Bsoft - Bsoft
Bsoft je sbírka programů a platforma pro vývoj softwaru pro zpracování obrazu a molekulárních procesů ve strukturní biologii. Problémy strukturní biologie jsou řešeny vysoce modulárním designem, který umožňuje rychlý vývoj nových algoritmů bez zátěže problémů, jako je soubor I / O. Poskytuje snadno přístupné rozhraní, prostředek, který může být a byl použit v jiných balíčcích. Několik pracovních postupů, například pro analýzu jednotlivých částic a tomografii, je podporováno výměnou parametrů a také schopností distribuovaného zpracování napříč heterogenními klastry počítačů.
Technické údaje
Verze: 1.8.8
Podpora OS: Unix (Mac OS X, IRIX, Linux, AIX, Solaris, Tru64), OpenVMS
Podpora formátu:
- Obrázky: BioRad, Brix, CCP4, Digitální přístroje, Digitální mikrofotografie, DSN6, EM, Goodford, GRD, Imagic, JPEG MFF, Obrázek Magick, MRC, PIC, PIF, PNG Spider, Suprim, TIFF, DRSNÝ
- Parametry mikrofotografie: STAR (slovník Bsoft), XML (Bsoft schema), EMX (EM exchange format schema)
- Sekvence: EMBL, Fasta, Genbank, Phylip, PIR, STAR, Text
- Molekulární modelování: Gromacs, PDB, STAR / mmCIF, text, WAH
- Obecné modelování: Chimera marker model, STAR (Bsoft dictionary), XML (Bsoft schema)
Publikace
- Heymann JB (2001) Bsoft: Obrazové a molekulární zpracování v elektronové mikroskopii. Journal of Structural Biology 133 (2/3), 156 - 169.
- Heymann JB a Belnap DM (2007) Bsoft: Zpracování obrazu a molekulární modelování pro elektronovou mikroskopii. Journal of Structural Biology 157 (1), 3-18.
- Heymann JB, Cardone G, Winkler DC a Steven AC (2008) Výpočetní zdroje pro kryoelektronovou tomografii v Bsoft. Journal of Structural Biology 161 (3), 232 - 242.
- Heymann JB (2018) Guidelines for using Bsoft for high resolution coverage and validation of biomolecular structures from electron micrographs. Protein Science 27 (1), 159-171.
- Heymann JB (2018) Rekonstrukce a ověření jedné částice pomocí Bsoft pro Map Challenge. Journal of Structural Biology 204 (1), 90-95.