Bruce Donald - Bruce Donald

Bruce Randall Donald (narozen 1958) je Američan počítačový vědec a výpočetní biolog. On je James B. Duke profesor informatiky a biochemie ve společnosti Duke University. Učinil řadu příspěvků do několika oborů v Počítačová věda jako robotika, Mikroelektromechanické systémy (MEMS), geometrické a fyzikální algoritmy a výpočetní geometrie; stejně jako v oblastech strukturní molekulární biologie a Biochemie jako Proteinový design Stanovení proteinové struktury a Výpočetní chemie.

Životopis

Donald získal titul B.A. summa cum laude v ruském jazyce a literatuře z univerzita Yale v roce 1980. Poté, co pracoval v Laboratoř počítačové grafiky a prostorové analýzy v Postgraduální škola designu na Harvardská Univerzita, poté se zúčastnil MIT EECS, kde obdržel S.M. v EECS (1984) a Ph.D. in Computer Science (1987) pod vedením profesora Tomás Lozano-Pérez v Laboratoř MIT AI (Laboratoř umělé inteligence).[1] V roce 1987 nastoupil na katedru informatiky na Cornell University jako odborný asistent.

V Cornellu získal Donald funkční období v roce 1993 a působil jako docent výpočetní techniky na Cornell University do roku 1998. Během volna v Stanfordská Univerzita (1994-1996) pracoval v Paul Allen inkubátor výzkumu a vývoje a technologie Interval Research Corporation (1995-1997), kde on a Tom Ngo co-vynalezl Integrovaná grafika omezení.[2][3] Po přestěhování do Dartmouthu byl Donald profesorem informatiky Joan P. a Edward J. Foley Jr. 1933, Dartmouth College do roku 2006, kdy se přestěhoval do Duke University. V současné době je Donald James B. Duke profesor informatiky, chemie a biochemie na Trinity College of Arts and Sciences na Duke University a na School of Medicine, Duke University Medical Center. Donald byl jmenován Williamem a profesorem Sue Grossem v letech 2006 až 2012 a byl jmenován James B. Duke profesor v roce 2012.[4]

On je chlapík z Sdružení pro výpočetní techniku (ACM) a a chlapík z IEEE. Dříve byl a Guggenheim Fellow (2001–2002) a obdržel Národní vědeckou nadaci Cena prezidenta Young Investigator Award (1989–1994). V roce 2015 byl Donald zvolen a chlapík z Americká asociace pro rozvoj vědy (AAAS), za příspěvky do výpočetní molekulární biologie.[5]

Práce

Donaldův raný výzkum byl v oblasti plánování robotického pohybu a distribuované manipulace.[6] Později významně přispěl k MEMS a mikro-robotice a navrhl mikro-roboty MEMS o rozměrech 60 µm na 250 µm na 10 µm.[7]

Nedávno provedl výzkum v oblastech strukturní molekulární biologie; hlavně, Proteinový design a Stanovení proteinové struktury z NMR data. Vyvinul mnoho algoritmy pro proteinový design které byly úspěšně testovány experimentálně ve vlhké laboratoři.[8] Algoritmy proteinového designu se pokoušejí začlenit další molekulární flexibilitu do procesu návrhu pomocí souborů a nepřetržitě flexibilních rotamerů a páteřních řetězců. Donald také vyvinul algoritmy pro určování struktur biomedicínsky významných proteinů. Například jeho podskupinový algoritmus CRANS (Acta Crystallogr. D 2004; J. Biol. Chem. 2003), který identifikuje vrcholy křížové rotace v souladu s nekrystalografickou symetrií, byl použit ke stanovení struktury enzymu dihydrofolát reduktáza-thymidylát syntáza (DHFR-TS) z Cryptosporidium hominis, důležitý pokrok v biologii Cryptosporidium. Navrhl mnoho algoritmů a výpočetních protokolů pro extrakci strukturní informace z dat NMR a tyto informace použil k výpočtu struktur globulárních proteinů a symetrických homo-oligomerů. Výraznou vlastností jeho algoritmů je, že používají méně dat a poskytují teoreticko-teoretické záruky složitosti v čase a prostoru (viz např. B. R. Donald a J. Martin. „Automated NMR Assignment and Protein Structure Determining using Sparse Dipolar Coupling Constraints.“ Pokrok v NMR spektroskopii 2009; 55 (2): 101-127). Donald je autorem knihy Algoritmy ve strukturní molekulární biologiiAlgoritmy ve strukturní molekulární biologii, učebnice vydaná MIT Press (2011).

Studenti

Donald dohlížel na mnoho studentů a postdoktorandů, z nichž mnozí jsou nyní profesory na renomovaných univerzitách, jako je MIT, Carnegie-Mellon University, University of Washington, Seattle, University of Massachusetts Amherst, Dartmouth College, Duke University, Middlebury College a University of Toronto; a někteří jsou vědci v prestižních výzkumných organizacích, viz. NIAID, NIST, IBM, Sandia National Laboratories.[9]

Viz také

Publikace

Donald je autorem více než 100 publikací. Reprezentativní výběr:

Reference

  1. ^ „Vita Bruce Donalda“ (PDF).
  2. ^ „Systém pro manipulaci s obrázky a animaci pomocí zabudované grafiky omezení. J. T. Ngo a B. R. Donald. Patent USA č. 5 933 150, vydaný 3. srpna 1999“ (PDF).
  3. ^ „Přístupná animace a přizpůsobitelná grafika pomocí modelování zjednodušené konfigurace. T. Ngo, D. Cutrell, J. Dana, BR Donald, L. Loeb a S. Zhu. Proc. ACM SIGGRAPH (New Orleans) červenec 2000, str. 403 -410 " (PDF).
  4. ^ Duke oznamuje významné profesory, Tisková zpráva Duke University; Květen 2012.
  5. ^ Bruce R. Donald, zvolený za člena AAAS, Katedra biochemie, Lékařské centrum Duke University; Prosince 2015.
  6. ^ Donald, Bruce R. (4. září 1989). "Detekce chyb a zotavení v robotice". Springer-Verlag - prostřednictvím digitální knihovny ACM.
  7. ^ Donald, Bruce R .; Levey, Christopher; Paprotny, Igor (2008). "Planar Microassembly by Parallel Actuation of MEMS Microrobots". Časopis mikroelektromechanických systémů. 17 (4): 789–808. doi:10.1109 / JMEMS.2008.924251. S2CID  12040410.
  8. ^ Frey, Kathleen M; Ivelin Georgiev; Bruce R. Donald; Amy C. Anderson (3. srpna 2010). „Predikce mutací rezistence pomocí algoritmů návrhu proteinu“ (PDF). PNAS. 107 (31): 13707–13712. Bibcode:2010PNAS..10713707F. doi:10.1073 / pnas.1002162107. PMC  2922245. PMID  20643959. Citováno 30. ledna 2012.
  9. ^ „Donald Lab na Duke University“. www2.cs.duke.edu.

externí odkazy