Sbírka databáze BioCyc - BioCyc database collection - Wikipedia

BioCyc
Database.png
Obsah
PopisNástroje pro navigaci, vizualizaci a analýzu podkladových databází a pro analýzu omických dat
Kontakt
Výzkumné centrumSRI International
AutořiPeter Karp et al
Datum vydání1997
Přístup
webová stránkabiocyk.org

BioCyc databáze kolekce je sortiment cesty specifické pro organismus / Genom Databáze (PGDB). Poskytují odkaz na informace o genomu a metabolické dráze pro tisíce organismů.[1] Od prosince 2016 je v BioCycu 9300 databází. SRI International,[2] se sídlem v Menlo Parku v Kalifornii udržuje databázovou rodinu BioCyc.

Kategorie databází v BioCycu:

Na základě provedeného manuálního výběru je databázová rodina BioCyc rozdělena do 3 úrovní:

Úroveň 1: Databáze, které získaly alespoň jeden rok manuální kurátorské práce založené na literatuře. V současné době je na úrovni 1 sedm databází. Ze sedmi MetaCyc je hlavní databáze, která obsahuje téměř 2 500 metabolických drah z mnoha organismů.[1][3] Další důležitou databází úrovně 1 je HumanCyc, která obsahuje přibližně 300 metabolických drah nalezených u lidí.[4] Zbývajících pět databází zahrnuje EcoCyc (E-coli),[5] AraCyc (Arabidopsis thaliana), YeastCyc (Saccharomyces cerevisiae), LeishCyc (Leishmania major Friedlin) a TrypanoCyc (Trypanosoma brucei).

Úroveň 2: Databáze, které byly výpočtově predikovány, ale získaly mírnou manuální korekci (většinou s kurzem 1–4 měsíce). Úrovně 2 Databáze jsou k dispozici pro ruční kuraci vědci, kteří se zajímají o konkrétní organismus. Databáze úrovně 2 aktuálně obsahují 43 různých databází organismů.

Úroveň 3: Databáze, které byly výpočetně předpovězeny společností PathoLogic a neobdržely žádnou manuální úpravu. Stejně jako v případě úrovně 2 jsou databáze Tier 3 také k dispozici pro kurátory pro vědce, kteří mají zájem.

Softwarové nástroje v rámci BioCyc:

Web BioCyc obsahuje řadu softwarových nástrojů pro vyhledávání, vizualizaci, porovnání a analýzu informací o genomu a dráze. Zahrnuje prohlížeč genomu a prohlížeče pro metabolické a regulační sítě. Webové stránky také obsahují nástroje pro malování rozsáhlých („omických“) souborů dat do metabolických a regulačních sítí a do genomu.

Využívání databáze BioCyc ve výzkumu:

Jelikož rodina databází BioCyc zahrnuje dlouhý seznam databází specifických pro organismy a také dat na různých systémových úrovních v živém systému, je využití ve výzkumu v nejrůznějších souvislostech. Zde jsou zvýrazněny dvě studie, které ukazují dvě různé varianty použití, jednu na genomové škále a druhou na identifikaci konkrétních SNP (Jednonukleotidové polymorfismy ) v genomu.

AlgaGEM

AlgaGEM je model metabolické sítě v měřítku genomu pro rozčleněnou řasovou buňku vyvinutý Gomesem de Oliveira Dal’Molin et al.[6] založeno na Chlamydomonas reinhardtii genom. Má 866 jedinečných ORF, 1862 metabolitů, 2499 položek asociace gen-enzym-reakce-asociace a 1725 jedinečných reakcí. Jednou z databází Pathway používaných k rekonstrukci je MetaCyc.

SNP

Studie Shimula Chowdhuryho a kol.[7] prokázala rozdílnou asociaci mezi mateřskými SNP a metabolity zapojenými do homocysteinu, folátu a transsulfuračních drah v případech s vrozenými srdečními vadami (CHD), na rozdíl od kontrol. Studie použila HumanCyc k výběru kandidátních genů a SNP.

Reference

  1. ^ A b Caspi, R .; Altman, T .; Dreher, K .; Fulcher, C. A .; Subhraveti, P .; Keseler, I. M .; Kothari, A .; Krummenacker, M .; Latendresse, M .; Mueller, L. A .; Ong, Q .; Paley, S .; Pujar, A .; Shearer, A. G .; Travers, M .; Weerasinghe, D .; Zhang, P .; Karp, P. D. (2011). „Meta Cyc databáze metabolických drah a enzymů a Bio Cyc sbírka databází cest / genomů ". Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D742–53. doi:10.1093 / nar / gkr1014. PMC  3245006. PMID  22102576.
  2. ^ Domovská stránka z SRI International
  3. ^ Karp, Peter D .; Caspi, Ron (2011). „Průzkum metabolických databází s důrazem na Meta Cyc rodina". Archivy toxikologie. 85 (9): 1015–33. doi:10.1007 / s00204-011-0705-2. PMC  3352032. PMID  21523460.
  4. ^ Romero, Pedro; Wagg, Jonathan; Green, Michelle L; Kaiser, Dale; Krummenacker, Markus; Karp, Peter D (2004). "Výpočetní předpověď lidských metabolických drah z kompletního lidského genomu". Genome Biology. 6 (1): R2. doi:10.1186 / gb-2004-6-1-r2. PMC  549063. PMID  15642094.
  5. ^ Keseler, I. M .; Collado-Vides, J .; Santos-Zavaleta, A .; Peralta-Gil, M .; Gama-Castro, S .; Muniz-Rascado, L .; Bonavides-Martinez, C .; Paley, S .; Krummenacker, M .; Altman, T .; Kaipa, P .; Spaulding, A .; Pacheco, J .; Latendresse, M .; Fulcher, C .; Sarker, M .; Shearer, A. G .; MacKie, A .; Paulsen, I .; Gunsalus, R. P .; Karp, P. D. (2010). „Eko Cyc: Komplexní databáze biologie Escherichia coli ". Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D583–90. doi:10.1093 / nar / gkq1143. PMC  3013716. PMID  21097882.
  6. ^ Dal'Molin, C. G .; Quek, L. E.; Palfreyman, R. W .; Nielsen, L. K. (2011). „AlgaGEM - metabolická rekonstrukce řas v měřítku genomu na základě genomu Chlamydomonas reinhardtii“. BMC Genomics. 12 Suppl 4: S5. doi:10.1186 / 1471-2164-12-S4-S5. PMC  3287588. PMID  22369158.
  7. ^ Chowdhury, S; Hobbs, C. A .; MacLeod, S.L .; Cleves, M. A .; Melnyk, S; James, S. J .; Hu, P; Erickson, S. W. (2012). „Sdružení mezi mateřskými genotypy a metabolity podílejícími se na vrozených srdečních vadách“. Molekulární genetika a metabolismus. 107 (3): 596–604. doi:10.1016 / j.ymgme.2012.09.022. PMC  3523122. PMID  23059056.