Společný jazyk pracovního postupu - Common Workflow Language

Společný jazyk pracovního postupu
Společné jazykové standardy pracovního postupu
CWL-Logo-4k.png
Logo CWL
PostaveníPublikováno
Rok začal10. července 2014 (2014-07-10)
Nejnovější verze1.2
7. srpna 2020 (2020-08-07)
Související normyObjekt BioCompute
LicenceApache 2.0
ZkratkaCWL
webová stránkaobyčejný.org

The Společný jazyk pracovního postupu (CWL) je standard[1] pro popis pracovních postupů výpočtové analýzy dat. Vývoj CWL je zaměřen zejména na obsluhu datově náročných věd, jako je Bioinformatika,[2] Lékařské zobrazování, astronomie, fyzika a chemie. Klíčovým cílem CWL je umožnit vytvoření pracovního toku, který je přenosný, a proto jej lze spustit reprodukovatelně v různých výpočetních prostředích.[3]

CWL pochází z diskusí v roce 2014 mezi Peter Amstutz, John Chilton, Nebojsa Tijanic a Michael R. Crusoe (v té době jejich příslušná sdružení byla: Galaxie, Arvados, Sedm mostů a Michiganská státní univerzita ) na Otevřená nadace pro bioinformatiku BOSC 2014 codefest.

CWL je podporován několika analytiky a platformami, jako je Apache Airflow (přes CWL-proudění vzduchu [4]), Arvados, Rabix, Cromwell workflow engine, Dřina, REANA - opakovaně použitelné analýzy a CWLEXEC pro IBM Spectrum LSF,[5] a byl identifikován v roce 2017 jako jeden z budoucích trendů v rozvoji potrubí bioinformatiky.[2] Několik dalších analytických prostředí aktuálně implementuje podporu pro CWL včetně Apache Taverna a Galaxie.[5]

Dostupnost

CWL je vyvíjena neformální pracovní skupinou s více prodejci, která se skládá z organizací i jednotlivců, a je volně dostupná prostřednictvím Úložiště GitHub pod tolerancí Licence Apache 2.0.

Reference

  1. ^ Peter, Amstutz; R., Crusoe, Michael; Nebojša, Tijanić; Brad, Chapman; John, Chilton; Michael, Heuer; Andrey, Kartashov; Dan, Leehr; Hervé, Ménager (08.07.2016). „Common Workflow Language, v1.0“. Fík. doi:10,6084 / m9.figshare.3115156.v2.
  2. ^ A b Leipzig, Jeremy (01.05.2017). „Přehled bioinformatických rámců potrubí“. Briefings in Bioinformatics. 18 (3): 530–536. doi:10.1093 / bib / bbw020. ISSN  1467-5463. PMC  5429012. PMID  27013646.
  3. ^ Perkel, Jeffrey M. (2019). "Systémy pracovního toku přeměňují nezpracovaná data na vědecké poznatky". Příroda. 573 (7772): 149–150. Bibcode:2019Natur.573..149P. doi:10.1038 / d41586-019-02619-z. ISSN  0028-0836. PMID  31477884. S2CID  201713827.
  4. ^ Barski, Artem; Kartashov, Andrey V .; Kotliar, Michael (01.07.2019). „CWL-Airflow: lehký správce potrubí podporující Common Workflow Language“. GigaScience. 8 (7). doi:10.1093 / gigascience / giz084. PMC  6639121. PMID  31321430.
  5. ^ A b „Common Workflow Language“. www.commonwl.org.

externí odkazy