všechny typy tříd léků a mechanismy rezistence a strukturuje svá data na základě ontologie. Databáze CARD byla jedním z prvních zdrojů, které pokrývaly geny antimikrobiální rezistence.[3] Zdroj je aktualizován měsíčně [4] a poskytuje nástroje, které uživatelům umožňují najít potenciální geny rezistence na antibiotika v nově sekvenovaných genomech. Informace, které se přidávají na kartu CARD, zahrnují: geny rezistence na antibiotika, antibiotickou ontologii a mechanismus působení antibiotické rezistence. V současné době k červnu 2020 obsahuje CARD 4463 podmínek ontologie, 2984 referenčních sekvencí, 1334 SNP, 2685 publikací, 3030 modelů detekce AMR. Předpovědi rezistomu: 88 patogenů, 9560 chromozomů, 21362 plazmidů, 102181 sestav WGS, 222011 alel.[4]

Viz také

Reference

  1. ^ Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A; et al. (2020). „KARTA 2020: dohled nad odolností vůči antibiotikům s komplexní databází odolnosti vůči antibiotikům“. Nucleic Acids Res. 48 (D1): D517 – D525. doi:10.1093 / nar / gkz935. PMC  7145624. PMID  31665441.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  2. ^ Jia, B; Raphenya, AR; Alcock, B; Waglechner, N; Guo, P; Tsang, KK; Lago, BA; Dave, BM; Pereira, S; Sharma, AN; Doshi, S; Courtot, M; Lo, R; Williams, LE; Frye, JG; Elsayegh, T; Sardar, D; Westman, EL; Pawlowski, AC; Johnson, TA; Brinkman, FS; Wright, GD; McArthur, AG (4. ledna 2017). „CARD 2017: expanze a modelová péče komplexní databáze rezistence na antibiotika“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (D1): D566 – D573. doi:10.1093 / nar / gkw1004. PMC  5210516. PMID  27789705.
  3. ^ McArthur, AG; Waglechner, N; Nizam, F; Yan, A; Azad, MA; Baylay, AJ; Bhullar, K; Canova, MJ; De Pascale, G; Ejim, L; Kalan, L; King, AM; Koteva, K; Morar, M; Mulvey, MR; O'Brien, JS; Pawlowski, AC; Piddock, LJ; Spanogiannopoulos, P; Sutherland, AD; Tang, já; Taylor, PL; Thaker, M; Wang, W; Yan, M; Yu, T; Wright, GD (červenec 2013). „Komplexní databáze rezistence na antibiotika“. Antimikrobiální látky a chemoterapie. 57 (7): 3348–57. doi:10.1128 / AAC.00419-13. PMC  3697360. PMID  23650175.
  4. ^ A b „Web CARD“. Citováno 5. června 2020.