Biobase (společnost) - Biobase (company)
Soukromé | |
Průmysl | Bioinformatika databáze |
Založený | Wolfenbuettel, Německo (1997) |
Hlavní sídlo | , |
Klíčoví lidé | Michael Tysiak (výkonný ředitel & Finanční ředitel )Frank Schacherer (CTO ) |
produkty | Knihovna znalostí BIOBASE, TRANSFAC, Proteome databáze, ExPlain, |
Služby | Outsourcing znalostního procesu, vlastní kurátor, analýza ExPlain |
Počet zaměstnanců | ~150 (2008) |
webová stránka | www |
BIOBASE je mezinárodní bioinformatika společnost se sídlem v Wolfenbüttel, Německo. Společnost se zaměřuje na generování, údržbu a licencování databází v oblasti molekulární biologie a souvisejících softwarových platforem.
Dějiny
Společnost byla založena v roce 1997 jako spin-off z Německého výzkumného centra pro biotechnologie (GBF) v Braunschweigu v Německu, dnes známého jako Helmholtzovo výzkumné centrum pro výzkum infekcí. * Zakladateli byli vědci z GBF Research Group Bioinformatics, v té době vedené Edgarem Wingenderem. Společnost nyní řídí Michael Tysiak (CEO / CFO) a Frank Schacherer (COO).[Citace je zapotřebí ]
Původním produktem společnosti byla databáze TRANSFAC, platforma pro popis a analýzu genových regulačních událostí a sítí. To bylo následně doplněno řadou menších databází relevantních pro aspekty genové regulace a databází časných signálních drah (TRANSPATH). TRANSPATH představoval nejstarší databázi signálních drah vedle databáze Cell Signaling Network Database (CSNDB), kterou kurátor T. Takai z Národního ústavu zdravotnických věd (NIHS) v Tokiu.
Na konci roku 1999 získala BIOBASE rizikový kapitál z fondů IMH, nyní spravovaných společností Triginta Capital, MBG (Hannover; do roku 2007) a tbg. V roce 2002 společnost Intec W&G, Tokio, Japonsko, investovala do společnosti a zůstala akcionářem až do roku 2005. Počátkem roku 2005 společnost získala databáze vytvořené společností Incyte, Wilmington, Delaware, USA, které v té době provozovala dceřiná společnost Incyte, Proteome Inc v Beverly, MA. Počáteční vlajkovou lodí Proteome byla databáze kvasinkových proteinů (YPD), která byla doplněna řadou podobných databází. Jejich posledním úspěchem před akvizicí byla databáze Human Proteome Survey Database (HumanPSD).
Společnost BIOBASE se všemi dceřinými společnostmi získala společnost QIAGEN GmbH 2. dubna 2014.
Dceřiné společnosti
BIOBASE GmbH má tři plně vlastněné dceřiné společnosti: BIOBASE Corporation v Beverly / Massachusetts, USA (od roku 2005),[1] BIOBASE Databases India Pvt Ltd. v Bangalore, Indie (od roku 2006),[2] a BIOBASE Japan K.K. v Jokohamě v Japonsku (od roku 2007).[3]
Produkty a služby
Databáze společnosti poskytují ručně upravený obsah, shromážděný a strukturovaný z recenzovaných vědeckých primárních publikací.
Knihovna znalostí BIOBASE (BKL) je integrovaná databáze zahrnující následující moduly:[4]
- TRANSFAC: Eukaryotické transkripční faktory, jejich genomová místa vázající DNA a profily vázající DNA [5]
- TRANSCompel: Kompozitní prvky regulující transkripci
- TRANSPro: Promotorové sekvence z řady vybraných eukaryotických druhů
- PathoDB: Patologicky relevantní mutace transkripčních faktorů a jejich vazebných míst
- TRANSPATH: Transdukce signálu a metabolické cesty u druhů savců [6]
- YPD: Kompletní proteom kvasinek (bílkoviny se hlásí pro všechny známé proteiny Saccharomyces cerevisiae) [7]
- PombePD, MycopathPD: Proteomy Schizosaccharomyces pombe a patologických hub [7]
- WormPD: Proteom Caenorhabditis elegans [7]
- HumanPSD: Proteomy člověka, myši a krysy [8]
- GPCR-PD: zprávy spojené s receptorem spojeným s proteinem G [8]
Kromě toho společnost BIOBASE vyvinula systém ExPlain pro biologickou interpretaci genové exprese a proteomických dat integrovanou funkční analýzou, analýzou promotoru a cestou.
