CAMEO3D - CAMEO3D

Průběžné automatické hodnocení modelu (CAMEO) je projekt pro celou komunitu, který má průběžně vyhodnocovat přesnost a spolehlivost predikce proteinové struktury plně automatizovaným způsobem.[1] CAMEO je nepřetržitý a plně automatizovaný doplněk k pololetníku CASP experiment.[2] V současné době CAMEO vyhodnocuje předpovědi pro předpokládané trojrozměrné proteinové struktury (3D), vazebné místo pro ligand předpovědi v proteinech (LB) a nástroje pro odhad kvality modelu (QE).

Pracovní postup

CAMEO provádí slepé hodnocení predikce proteinové struktury techniky založené na týdenních vydáních nově určených experimentálních struktur metodou Proteinová databanka (PDB). The aminokyselinové sekvence brzy uvolněné proteinové struktury jsou odeslány zúčastněným webovým serverům. Webové servery vrátí své předpovědi na CAMEO a předpovědi přijaté před vydáním experimentálních struktur jsou zahrnuty do hodnocení přesnosti predikce. Na rozdíl od CASP experiment je srovnání mezi predikčními a referenčními daty plně automatizované, a proto vyžaduje numerická měření vzdálenosti, která jsou robustní vůči relativním doména pohyby.[3]

Dějiny

CAMEO byl vyvinut jako součást Portál proteinových modelů[4] modul znalostní báze strukturní biologie[5] jako součást Iniciativa pro strukturu bílkovin. Dřívější projekty s podobnými cíli byly EVA a LiveBench. CAMEO vyvíjí skupina výpočetní strukturní biologie na SIB Švýcarský institut pro bioinformatiku a Biozentrum, University of Basel.

Viz také

Reference

  1. ^ Haas, J; Roth, S; Arnold, K; Kiefer, F; Schmidt, T; Bordoli, L; Schwede, T (2013). „Portál proteinových modelů - komplexní zdroj pro proteinovou strukturu a modelové informace“. Databáze. 2013: bat031. doi:10.1093 / databáze / bat031. PMC  3889916. PMID  23624946.
  2. ^ Moult, J; Fidelis, K; Kryshtafovych, A; Schwede, T; Tramontano, A (únor 2014). "Kritické hodnocení metod predikce proteinové struktury (CASP) - kolo x". Proteiny. 82 Suppl 2: 1–6. doi:10,1002 / prot. 24452. PMC  4394854. PMID  24344053.
  3. ^ Mariani, V; Biasini, M; Barbato, A; Schwede, T (1. listopadu 2013). „lDDT: lokální skóre bez superpozice pro srovnání proteinových struktur a modelů pomocí testů rozdílu vzdáleností“. Bioinformatika. 29 (21): 2722–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btt473. PMC  3799472. PMID  23986568.
  4. ^ Arnold, K; Kiefer, F; Kopp, J; Battey, JN; Podvinec, M; Westbrook, JD; Berman, HM; Bordoli, L; Schwede, T (březen 2009). „Portál proteinových modelů“. Journal of Structural and Functional Genomics. 10 (1): 1–8. doi:10.1007 / s10969-008-9048-5. PMC  2704613. PMID  19037750.
  5. ^ Gabanyi, MJ; Adams, PD; Arnold, K; Bordoli, L; Carter, LG; Flippen-Andersen, J; Gifford, L; Haas, J; Kouranov, A; McLaughlin, WA; Micallef, DI; Vedlejší, W; Shah, R; Schwede, T; Tao, YP; Westbrook, JD; Zimmerman, M; Berman, HM (červenec 2011). „Znalostní databáze strukturní biologie: portál proteinových struktur, sekvencí, funkcí a metod“. Journal of Structural and Functional Genomics. 12 (2): 45–54. doi:10.1007 / s10969-011-9106-2. PMC  3123456. PMID  21472436.

externí odkazy