NEJLEPŠÍ - BFAST - Wikipedia
 | tento článek potřebuje další citace pro ověření. (Listopad 2017) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
NEJLEPŠÍ je univerzální nástroj pro srovnávání sekvencí DNA vyvinutý na UCLA Nils Homer.[1]
Webový server BFAST lze použít k zarovnání krátkých čtení na referenční sekvence jak v nukleotidovém prostoru, tak i v něm ABI SOLID barevný prostor.
Mezi nástroje patří BFAST zarovnání, převod mezi nukleotidem a barevným prostorem, výpočet apriorní síly zarovnání, stejně jako nástroj k provedení Smith Waterman zarovnání.
Vlastnosti
BFAST má explicitní čas a přesnost kompromisu s předchozím odhadem přesnosti, podporovaným indexováním referenčních sekvencí. Nástroj zvládne krátká čtení, DNA inzerce, vypuštění, SNP a barevné chyby (čte se barevný prostor ABI SOLiD).
Viz také
Reference
- ^ Homer, Nils; et al. (2009). „BFAST: Nástroj pro zarovnání pro opakování genomu ve velkém měřítku“. PLOS ONE. 4 (11): e7767. doi:10.1371 / journal.pone.0007767. PMC 2770639. PMID 19907642.