„Portál regulace genů“ nabízí uživatelům dřívějších neziskových organizací bezplatně řadu dřívějších revizí produktů společnosti.
BIOBASE také distribuuje řadu produktů třetích stran:
- S / MARt DB: Regiony připojené k lešení / matici (HZI Braunschweig) [9]
- BRENDA: Databáze enzymů BRaunschweig (Technická univerzita Braunschweig / enzymeta) [10][11]
- HGMD: Databáze lidských genových mutací (Cardiffská univerzita ) [12]
- CI: Cell Illustrator pro simulace drah (Tokijská univerzita / HND, Tokio) [13][14]
Kromě těchto produktů nabízí BIOBASE Outsourcing znalostního procesu (KPO) služby. Ty mohou zahrnovat vývoj a populaci přizpůsobených databází se specifickým obsahem nebo systematické analýzy dat genové exprese.
Vědecké projekty / výzkum
BIOBASE je členem následujících veřejně financovaných výzkumných konsorcií, přičemž první dva z nich koordinuje BIOBASE (Alexander Kel):[15]
- Net2Drug: Integrovaná technologie Labwork, Bio- a Cheminformatics pro boj s rakovinou prsu (9 partnerů; financováno v rámci EU6) https://web.archive.org/web/20110111035825/http://www.biobase.de/pages/index.php?id=437 [16]
- Sysco: Kombinované experimentální, bioinformatické a simulační přístupy k analýze intracelulárního parazitismu (8 partnerů; financováno v rámci EU6) [17][18]
- TRANSISTOR: Bioinformatické modelování regulačních obvodů rostlin (7 partnerů; projekt Marie-Curie financovaný v rámci EU6) [19]
- Valapodyn: Dynamické modelování údajů o mozkových patologiích (7 partnerů; financováno v rámci EU6)
- Eurodia: Potenciální cíle pro prevenci a léčbu dysfunkční sekrece inzulínu u diabetu typu 2 (20 partnerů; financováno v rámci EU6)
- Gen2Phen: Jednotná databáze genotyp-fenotyp (19 partnerů; financováno v rámci EU7) [20]
- LipidomicNet: Identifikace cílů a biomarkerů onemocnění energetickým přetížením prostřednictvím interakcí lipidové bílkoviny (21 partnerů; financováno v rámci EU7);
- GlobCell: Analýza globálního měřítka a predikce lidského buněčného chování v komplexním prostředí (4 partneři; financováno Eurotrans-Bio, ETB).
- TCellTalk: (3 partneři; financováno německým ministerstvem pro výzkum v partnerském programu Forsys)
Kromě toho společnost BIOBASE uzavřela výzkumná partnerství s
- University Medicine of Georg August Univerzita v Göttingenu, Göttingen, Německo (E. Wingender);
- Tokijská univerzita, Tokio, Japonsko (S. Miyano);
- Windber Research Institute & Strategic Medicine, Inc, Windber / PA, USA (M. Liebman);
- Fraunhoferův institut toxikologie a experimentální medicíny, Hannover, Německo;[21]
- Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley / CA, USA (I. Dubchak)[22]
Viz také
Reference
- ^ BIOBASE získává Proteome od společnosti Incyte
- ^ BIOBASE otevírá kancelář v Bangalore Archivováno 25. května 2010, v Wayback Machine
- ^ BIOBASE otevírá kancelář v Jokohamě
- ^ Wingender, E; Crass, T; Hogan, JD; Kel, AE; Kel-Margoulis, OV; Potapov, AP (2007). „Integrativní koncepty založené na obsahu pro bioinformatiku“ mimo buňku"". Journal of Biosciences. 32 (1): 169–80. doi:10.1007 / s12038-007-0015-2. PMID 17426389.
