Ankycorbin - Ankycorbin
| 14. Rai | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | 1700008J19Rik1700020L11RikAnkycorbinNorpegmKIAA1334 indukovaná kyselina retinová 14 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | HomoloGene: 9199 Genové karty: [1] | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 15: 10,57 - 10,71 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [1] | n / a | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ankycorbin je ankyrin opakovat a svinutá cívka obsahující doménu protein že u lidí je kódován RAI14 gen. Je exprimován v různých lidských tkáních a předpokládá se, že hraje roli v regulaci aktinů ektoplazmatické specializace, stanovení polarity spermií a jejich přilnavosti. Může také podporovat integritu těsných spojů Sertoliho buněk na bariéře krevních varlat.
Gen
Umístění
RAI14 obsahuje 15 exony a je umístěn na kladném řetězci chromozom číslo 5 v poloze 5p13.2. Zahrnuje 5 068 základní páry z pozice 34 656 328 na 34 832 612.[2]
Genové sousedství
Geny TTC23L a LOC105374721 sousedí s RAI14 na chromozomu 5.
Výraz
RAI14 je exprimován v širokém rozsahu lidských tkání. Některé oblasti s nejvyšší expresí TPM (transkripty na milion) zahrnují tkáně endometria, hladkého svalstva, děložního čípku, děložního čípku, varlat a sleziny. V lidském mozku je exprese RAI14 hojná v oblasti kolem mozkového kmene a dřeň. Nejvyšší úrovně výrazu pocházely z myelencephalon, oblast embryonálního mozku, která by se později stala prodlouženou míchou.[3]
Homologie
Paralogy
RAI14 žádné nemá paralogy.
Ortology
Většina z celé sekvence ankycorbinového proteinu je mezi většinou savců a obratlovců.[4] Vzdálenější příbuzní ortology, jako jsou žraloci, začínají ztrácet podobnost a stávají se méně konzervativními v C-konec konec proteinu. Ankycorbin není u bezobratlých, jako jsou korály, vůbec dobře konzervovaný. Druhá polovina proteinu z velké části chybí a jedinou částí, která si zachovává určitou podobu zachování, je oblast poblíž N-konce, která je spojena s doménou ankyrinové repetice.
| Rod a druh | Běžné jméno | Datum odchylky (z Homo sapiens) | Přistoupení NCBI Číslo | Délka sekvence (Aminokyseliny) | Sekvence Identita |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NP_001138992.1 | 980 | 100% | |
| Castor canadensis | Bobr severoamerický | 88 MYA | XP_020026070.1 | 980 | 92% |
| Delphinapterus leucas | Beluga velryba | 94 MYA | XP_022455298.1 | 980 | 90% |
| Pelecanus crispus | Dalmatin pelikán | 320 MYA | XP_009485865.1 | 977 | 69% |
| Python bivittatus | Barmský krajta | 320 MYA | XP_007432514.1 | 992 | 66% |
| Xenopus laevis | Africké drápy žába | 353 MYA | XP_018100022.1 | 971 | 53% |
| Rhincodon typus | Žralok velrybí | 465 MYA | XP_020373853.1 | 719 | 46% |
| Stylophora pistillata | Korál | 685 MYA | XP_022783988.1 | 653 | 31% |
Protein
Přepisy
Ankycorbin má čtyři různé izoformy (A, B, C a D) s většinou izoforem obsahujících jednu nebo více variant sestřihu, které se hlavně liší v 5 'UTR. Izoforma D je nejdelší známou izoformou o délce 983 aminokyselin, nicméně izoforma A (980 aminokyselin) je převládající formou proteinu.[5]
Obecné vlastnosti
Protein RAI14 má předpokládanou hmotnost 110,0 kDal a izoelektrický bod 5,87. Rovněž se předpokládá, že bude mít oblast bohatou na glutamin mezi nukleotidy 914-978 a je jinak bohatá na lycin, glutamát a serin, zatímco je chudá na glycin a fenylalanin.[6] Je to rozpustný protein.[7]
Struktura a domény
Ankycorbin obsahuje ankyrin opakujte oblast umístěnou blízko N-konec[8] který se skládá ze 6 ankyrinových opakování. Protein je převážně složen z alfa helixů a domén coiled-coil bez předpovězených struktur beta-listu.
Posttranslační úpravy
RAI14 je vysoce fosforylovaný protein se stovkami předpokládaných fosforylačních míst. Předpokládá se, že jde o jaderný protein a obsahuje 3 signály lokalizace jader.
Funkce
Předpokládá se, že RAI14 bude hrát roli v adhezních místech mezi buňkami, zejména v interakcích mezi buňkami Sertoliho buňky zevnitř varlete. Sertoliho buňky se podílejí na tvorbě bariéra krevních varlat a poskytuje specializované, chráněné prostředí v rámci semenonosné tubuly varlete pro zárodečná buňka rozvoj.[9]
Reference
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "RAI14 kyselina retinová indukovaná 14 [Homo sapiens (člověk)]" ". 4. února 2018. Citováno 19. února 2018.
- ^ "Allen Brain Atlas: Lidský mozek". Atlas mozku Allen.
- ^ „NCBI: Protein Blast“. Citováno 2. března 2018.
- ^ „ankycorbin isoform a [Homo sapiens]“. NCBI. 2. října 2017. Citováno 19. února 2018.
- ^ „SAPS“. EMBL-EBI.
- ^ Hirikawa, T .; Boon-Chieng, S .; Mitaku, S. „SOSUI: systém klasifikace a predikce sekundární struktury pro membránové proteiny“.
- ^ „PSORT II“. PSORT: Predikce stránek pro třídění a lokalizaci proteinů v sekvencích aminokyselin. Citováno 27. dubna 2018.
- ^ Martin CM, Kleid JJ (2015). Msgstr "Pseudofusion beaty maskující se jako porucha kardiostimulátoru". Journal of Electrokardiology. 7 (2): 179–81. doi:10.1016 / S0022-0736 (74) 80028-2. PMID 4822540.