BioUML - BioUML - Wikipedia

BioUML je open-source softwarová platforma pro analýzu dat z omics vědecký výzkum a další pokročilé výpočetní biologie vyvinutý vědci z Ústavu systémové biologie v Praze Novosibirsk, Rusko. Platforma je volně dostupná online a používá se ve výzkumných laboratořích - zejména v akademických institucích - k objevování původu onemocnění a prevenci.

Dostupné verze

Aktuální vydání BioUML je verze 0.9.3 vydané v říjnu 2010 a obsahuje 3 verze;

Server BioUML - který nabízí přístup k nainstalovaným datům a analytickým metodám na straně serveru pro klienty BioUML (pracovní stůl a webové vydání) přes internet Internet.

Pracovní stůl BioUML - Tohle je Jáva aplikace, která může fungovat samostatně nebo jakotlustý klient "pro vydání serveru BioUML.

BioUML Web Edition - Toto je webový prohlížeč založený “tenký klient „pro serverovou edici BioUML a poskytuje většinu funkcí pracovního stolu BioUML. Využívá AJAX a HTML5 technologie pro interaktivní editaci dat a vizuální modelování.

Platforma se vyvíjí nepřetržitě od roku 2003 a nabízí analýza dat a vizualizace pro vědce zapojené do komplexu molekulární biologie výzkum. Systém umožňuje formalizovaný popis struktury a funkce biologických systémů, včetně nástrojů potřebných k provádění objevů souvisejících s genomika, proteomika, transkriptomika a metabolomika. Platforma BioUML je postavena na modulární architektuře, která umožňovala relativně jednoduché přidávání nových nástrojů. To umožnilo integraci mnoha nástrojů třetích stran do platformy za 7 let, kdy byla k dispozici.[Citace je zapotřebí ]

Aplikace a použití

BioUML byl použit jako hlavní pracovní stůl pro integrovanou databázi Cyclonetu[1] na regulace buněčného cyklu a karcinogeneze v roce 2007[2][3]

Sekvenování nové generace (NGS) a další metody s vysokou propustností vytvářejí obrovské soubory dat (tzv.velká data ") v oblasti 100 terabajtů nahoru. BioUML může šířit, analyzovat a produkovat vizualizace a simulace, umožňuje přizpůsobení parametrů a podporuje mnoho dalších analytických technik potřebných k řešení velkého množství nezpracovaných dat. Jelikož je výzkum obvykle sdílen mezi různými institucemi, bylo ukládání, doručování a sdílení objemů „velkých dat“ technickou výzvou. Typický genom datová sada může obsahovat 500 terabajtů dat, která může být nutné sdílet, často mezinárodně Internet2 technologie. Proprietární komprese dat byly vytvořeny mechanismy (společností Valex LLC) pro NCBI Krátký archiv Projekt[4] které umožňují dodávku nezpracovaných výzkumných dat rychlostí až 40 Gbit / s. Aby poskytli úplné řešení takového společného výzkumu, vyvinuli tvůrci BioUML nový hardwarový / softwarový systém ve spolupráci s Valex LLC. Tato verze BioUML se nazývá Biodatomics.

Reference

  1. ^ http://nar.oxfordjournals.org/content/35/suppl_1/D550.full-text-lowres.pdf
  2. ^ http://www.mendeley.com/research/cyclonetan-integrated-database-on-cell-cycle-regulation-and-carcinogenesis/[trvalý mrtvý odkaz ]
  3. ^ Kolpakov, F; Poroikov, V; Sharipov, R; Kondrakhin, Y; Zakharov, A; Lagunin, A; Milanesi, L; Kel, A (2007). „CYKLONET - integrovaná databáze o regulaci buněčného cyklu a karcinogenezi“. Nucleic Acids Res. 35: D550–6. doi:10.1093 / nar / gkl912. PMC  1899094. PMID  17202170.
  4. ^ http://www.galter.northwestern.edu/news/index.cfm/2009/9/15/NCBI-Short-Read-Archive-SRA-of-NextGeneration-Sequencing-Data

externí odkazy