- ^ Matys, V; Kel-Margoulis, OV; Fricke, E; Liebich, I; Land, S; Barre-Dirrie, A; Reuter, já; Chekmenev, D; et al. (2006). „TRANSFAC a jeho modul TRANSCompel: regulace transkripčních genů u eukaryot“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D108–10. doi:10.1093 / nar / gkj143. PMC 1347505. PMID 16381825.
- ^ Krull, M; Pistor, S; Voss, N; Kel, A; Reuter, já; Kronenberg, D; Michael, H; Schwarzer, K; et al. (2006). „TRANSPATH: informační zdroj pro ukládání a vizualizaci signálních drah a jejich patologických aberací“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D546–51. doi:10.1093 / nar / gkj107. PMC 1347469. PMID 16381929.
- ^ A b C Costanzo, MC; Crawford, ME; Hirschman, JE; Kranz, JE; Olsen, P; Robertson, LS; Skrzypek, MS; Braun, BR; et al. (2001). „YPD, PombePD a WormPD: modelové objemy organismu v knihovně BioKnowledge, integrovaný zdroj informací o proteinech“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (1): 75–9. doi:10.1093 / nar / 29.1.75. PMC 29810. PMID 11125054.
- ^ Hodges, PE; Carrico, PM; Hogan, JD; O'Neill, KE; Owen, JJ; Mangan, M; Davis, BP; Brooks, JE; Garrels, JI (2002). „Anotace lidského proteomu: Human Proteome Survey Database (HumanPSD) a podrobná cílová databáze pro receptory spřažené s G proteinem (GPCR-PD) od Incyte Genomics“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 137–41. doi:10.1093 / nar / 30.1.137. PMC 99168. PMID 11752275.
- ^ Liebich, I; Bode, J; Frisch, M; Wingender, E (2002). „S / MARt DB: databáze na regionech připojených k lešení / matici“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 372–4. doi:10.1093 / nar / 30.1.372. PMC 99064. PMID 11752340.
- ^ Katedra bioinformatiky a biochemie - Technická univerzita v Braunschweigu Německo
- ^ enzymeta
- ^ Domovská stránka HGMD
- ^ Cell System Markup Language (CSML) - Cell Illustrator
- ^ [1]
- ^ Projekty EU na BIOBASE[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ Net2Drug
- ^ Biologické databáze BIOBASE: SysCo - funkční analýza Archivováno 11.01.2011, na Wayback Machine
- ^ Domů - Systematická funkční analýza intracelulárního parazitismu jako modelu konfliktu genomů[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ Biologické databáze BIOBASE: TRANSISTOR Archivováno 11.01.2011, na Wayback Machine
- ^ Gen2Phen Archivováno 24. Května 2008 v Wayback Machine
- ^ Kel, AE; Niehof, M; Matys, V; Zemlin, R; Borlak, J (2008). „Predikce funkčních vazebných míst HNF4alpha v celém genomu pomocí lokálního a globálního kontextu sekvence“. Genome Biology. 9 (2): R36. doi:10.1186 / gb-2008-9-2-r36. PMC 2374721. PMID 18291023.
- ^ Minovitsky, S; Stegmaier, P; Kel, A; Kondrashov, AS; Dubchak, I (2007). "Motivy krátkých sekvencí, nadměrně zastoupeny v savčích konzervovaných nekódujících sekvencích". BMC Genomics. 8: 378. doi:10.1186/1471-2164-8-378. PMC 2176071. PMID 17945028.