Anti-Q RNA - Anti-Q RNA

Anti-Q RNA
RF00388.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence anti-Q RNA
Identifikátory
SymbolAnti-Q_RNA
Alt. SymbolyQaRNA
RfamRF00388
Další údaje
RNA typGen; antisense
DoményBakterie
TAKSO: 0000644
PDB strukturPDBe

Anti-Q RNA (dříve Qa RNA) je malá ncRNA z manželského plazmid pCF10 ze dne Enterococcus faecalis. Je zakódováno cis na svůj regulační cíl, prgQ, ale může také jednat trans. O anti-Q je známo, že interaguje s rodícími se transkripty prgQ, aby umožnil vznik vnitřní terminátor nebo tlumič, čímž zabrání transkripci downstream genů.[1][2] Tento způsob regulace je v zásadě stejný jako u přepisem řízených atenuátorů, které řídí počet kopií pT181,[3] pAMbeta1[4] a pIP501[5] a příbuzné stafylokokové plazmidy.

Anti-Q je transkribován ze stejného segmentu DNA jako prgQ, s výjimkou opačného řetězce, takže je dokonale komplementární s částí prgQ. Další experimenty experimentálně potvrdily původní konsensuální sekundární strukturu a prokázaly, že pouze určité oblasti Anti-Q interagují s prgQ.[6]

Anti-Q je odvozen od 5 'konce delšího přepisu. 3 'konec tohoto přepisu kóduje PrgX, represor transkripce prgQ.

Reference

  1. ^ Bae, T; Kozlowicz BK; Dunny GM (2004). „Charakterizace cis-působících prgQ mutantů: důkazy o dvou odlišných represivních mechanismech pomocí Qa RNA a PrgX proteinu v feromonem indukovatelném enterokokovém plazmidu pCF10“. Mol Microbiol. 51 (1): 271–281. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03832.x. PMID  14651627.
  2. ^ Johnson CM, Manias DA, Haemig HA, Shokeen S, Weaver KE, Henkin TM, Dunny GM (2010). "Přímý důkaz pro kontrolu feromonem indukovatelného prgQ operonu plazmidu pCF10 Enterococcus faecalis pomocí mechanismu útlumu založeného na přepisu". J Bacteriol. 192 (6): 1634–1642. doi:10.1128 / JB.01525-09. PMC  2832536. PMID  20097859.
  3. ^ Novick RP, Iordanescu S, Projan SJ, Kornblum J, Edelman I (1989). „Replikace plazmidu pT181 je regulována transkripčním atenuátorem řízeným proti přepisu“. Buňka. 59 (2): 395–404. doi:10.1016/0092-8674(89)90300-0. PMID  2478296.
  4. ^ Le Chatelier E, Ehrlich SD, Jannière L (1996). „Systém útlumu řízený kontrarotriptem genu pAM beta 1 repE“. Mol Microbiol. 20 (5): 1099–1112. doi:10.1111 / j.1365-2958.1996.tb02550.x. PMID  8809762.
  5. ^ Brantl S, Birch-Hirschfeld E, Behnke D (1993). „Exprese proteinu RepR na plazmidu pIP501 je řízena mechanismem útlumu transkripce zeslabeným transkripcí RNA“. J Bacteriol. 175 (13): 4052–4061. PMC  204834. PMID  8320221.
  6. ^ Shokeen S, Johnson CM, Greenfield TJ, Manias DA, Dunny GM, E Weaver K (2010). "Strukturní analýza interakce Anti-Q-Qs: RNA zprostředkovaná regulace konjugace plazmidu pCF10 E. faecalis". Plasmid. 64 (1): 26–35. doi:10.1016 / j.plasmid.2010.03.002. PMC  2892192. PMID  20332003.

externí odkazy