BioBIKE - BioBIKE

BioBIKE
První vydání2002 (2002)
NapsánoLisp
Operační systémUnixový
K dispozici vAngličtina
TypVědecký pracovní postup, Symbolické výpočty, Bioinformatika, Umělá inteligence
LicenceMIT Open Source
webová stránkaGitHub Repo

BioBike[1][2](roz. BioLingua [3]) je cloudové, programovatelný přes web (Paas ) symbolické biopočítání a bioinformatika platforma, jejíž cílem je vytvořit výpočetní biologie, a zejména inteligentní biopočítání (tj. aplikace Umělá inteligence na výpočetní biologie ) přístupné výzkumným vědcům, kteří nejsou odbornými programátory.[4]

Unikátní schopnosti

BioBIKE je integrovaná symbolická platforma pro biopočítání a bioinformatiku, postavená od samého začátku jako celá (nyní se nazývá) cloudová architektura kde se všechny výpočty provádějí na vzdálených serverech a veškerý přístup uživatelů se provádí prostřednictvím webových prohlížečů.

BioBIKE má vestavěný rámový systém ve kterém jsou zastoupeny všechny objekty, data a znalosti. To umožňuje kód zapsaný buď v nativním formátu Lisp, ve vizuálním programovacím jazyce nebo systémy pravidel vyjádřených v SNARK důkaz věty o integrovaném přístupu k celému biologickému poznání.

Na svou dobu (vydané v roce 2002) bylo jedinečné umožnit uživatelům vytvářet plně funkční biopočítačové programy, které běží na back-endových serverech zcela prostřednictvím uživatelského rozhraní webového prohlížeče. (Z moderního hlediska to byl jeden z prvních PaaS (platforma jako služba) systémy, předcházet rovnoměrně Salesforce Zpočátku bylo toto programování prováděno v surovém Lispu, ale tým Jeffa Elhai na VCU s financováním NSF vytvořil zcela grafické programovací prostředí nad BioBIKE založené na programovacích prostředích ve stylu Boxer.[1]

Složená z interakce vizuálního programovacího jazyka BioBIKE, která popisuje definici funkce a komplexní řízení toku.

Jako cloudový systém s více hlavami, vícevláknovým, víceuživatelským a vícenájemovým cloudovým systémem mohli uživatelé BioBIKE přímo spolupracovat prostřednictvím svých webových prohlížečů a vzdáleně sdílet stejný posluchač a paměťový prostor. To umožnilo jedinečný druh spolupráce, o kterém pojednává Shrager (2007).[5]

Specializovaná odnož BioBIKE s názvem „BioDeducta“ zahrnuje SRI SNARK důkaz věty, nabízející jedinečné možnosti „deduktivního biopočítání“.[2]

Implementace

BioBIKE je open-source software implementováno pomocí Programovací jazyk Lisp. Pokračující vývoj probíhá týmem BioBIKE[6] se středem na Virginia Commonwealth University .

Dějiny

BioBIKE se původně jmenoval „BioLingua“ a byl vyvinut společností Jeff Shrager v Carnegie Inst. Washingtonského odboru rostlinné biologie a JP Massar s financováním od Astrobiologická divize NASA. Shrager a Massar chtěli vytvořit webového víceuživatele Stroj Lisp, specializující se na bioinformatika. Dalšími časnými přispěvateli do projektu byli Mike Travers a Jeff Elhai z VCU. Elhai získal pokračující financování z Národní vědecká nadace pro projekt, který byl přejmenován na BioBIKE. Elhai a kolegové přidali jedinečný produkt BioBIKE vizuální programovací jazyk. Shrager mezitím spolupracoval s Richardem Waldingerem na SRI na stavbě SRI (SNARK ) věta prover do BioBIKE, vytváří deduktivní biopočítačový systém, zvaný BioDeducta.[2]

Složený z Early BioBIKE Lisp-Listener Style Interaction zobrazující rámce znalostní báze, grafické I / O a programovatelnost Lisp přes web.

Instance

V různých biologických doménách bývala řada vertikál BioBIKE, včetně virových patogenů, sinic a dalších bakterií, Arabidopsis thaliana a několika dalších popsaných v odkazech.

Viz také

externí odkazy

Reference

  1. ^ A b Elhai, J .; Taton, A .; Massar, J .; Myers, J. K .; Travers, M .; Casey, J .; Slupesky, M .; Shrager, J. (2009). „BioBIKE: Webová, programovatelná, integrovaná biologická znalostní báze“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s webovým serverem): W28 – W32. doi:10.1093 / nar / gkp354. PMC  2703918. PMID  19433511.
  2. ^ A b C Shrager, J .; Waldinger, R .; Stickel, M .; Massar, J. P. (2007). Futrelle, Robert (ed.). „Deduktivní biopočítač“. PLOS ONE. 2 (4): e339. Bibcode:2007PLoSO ... 2..339S. doi:10.1371 / journal.pone.0000339. PMC  1838522. PMID  17415407.
  3. ^ Massar, J. P .; Travers, M .; Elhai, J .; Shrager, J. (2004). „BioLingua: Programovatelné znalostní prostředí pro biology“. Bioinformatika. 21 (2): 199–207. doi:10.1093 / bioinformatika / bth465. PMID  15308539.
  4. ^ Jeff Elhai: Lidé, počítače a cesta k biologickým poznatkům: znovuzískání schopnosti překvapit. Journal of Computational Biology 18 (7): 867–878 (2011)
  5. ^ J Shrager (2007) The Evolution of BioBike: Community Adaptation of a Biocomputing Platform. Studies in History and Philosophy of Science, 38, 642–656.
  6. ^ „交通事故 に つ い て 弁 護士 に 相 談 で き る - 相 談 す る だ け で い い 場合 と 訴訟 を に 入 れ て 相 談 を し た 方 が い い 場合 に つ い て“.